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Nuova diffusione interattiva di manifestazioni della mappa del virus di influenza aviaria

Gli scienziati qui hanno progettato una nuova, mappa interattiva della diffusione del virus di influenza aviaria (H5N1) che per la prima volta comprende le informazioni genetiche, geografiche ed evolutive che possono contribuire a predire dove lo scoppio seguente del virus è probabile accadere.

Nel trattamento, egualmente hanno verificato le ipotesi circa la natura degli sforzi specifici del virus che sembrano dirigersi verso ovest ed hanno la capacità di infettare gli esseri umani.

Un gruppo degli esperti biomedici, piombo da Daniel Janies, un assistente universitario nel dipartimento di informatica biomedica, software speciale usato creare un albero evolutivo delle mutazioni del virus. Hanno utilizzato il buco della serratura Markup Language in Google Earth per aggettare l'albero sul globo e poi hanno scelto i colori ed i simboli per indicare i host differenti che portano il virus e dove vivono. Periodo, un'altra funzione in Google Earth, permesso loro per animare la diffusione del virus negli ultimi dieci anni.

La mappa è strapiena di ulteriore informazione. Cliccando su un sottotipo virale specifico genera una finestra a finestra che rivela le mutazioni diagnostiche che distinguono uno sforzo del virus da un altro e tutti dati sono collegati all'istituto nazionale del GenBank della salubrità.

“La mappa ci dà un intero nuovo modo di vedere il virus nell'atto e capendo che cosa è e non sta facendo,„ dice Janies. “Ci ha permesso di comparare i risultati circa i virus nel mondo reale alle ipotesi preesistenti circa la diffusione di H5N1 che vengono dalle ricerche di laboratorio.„

Lo studio compare online questa settimana nell'emissione di aprile di biologia sistematica.

Il virus di influenza aviaria in primo luogo è stato riconosciuto in uccelli acquatici selvaggi in Guangdong, Cina nel 1996. Poi si è sparso ai polli ed agli esseri umani in Hong Kong il seguente anno. Dal 1997 fino al 2005, è emerso in parecchi paesi asiatici sudorientali e diffusione tramite host multipli in tutto la Cina centrale e del sud, la Russia, Medio Oriente e l'India. Fin qui, gli scoppi supplementari sono stati riferiti come estremo verso ovest come Europa ed Africa e come Estremo Oriente come il Giappone, la Corea ed Indonesia.

Nella creazione del supermap, i ricercatori hanno studiato i dati genetici da 351 isolato del virus. Erano particolarmente interessate nella scoperta se i host sicuri stessero portando i moduli specifici del virus e che i virus hanno portato le mutazioni specifiche permettendo alla trasmissione agli esseri umani.

“Abbiamo trovato la visualizzazione dei livelli multipli di informazioni molto utile nella generazione delle ipotesi che potremmo provare con l'analisi statistica dei dati di mutazione abbiamo organizzato nell'albero evolutivo,„ dice Janies. “I risultati ci hanno aiutati a capire se le mutazioni che sembrano essere associate con i host sicuri o le regioni geografiche comparissero per caso, o se essi era adattamenti veri del virus poichè si è sparso.„

I virus di influenza sono classificati secondo parecchi criteri: se vengono dagli animali o dagli esseri umani e dall'attività di due proteine chiave che si siedono sulla superficie del virus, del hemaglutinin (HA) e della neuraminidasi (NA). L'ha aiuta il virus “bastone„ ad una cellula ospite e lo infetta; Il Na aiuta il virus a sfuggire a dalla cella ed a spargersi ad altri celle e host. Nel passato, gli scienziati hanno supposto che se uno sforzo del virus emergesse quella trasmissione da uomo a uomo permessa a, probabilmente comprendesse le mutazioni in queste due proteine.

Janies ed i suoi colleghi non hanno trovato alcuni genotipi connessi con le mutazioni in queste due proteine di superficie che sono state associate significativamente con qualunque tipo specifico di host. , Tuttavia, hanno trovato una forte associazione fra un genotipo specifico (Lysine-627 nella proteina di base della polimerasi del virus) ed i host mammiferi nel campo.

“Mentre questo genotipo non è esclusivo ai mammiferi, pensiamo che sia importante tenere la carreggiata come questa mutazione particolare sta spargendosi perché sembra essere così infettiva e micidiale in mouse,„ dice Janies.

Per ora, sembra che il virus H5N1 non sia altamente comunicativo agli esseri umani o fra gli esseri umani. Ma quello ha potuto cambiare rapidamente. Gli scienziati dicono l'emergenza, le mutazioni imprevedibili potrebbero fornire il virus di appena di che cosa ha bisogno per saltare più nimbly fra le specie e gli esperti dicono che una pandemia sarebbe disastrosa. Il centri per il controllo e la prevenzione delle malattie stima che 15 - 35 per cento della popolazione umana negli Stati Uniti potrebbero essere infettati ad un costo che varia da $71 miliardo - $166 miliardo.

Secondo l'organizzazione mondiale della sanità, che è incaricata del rintracciamento dei dati H5N1, ci sono stati 291 caso della malattia in esseri umani dallo scoppio iniziale e 172 morti.

Janies dice che il supermap è universalmente applicabile nel tenere la carreggiata la diffusione degli agenti infettante, aggiungente che il suo gruppo già sta lavorando a mappare altre malattie, quale il SAR. Nota quello malgrado gli sforzi recenti per stimolare la collaborazione e la pubblicazione di tutti i dati per quanto riguarda il virus H5N1, una quantità significativa di informazioni genomiche rimane in mani private. Che, solo, il mezzo la mappa corrente è incompleto, nel migliore dei casi. Egualmente nota che mentre ci sono buoni dati in una serie di database pubblici, quelle sequenze genetiche ben-non sono annotate con informazioni sulle specie ospite, se sono selvagge o nazionali, per esempio.

Eppure, il supermap può offrire a ricercatori un modo novello dividere le informazioni sui nuovi scoppi e predire dove i funzionari di salute pubblica devono agire rapidamente per cominciare le contromisure. “C'era un caso interessante nel 2004, dove alcune aquile infettate sono state introdotte di contrabbando illegalmente dalla Tailandia nel Belgio,„ dice Janies. “Mentre gli uccelli sono stati limitati rapidamente ed il virus non si è sparso a quel punto, quei casi hanno rivelato come chiara anomalia nella nostra mappa, riflettente un'istanza dove il commercio illegale ha permesso che il virus facesse un salto geografico enorme.„