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Um sistema imunitário RNA-interferência-baseado putativo nos prokaryotes

Os Pesquisadores usaram métodos computacionais para prever o que poderia ser um mecanismo desilêncio prokaryotic similar ao sistema eucariótica da interferência do RNA.

Um estudo publicado hoje no jornal do acesso aberto com um sistema novo de revisão paritária, Biologia Directa, fornece o primeiro forte evidência que um tipo de repetições em tandem encontradas no archaea e nas bactérias, as Repetições Curtos Regularmente Aglomeradas do Palíndromo de Interspaced (CRISPR), pôde actuar conjuntamente com a família (cas) CRISPR-associada dos genes como um mecanismo de defesa contra o RNA do fago e do plasmídeo. Um número de proteínas do Cas são mostradas para conter os domínios que sugerem uma similaridade funcional às proteínas eucarióticas envolvidas no sistema eucariótica da RNA-interferência.

Kira Makarova e outros membros de um grupo conduzido por Eugene Koonin, dos Institutos de Saúde Nacionais, Bethesda, EUA, realizou uma análise genomic comparativa de genes de CRISPR e de cas nas seqüências archaeal e bacterianas do genoma recuperadas do Centro Nacional para bases de dados da Informação de Biotecnologia (NCBI).

Makarova e outros identificou um número de genes do cas que são ficados situados sempre perto dos conjuntos de CRISPR e codifica proteínas potencial involvidas em mecanismos deprocessamento tais como o desenrolamento e a fenda. Estas proteínas puderam ser funcional similares às enzimas eucarióticas envolvidas no sistema da RNA-interferência - Makarova identifica e outros um analog à proteína eucariótica Dicer de RNAi e diversos analogs potenciais ao Cortador eucariótica da proteína de RNAi. Mas não são homólogos a Dicer e a Cortador porque não têm nenhuma similaridade da seqüência com eles.

Mostrou-se que uma proporção de inserções em unidades de CRISPR é similar aos fragmentos de genomas virais ou do plasmídeo. Makarova e outros estende estas observações e propor que todas as inserções de CRISPR estejam derivadas dos vírus ou dos plasmídeo mas esta não é imediatamente óbvia porque a maioria destes agentes são ainda desconhecidos. Especulam que as inserções estão transcritas e das fago ou do plasmídeo do silêncio seqüências através da formação de um duplex, que seja fendido então por proteínas do Cas para destruir o RNA estrangeiro.

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