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Come il virus del HIV subisce una mutazione per sfuggire al sistema immunitario dell'organismo

Uno studio di collaborazione aprente la strada ha scoperto come il virus del HIV elude il sistema immunitario del corpo umano.

Computer-intensivi di ricerca - gli scienziati da British Columbia concentri per eccellenza in HIV/AIDS, nel policlinico di Massachusetts, (MGH) in Microsoft Research e nel laboratorio nazionale di Los Alamos - i metodi statistici altamente e di avanguardia usati facenti partecipare di collaborazione di ricerca per studiare come il virus del HIV subisce una mutazione per sfuggire al sistema immunitario dell'organismo.

Specificamente, “la classe 1 di HLA, è una parte gestente della risposta immunitaria umana. La capacità del HIV di sfuggire al riconoscimento dalla classe 1 di HLA lascia l'organismo incapace di individuazione e di combattimento del virus.

Lo studio, pubblicato nell'emissione di luglio degli agenti patogeni di PLoS, è la più grande indagine basata sulla popolazione su come le variazioni naturali nella classe 1 di HLA possono influenzare la sequenza genetica del HIV come pure la prima caratterizzazione dei cambiamenti nei geni multipli del HIV in risposta a pressione evolutiva HLA-associata.

I ricercatori hanno mappato con successo i siti all'interno dei geni particolari del HIV in cui le variazioni possono migliorare la capacità del virus di sfuggire al riconoscimento immune, mostranti che questo è prevedibile basato sopra il profilo determinato della classe 1 del HLA del paziente di HIV.

“Questa è un romanzo e una descrizione avanzata di come il sistema immunitario umano attacca il virus e di come risponde, dice il Dott. Richard Harrigan, Direttore dei laboratori di ricerca del centro e co-author di studio. “Mentre abbiamo saputo sempre l'organismo attacca il virus ed il virus cambia a pressione di espediente, noi è ora più esatto nel sapere questo accade nella gente. „

Mentre lo studio è utile nell'aiuto della comunità scientifica capisca come la pressione immune urta il HIV, promessa tremenda della tenuta di questi risultati in termini di sforzi globali del HIV, dice il Dott. Zabrina Brumme, l'autore principale dello studio. “Raggiungere una comprensione più approfondita dei modi in cui il HIV subisce una mutazione per evitare il sistema immunitario umano aiuterà con la progettazione di un vaccino del HIV,„ dice Brumme, che è ora con il centro di ricerca dell'AIDS dei partner a MGH.

I dati sono stati raccolti dal gruppo di British Columbia OMERO, un grande gruppo di cronicamente affetto da HIV, persone del trattamento-na've per cui HLA class-1 che digitano e RNA del HIV che genotyping è stato eseguito.

Microsoft Research ha fornito al personale ed ha avanzato i software tool per eseguire l'analisi statistica altamente specializzata. Gli algoritmi sviluppati da David Heckerman, ricercatore del cavo dell'apprendimento automatico e gruppo di statistiche applicate a Microsoft Research e co-author di studio ed il suo gruppo hanno tenuto conto l'analisi più approfondita degli insiemi di dati. “Abbiamo creato i software tool per aiutare i ricercatori a sfruttare la potenza di computazione a più rapidamente ed identificare esattamente gli elementi cruciali di efficace vaccino del HIV,„ ha detto Heckerman.

L'idea originale per l'elaborazione di questi metodi statistici è venuto dal Dott. Bette Korber al laboratorio nazionale di Los Alamos. Korber ed il Dott. Tanmoy Bhattacharya e Marcus Daniels dei co-ricercatori hanno funzionato con Heckerman più ulteriormente nello sviluppare l'approccio statistico di avanguardia.

I risultati di studio dimostrano che gli approcci basati sulla popolazione potrebbero complementare i più piccoli studi funzionali fornendo una maschera del intero-virus o del intero-gene della fuga immune. B.C. la ricerca precedente del centro pubblicata nel giornale delle malattie infettive ha studiato il ruolo della variazione della classe 1 di HLA sulla risposta alla terapia anti-HIV. “Muovendoci in avanti, amplieremo la nostra ricerca genetica ad altri geni del HIV. Egualmente studieremo il ruolo della terapia farmacologica,„ dice Harrigan.