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Un presunto RNA-interferenza-based del sistema immunitario nei procarioti

I ricercatori hanno usato metodi di calcolo per prevedere quello che potrebbe essere un procariote RNA di silenziamento meccanismo simile a quello degli eucarioti RNA-interferenza sistema.

Uno studio pubblicato sulla rivista ad accesso aperto con un nuovo sistema di peer review, Biologia diretto , fornisce la prima evidenza forte che un tipo di ripetizioni in tandem si trovano in archeobatteri e batteri, i cluster ripete regolarmente intervallate Palindrome breve (CRISPR), potrebbe agire in collaborazione con il CRISPR-associati (cas) famiglia di geni come meccanismo di difesa contro i fagi e RNA plasmide. Un certo numero di proteine ​​CAS sono indicati per contenere i domini che suggeriscono una somiglianza funzionale alle proteine ​​eucariotiche coinvolti nel eucarioti RNA-interferenza sistema.

Kira Makarova e altri membri di un gruppo guidato da Eugene Koonin, dal National Institutes of Health, Bethesda, Stati Uniti, ha effettuato un'analisi comparativa genomica dei geni CRISPR e cas in sequenze del genoma batterico archaeal e recuperati dal National Center for Biotechnology Information (NCBI ) database.

Makarova et al. individuato una serie di geni CAS che si trova sempre vicino al CRISPR cluster e codificano per proteine ​​potenzialmente coinvolte in RNA-processing meccanismi come svolgimento e tenendoti unito. Queste proteine ​​potrebbero essere funzionalmente simili agli enzimi eucariotici coinvolti nel sistema di RNA-interferenza - Makarova et al. identificare un analogico al eucariotiche proteina Dicer RNAi e diversi analoghi potenziale per il eucariotiche Slicer proteina RNAi. Ma non sono omologhi a Slicer Dicer e come hanno alcuna somiglianza sequenza con loro.

E 'stato dimostrato che una percentuale di inserti in unità CRISPR sono simili a frammenti di genomi virali o plasmide. Makarova et al. estendere queste osservazioni e proporre che tutti gli inserti CRISPR siano derivati ​​da virus o plasmidi, ma questo non è immediatamente evidente perché la maggior parte di questi agenti sono ancora sconosciute. Essi ipotizzano che gli inserti sono fago trascritte e il silenzio o le sequenze plasmide attraverso la formazione di un duplex, che viene poi scisso dalle proteine ​​Cas di distruggere lo straniero RNA.

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