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Oxford Nanopore annonce la publication du papier d'analyse de l'ADN

Les technologies d'Oxford Nanopore (« Oxford Nanopore ») ont aujourd'hui annoncé la publication de la recherche neuve en nanotechnologie de nature, expliquant l'identification précise et continue des bases d'ADN utilisant des nanopores.

Le système peut également directement recenser la cytosine méthylée, importante dans l'étude de l'epigenetics. Cette recherche marque le progrès important vers l'objectif d'Oxford Nanopore de développer la première molécule marque marque et unique ADN ordonnançant la technologie.

Une méthode de recenser les molécules uniques qui ne se fonde pas sur le marquage fluorescent cher et complexe est centrale à réaliser la prochaine amélioration spectaculaire dans le coût et la vitesse de l'analyse de génome. Il est possible d'atteindre cet objectif en surveillant un courant électrique simple réussissant par un nanopore. Pendant qu'unique les bases d'ADN traversent le nanopore, causes de chaque base une perturbation caractéristique du courant qui permet à la molécule d'être recensée.

L'article d'aujourd'hui de nanotechnologie de nature décrit l'utilisation de la technologie de nanopore de recenser des bases d'ADN avec la confiance très élevée pour l'intégration dans un ADN neuf hautement compétitif ordonnançant le système. Des résultats ont été réalisés par la modification d'un nanopore de protéine, y compris la pièce d'assemblage permanente d'une molécule d'adaptateur à sa face interne.

La publication explique également que la cytosine méthylée peut être distinguée des quatre bases d'ADN suivre la même méthode. C'est important dans l'étude du cancer, où la méthylation de génome est impliquée mais les techniques existantes d'étude exigent le marquage complexe de l'échantillon d'ADN.

« La science de la détection du nanopore ADN est maintenant précise et assez fiable pour supporter une technologie industrielle de découverte, » a dit professeur Hagan Bayley, fondateur d'Oxford Nanopore et un auteur du papier. « La simplicité et la souplesse d'utilisation des nanopores comme système de détection a intrigué les chercheurs scolaires pendant presque deux décennies. Nous anticipons cela avec le rythme rapide de la science, des dispositifs de nanopore seront bientôt utilisés pour la mesure de l'ADN et de beaucoup d'autres molécules. »

« Les découvertes de cet article fournissent la validation de la haute performance de l'élément de détection de nanopore de notre ADN ordonnançant le système, » a dit M. Gordon Sanghera, Président des technologies d'Oxford Nanopore. « Nous continuons le développement rapide de cette technologie, dont coût, vitesse et la souplesse d'utilisation avantageux promettent d'activer un paradigme neuf d'analyse de l'ADN. »

La recherche comprend d'autres résultats essentiels pour un nanopore intégré ordonnançant le système. Pour sa technologie de BASETM, Oxford Nanopore accouple un nanopore de protéine avec de l'enzyme processive d'exonucléase. Cette enzyme fend différentes bases d'ADN d'un brin d'ADN et introduit les différentes bases dans le nanopore pour l'identification. Cette étude prouve que les états de marche du nanopore sont compatibles avec ceux d'une exonucléase. De plus il y a une forte probabilité que chaque base d'ADN transfère le nanopore de sorte qu'une base ne soit pas affichée deux fois.

Discrimination des nucléotides :

L'exactitude de l'identification des bases d'ADN a été déterminée comme suit : Les distributions des bases comme dNMPs ont été adaptées à Gaussians et les endroits de la superposition maximale ont été déterminés pour donner des valeurs de confiance pour l'identité de base. Les pourcentages des événements obligatoires qui pourraient être affectés à chaque base avec une confiance approchant 100% à une concentration élevée en sel (800 millimètres) étaient 99,9% (G), 99,7% (t), 99,8% (a) et 99,99% (c). Là où il y a ambiguïté dans un appel de base, les identités des seules deux bases alternatives possibles sont connues.

Cette recherche a été conclue pendant l'été de 2008 à l'université d'Oxford et d'Oxford Nanopore, où les scientifiques continuent à s'améliorer sur ce rendement.

Au sujet de technologies Ltd d'Oxford Nanopore.

Oxford Nanopore a été fondé en 2005 sur la science de professeur Hagan Bayley de l'université d'Oxford. Depuis son commencement, la compagnie s'est concentrée sur la technologie se développante de nanopore dans un système productible de masse de biopuce et de lecteur pour l'analyse moléculaire. Nanopores ont été recherchés pendant plus de 15 années aux institutions académiques les plus prestigieuses d'un certain nombre du monde comprenant Harvard, le MIT, le NIST, l'université du Massachusetts, l'université du Texas A&M, et l'université d'Oxford.

La technologie de BASETM (Bayley ordonnançant) emploie un nanopore adapté de protéine ajouté à une enzyme processive d'exonucléase pour séquencer l'ADN. L'enzyme fend différentes bases d'un brin d'ADN, et introduit séquentiellement les bases dans l'ouverture du nanopore. Un courant ionique traverse soutenu le nanopore, et pendant que les différentes bases se déplacent par le nanopore, chacun produit une perturbation caractéristique dans ce courant. Ce signe est enregistré électroniquement et interprété pour recenser la base d'ADN. Les générations futures de nanopore ordonnançant la technologie peuvent ordonnancer des polymères d'ADN directement ou utiliser des nanpores faits de matériaux synthétiques.

La technologie est marque marque et sensible au niveau d'unique-molécule, à signifier qu'elle enlève le besoin de marques fluorescentes, de représentation optique et d'instrumentation, et au besoin de préparation des échantillons complexe comprenant l'amplification de l'ADN. Par l'écaillage dans un procédé de ordonnancement massivement parallèle sur une frite de choix, cette méthode a le potentiel de fournir des améliorations spectaculaires dans le coût, la vitesse, la simplicité et la souplesse d'utilisation de l'ordonnancement.

En janvier 2009, Oxford Nanopore a annoncé une alliance stratégique avec Illumina, Inc, y compris un investissement de convention et de portefeuille de commercialisation d'accélérer le développement de la technologie DE BASE. En vertu de la convention de commercialisation, Illumina exclusivement lancera sur le marché, vendra, distribuera, et entretiendra les produits DE BASE de technologie développés par Oxford Nanopore pour l'ADN ordonnançant en marchés de recherches et de diagnose sur une base mondiale.

Nanopores pour le dépistage d'autres analytes

Offre de Nanopores un système de détection modulaire. Par le produit chimique ou les modifications génétiques au pore, le biosenor peut être adapté pour l'analyse d'autres molécules d'intérêt. Celles-ci pourraient comprendre des biomarqueurs médicaux, des médicaments d'abus, des agents de bioterrorisme et beaucoup plus d'analytes. La technologie qui supporte l'analyse des nanopores pourrait également être employée pour l'examen critique de canal ionique, avec des applications dans le développement de médicament.

Source:

http://www.nanoporetech.com

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