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Un système immunitaire ARN-interférence-basé putatif dans les prokaryotes

Les Chercheurs ont employé des méthodes de calcul pour prévoir ce qui pourrait être un mécanisme de ARN-amortissement procaryotique assimilé au système eucaryotique d'Interférence ARN.

Une étude publiée aujourd'hui dans le tourillon d'accès ouvert avec un système nouveau d'inspection professionnelle, Biologie Directe, fournit la première preuve irréfutable qui un type de séquences répétées en tandem trouvées dans les archéobactéries et les bactéries, Régulièrement Groupées les Répétitions Courtes de Palindrome d'Interspaced (CRISPR), pourrait agir conjointement avec la famille (cas) CRISPR-associée des gènes comme mécanisme de défense contre l'ARN de bactériophage et de plasmide. Un certain nombre de protéines de Cas sont affichées pour contenir les domaines qui suggèrent une similitude fonctionnelle aux protéines eucaryotiques concernées dans le système eucaryotique d'Interférence ARN.

Kira Makarova et d'autres membres du groupe aboutis par Eugene Koonin, à partir des Instituts de la Santé Nationaux, Bethesda, ETATS-UNIS, a effectué une analyse génomique comparative des gènes de CRISPR et de cas dans des séquences archaeal et bactériennes de génome recherchées du Centre National pour des bases de données de l'Information de Biotechnologie (NCBI).

Makarova a et autres recensé un certain nombre de gènes de cas qui sont toujours situés près des batteries de CRISPR et encode des protéines potentiellement impliquées dans les mécanismes de ARN-traitement tels que le déroulement et le fendage. Ces protéines pourraient être fonctionellement assimilées aux enzymes eucaryotiques concernées dans le système d'Interférence ARN - Makarova recensent et autres un analogue à la protéine eucaryotique Dicer de RNAi et plusieurs analogues potentiels à la Trancheuse eucaryotique de protéine de RNAi. Mais ils ne sont pas homologues à Dicer et à Trancheuse car ils n'ont aucune homologie de séquence avec eux.

On lui a affiché qu'une part d'isolants dans des ensembles de CRISPR sont assimilée aux éclats des génomes viraux ou de plasmide. Makarova et autres étendent ces observations et proposent que tous les isolants de CRISPR soient dérivés des virus ou des plasmides mais ce n'est pas immédiatement évident parce que la plupart de ces agents sont encore inconnues. Ils spéculent que les isolants sont transcrits et des séquences de bactériophages ou de plasmide de silence par l'intermédiaire de la formation d'un duplex, qui est alors fendu par des protéines de Cas pour détruire l'ARN étranger.

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