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El análisis de las acciones recíprocas de la proteína disipa viejas nociones de cuál es importante sobre él

Descubrimientos hechos durante el primer análisis en grande de acciones recíprocas entre las proteínas en nuestra promesa del asimiento de las células para determinar los nuevos genes implicados en enfermedades genéticas, según investigadores en Johns Hopkins y el instituto de la bioinformática (IOB) en Bangalore.

Las conclusión, denunciadas en la aplicación de marzo la genética de la naturaleza, fueron hechas usando una base de datos de más de 25.000 acciones recíprocas de la proteína-proteína compiladas por las personas de Hopkins-IOB. El resultado se cree para ser el “interactome humano más detallado” con todo descripción de la interacción de las proteínas que ocurren en células durante salud y enfermedad.

Los “genes son importantes porque son las heliografías para las proteínas, pero las proteínas son donde está la acción en vida humana y salud,” dicen Akhilesh Pandey, M.D., Ph.D., profesor adjunto en el instituto del remedio genético y de los departamentos de la química biológica, la oncología y la patología en la Facultad de Medicina de la Universidad John Hopkins. “Esta capacidad de encontrar eslabones entre los equipos de proteínas implicadas en diversos desordenes genéticos ofrece un nuevo enfoque para más rápidamente determinar los nuevos genes del candidato implicados en enfermedades humanas,” él dice.

El análisis incluyó acciones recíprocas entre 1.077 genes que cifraban para las proteínas conectadas a 3.133 enfermedades, los investigadores denuncian. Importante, mostró que las proteínas codificadas por los genes que se transforman en desordenes heredados eran probables obrar recíprocamente con las proteínas sabidas ya para causar desordenes similares. Además, los investigadores refutaron la creencia mantenida desde hace mucho tiempo entre científicos que la importancia relativa de una proteína específica es reflejada siempre por el número de otras proteínas que obra recíprocamente con en la célula.

Según Pandey, la comparación de las personas casi 25.000 del ser humano, 16.000 levadura, 5.500 worm, y 25.000 vuelan acciones recíprocas de la proteína-proteína mostraron que, entre estos más de 70.000 eslabones, sólo 16 eran comunes a las cuatro especies.

Los investigadores dicen que esto bajo de recubrimiento del interactome entre especie era asombrosamente. Mostró que los métodos actuales de la rápido-prueba para determinar acciones recíprocas de la proteína son probables faltar acciones recíprocas verdaderas.

Mucho del trabajo de Hopkins-Bangalore fue basado en la información compilada en la base de datos de referencia humana de la proteína (HPRD), un depósito de la información sobre las acciones recíprocas de la proteína-proteína cerco de la literatura publicada y salvadas en un formato conveniente para el estudio y la comparación rápidos con otras células animales. HPRD fue desarrollado por el IOB y el laboratorio de Pandey.

“Usando HPRD y varias otras bases de datos, hemos podido desarrollar una mina de oro de la nueva información para los investigadores que buscaban nuevas maneras de encontrar genes del candidato implicados en enfermedades genéticas,” Pandey dice. “Y nuestra demostración que la importancia de una proteína no está basada en el número de acciones recíprocas él tiene con otras proteínas es una ruptura conceptual importante. Elimina un callejón ciego que podría engañar a los investigadores que investigaban el papeles de proteínas específicas en la célula.”

Pandey es el principal consejero científico al IOB y autor mayor del artículo de la genética de la naturaleza. El avance conceptual de las personas fue hecho comparando datos humanos con 6.014 genes en levadura y 2.284 genes en los ratones cuyo efecto sobre supervivencia era sabido, según Pandey. “Nuestra base de datos mucho más grande en genes y proteínas nos dio la información para fijar el archivo derecho cómo medir la importancia de una proteína,” él dice.

Usando esta clase de comparación completa de la información sobre ser humano y otros organismos permitió que el grupo de Pandey determinara 36 acciones recíprocas previamente desconocidas de la proteína-proteína, nueve cuyo fueron probados en el laboratorio para verificar lo que sugirió el análisis. “Probamos que eran válidas,” Pandey dice. “Conectando investigar automatizado al laboratorio experimentamos para confirmar esas conclusión, preveemos poder completar eventual muchos espacios en blanco en acciones recíprocas humanas de la proteína-proteína.”

Todos los análisis fueron realizados sobre todo en el IOB, instituto de investigación no lucrativo fundado por Pandey en mayo de 2002. La base de datos de referencia humana de la proteína fue desarrollada con el financiamiento de los institutos de la salud nacionales y del instituto de la bioinformática. Pandey sirve como principal consejero científico al instituto de la bioinformática. Le dan derecho a una parte de los impuestos sobre patente pagados a la Universidad John Hopkins por las entidades comerciales el uso de la base de datos. Los términos de estas ordenaciones están siendo manejados por la Universidad John Hopkins de acuerdo con sus planes de acción del conflicto de intereses.