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Écart neuf d'expositions de plan interactif de virus de grippe aviaire

Les scientifiques ici ont conçu un neuf, plan interactif de l'écart du virus de grippe aviaire (H5N1) qui comporte pour la première fois l'information génétique, géographique et évolutionnaire qui peut aider à prévoir où la prochaine manifestation du virus est susceptible de se produire.

Dans le procédé, ils ont également évalué des hypothèses au sujet de la nature des tensions spécifiques du virus qui semblent se diriger à l'ouest et ont la capacité d'infecter des êtres humains.

Une équipe des experts biomédicaux, aboutie par Daniel Janies, un professeur adjoint dans le service de l'informatique biomédicale, logiciel particulier utilisé à produire un arbre évolutionnaire des mutations du virus. Elles ont employé le langage de balisage de trou de la serrure dans Google Earth pour projeter l'arbre sur le globe et ont puis choisi des couleurs et des symboles pour indiquer les différents hôtes qui sont porteur du virus et où ils vivent. Période, un autre fonctionnement dans Google Earth, permis les pour animer l'écart du virus au cours de la dernière décennie.

Le plan est plein à craquer des informations complémentaires. Cliquer sur sur un sous-type viral spécifique produit d'un hublot de ressource indiquant les mutations diagnostiques qui discernent une tension du virus des des autres, et toute les caractéristique est liée à l'institut national du GenBank de santé.

« Le plan nous donne une voie neuve entière de voir le virus dans l'action et comprenant ce qu'est et ne fait pas il, » dit Janies. « Il nous a permis de comparer des découvertes au sujet des virus dans le monde réel contre les hypothèses préexistantes au sujet de l'écart du H5N1 qui viennent des études de laboratoire. »

L'étude apparaît cette semaine en ligne dans la question d'avril de la biologie systématique.

Le virus de grippe aviaire a été identifié la première fois dans les oiseaux aquatiques sauvages dans Guangdong, Chine en 1996. Il s'est alors écarté aux poulets et aux êtres humains dans Hong Kong l'année suivante. À partir de 1997 jusqu'en 2005, il a apparu dans plusieurs pays asiatiques du sud-est et écart par l'intermédiaire des hôtes de multiple dans l'ensemble de la Chine centrale et du sud, de la Russie, du Moyen-Orient et de l'Inde. Jusqu'à présent, les manifestations complémentaires ont été rapportées en tant que loin à l'ouest comme Europe et l'Afrique et comme l'Extrême Orient comme le Japon, la Corée et l'Indonésie.

En produisant le supermap, les chercheurs ont étudié des caractéristiques génétiques de 351 isolats du virus. Ils étaient particulièrement intéressés à découvrir si certains hôtes transportaient les formes spécifiques du virus et que les virus ont transporté des mutations spécifiques activant la boîte de vitesses aux êtres humains.

« Nous avons trouvé la visualisation des couches multiples d'information très utile en produisant des hypothèses que nous pourrions évaluer par l'analyse statistique des caractéristiques de mutation nous avons dispensées dans l'arbre évolutionnaire, » dit Janies. « Les découvertes nous ont aidés à comprendre si les mutations qui semblent être associées à certains hôtes ou à régions géographiques sont apparus par hasard, ou s'ils étaient des adaptations vraies du virus car il a écarté. »

Des virus de la grippe sont classifiés selon plusieurs critères : s'ils viennent des animaux ou des êtres humains, et de l'activité de deux protéines principales qui se reposent sur la surface du virus, du hemaglutinin (HA), et de la neuraminidase (NA). L'ha aide le virus « bâton » à une cellule hôte et l'infecte ; Le Na aide le virus à s'échapper de la cellule et à s'écarter à d'autres cellules et hôtes. Dans le passé, les scientifiques ont présumé que si une tension du virus apparaissait cette transmission de homme à homme activée, elle concernerait probablement des mutations en ces deux protéines.

Janies et ses collègues n'ont trouvé aucun génotype lié aux mutations en ces deux protéines extérieures qui ont été sensiblement associées à n'importe quel type spécifique d'hôte. Ils, cependant, ont trouvé une association intense entre un génotype spécifique (Lysine-627 dans la protéine fondamentale de polymérase du virus) et les hôtes mammifères dans le domaine.

« Alors que ce génotype n'est pas exclusif aux mammifères, nous pensons qu'il est important de suivre comment cette mutation particulière écarte parce qu'elle semble être si contagieuse et mortelle chez les souris, » dit Janies.

Pour l'instant, il s'avère que le virus de H5N1 n'est pas hautement transmissible aux êtres humains ou entre les êtres humains. Mais cela a pu changer rapidement. Les scientifiques disent apparaître, les mutations imprévisibles pourraient équiper le virus de au juste de ce qu'il a besoin pour sauter plus agilement entre la substance, et les experts disent qu'une pandémie serait désastreuse. Le centres pour le contrôle et la prévention des maladies estime que 15 à 35 pour cent de la population humaine aux Etats-Unis pourraient devenir infectés à un coût s'échelonnant de $71 milliards à $166 milliards.

Selon l'Organisation Mondiale de la Santé, qui est chargée des caractéristiques de découverte de H5N1, il y a eu 291 cas de la maladie chez l'homme depuis la manifestation initiale, et les 172 morts.

Janies dit que le supermap s'applique universellement en suivant l'écart des agents infectieux, ajoutant que son groupe travaille déjà à tracer d'autres maladies, telles que le radar à ouverture synthétique. Il note cela en dépit des efforts récents pour stimuler la collaboration et la publication de toutes les caractéristiques concernant le virus de H5N1, une importante quantité d'information génomique demeure dans des mains privées. Que, seul, le moyen le plan actuel est inachevé, au mieux. Il note également que tandis qu'il y a de bonnes caractéristiques dans un certain nombre de bases de données publiques, ces séquences génétiques bien-ne sont pas annotées avec des informations sur la substance d'hôte, si elles sont sauvages ou domestiques, par exemple.

Toujours, le supermap peut offrir à des chercheurs une voie nouvelle de partager des informations sur des manifestations neuves et de prévoir où les agents de la Santé publics doivent agir rapidement de commencer des contre-mesures. « Il y avait un cas intéressant en 2004, où quelques aigles infectés ont été illégalement passés en contrebande de Thaïlande vers la Belgique, » dit Janies. « Tandis que les oiseaux étaient rapidement logés et le virus n'écartait pas à ce moment là, ces cas ont apparu comme anomalie claire dans notre plan, réfléchissant un cas où le commerce illégal a permis au virus d'effectuer un saut géographique énorme. »