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Una supuesta interferencia del ARN basados ​​en el sistema inmunológico en los procariotas

Los investigadores han utilizado métodos computacionales para predecir lo que podría ser un procariota ARN de silenciamiento mecanismo similar al de los eucariotas la interferencia del ARN del sistema.

Un estudio publicado en la revista de acceso abierto con un novedoso sistema de revisión por pares, Biología directa , proporciona la primera evidencia fuerte de que un tipo de repeticiones en tándem en archaea y las bacterias, el clúster regularmente intercaladas repite Palíndromo corto (CRISPR), podría actuar junto con el CRISPR-asociado (CAS) de la familia de genes como un mecanismo de defensa contra los fagos y plásmidos ARN. Una serie de proteínas CAS se muestran para contener los dominios que sugieren una similitud funcional de las proteínas eucarióticas que participan en los eucariotas la interferencia del ARN del sistema.

Kira Makarova y otros miembros de un grupo liderado por Eugene Koonin, de los Institutos Nacionales de Salud, Bethesda, EE.UU., llevó a cabo un análisis comparativo del genoma de los genes y CRISPR cas en secuencias del genoma de bacterias y arqueas recuperada del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI ) bases de datos.

Makarova et al. identificado una serie de genes que cas siempre se encuentra cerca de CRISPR grupos y codifican proteínas potencialmente implicadas en los mecanismos de procesamiento del ARN, como relajarse y unirse. Estas proteínas pueden ser funcionalmente similar a las enzimas eucariotas involucrados en el sistema de la interferencia del ARN - Makarova et al. identificar un análogo de la proteína Dicer eucariotas ARN de interferencia y de varios análogos de potencial de la máquina de cortar proteínas eucariotas RNAi. Pero no son homólogas a Dicer y segmentador ya que no tienen similitud de secuencias con ellos.

Se ha demostrado que un porcentaje de inserciones en las unidades de CRISPR son similares a fragmentos del genoma viral o un plásmido. Makarova et al. extender estas observaciones y proponer que todas las inserciones CRISPR se derivan de virus o plásmidos, pero esto no es inmediatamente obvio ya que la mayoría de estos agentes son todavía desconocidos. Especulan que las inserciones son fago transcribe y el silencio o las secuencias de plásmido a través de la formación de un duplex, que luego se divide por las proteínas CAS para destruir el ARN extranjeros.

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