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Oxford Nanopore anuncia la publicación del papel del análisis de la DNA

Las tecnologías de Oxford Nanopore (“Oxford Nanopore”) anunciaron hoy la publicación de la nueva investigación en nanotecnología de la naturaleza, demostrando la identificación exacta y contínua de las bases de la DNA usando nanopores.

El sistema puede también determinar directamente la citosina desnaturalizada, importante en el estudio del epigenetics. Esta investigación marca progreso importante hacia la meta de Oxford Nanopore de desarrollar la primera DNA escritura de la etiqueta-libre, única de la molécula que ordena tecnología.

Un método de determinar las únicas moléculas que no confíe en la etiqueta fluorescente costosa y compleja es central a lograr la mejora espectacular siguiente en el costo y la velocidad del análisis del genoma. Es posible lograr esta meta vigilando una corriente eléctrica simple que pasa a través de un nanopore. Mientras que único las bases de la DNA pasan a través del nanopore, causas de cada base una desorganización característica de la corriente que permite que la molécula sea determinada.

El papel de hoy de la nanotecnología de la naturaleza describe el uso de la tecnología del nanopore de determinar bases de la DNA con la confianza muy alta para la integración en una nueva DNA altamente competitiva que ordena el sistema. Los resultados fueron logrados con la modificación de un nanopore de la proteína, incluyendo la agregación permanente de una molécula del adaptador a su superficie interna.

La publicación también demuestra que la citosina desnaturalizada puede ser distinguida de las cuatro bases de la DNA usando el mismo método. Esto es importante en el estudio del cáncer, donde se implica la metilación del genoma pero las técnicas existentes del estudio requieren la etiqueta compleja de la muestra de la DNA.

“La ciencia de detectar de la DNA del nanopore es exacta ahora y bastante seguro soportar una tecnología industrial de la ruptura,” dijo a profesor Hagan Bayley, fundador de Oxford Nanopore y autor del papel. “La simplicidad y la flexibilidad de nanopores como sistema que detectaba ha intrigado a los investigadores académicos por casi dos décadas. Anticipamos que con el paso rápido de la ciencia, los dispositivos del nanopore pronto serán utilizados para la medición de la DNA y de muchas otras moléculas.”

“Las conclusión de este papel ofrecen la validación del alto rendimiento del elemento que detecta del nanopore de nuestra DNA que ordena el sistema,” dijo al Dr. Gordon Sanghera, CEO de las tecnologías de Oxford Nanopore. “Continuamos el revelado rápido de esta tecnología, cuya costo, velocidad y flexibilidad ventajosos promete habilitar un nuevo paradigma del análisis de la DNA.”

La investigación incluye otros resultados esenciales para un nanopore integrado que ordena el sistema. Para su tecnología de BASETM, Oxford Nanopore acopla un nanopore de la proteína con una enzima processive del exonuclease. Esta enzima hiende bases individuales de la DNA de un cabo de la DNA e introduce las bases individuales en el nanopore para la identificación. Este estudio muestra que las condiciones de funcionamiento del nanopore son compatibles con las de un exonuclease. Además hay una alta probabilidad que cada base de la DNA desplaza el nanopore para no leer una base dos veces.

Discriminación de nucleótidos:

La exactitud de la identificación de las bases de la DNA fue determinada como sigue: Las distribuciones de bases como dNMPs fueron ajustadas a Gaussians y las áreas del recubrimiento máximo fueron determinadas para dar los valores de la confianza para la identidad baja. Los porcentajes de las acciones obligatorias que se podrían destinar a cada base con una confianza que se acercaba a 100% en una alta concentración de la sal (800 milímetros) eran 99,9% el (G), 99,7% (t), 99,8% (a) y 99,99% (c). Donde hay ambigüedad en un lamamiento bajo, las identidades de las únicas dos bases alternativas posibles se saben.

Esta investigación fue concluida en el verano de 2008 en la universidad de Oxford y de Oxford Nanopore, en donde los científicos continúan perfeccionar en este funcionamiento.

Sobre tecnologías Ltd. de Oxford Nanopore

Oxford Nanopore fue fundada en 2005 en la ciencia de profesor Hagan Bayley de la universidad de Oxford. Desde su inicio, la compañía se ha centrado en tecnología del nanopore que se convertía en un sistema presentable en masa del biochip y del programa de lectura para el análisis molecular. Nanopores se ha investigado por más de 15 años en las instituciones académicas más prestigiosas del vario mundo incluyendo Harvard, el MIT, el NIST, la universidad de Massachusetts, la universidad de Tejas A&M, y la universidad de Oxford.

La tecnología de BASETM (Bayley que ordena) utiliza un nanopore adaptado de la proteína acoplado con una enzima processive del exonuclease para ordenar la DNA. La enzima hiende bases individuales de un cabo de la DNA, e introduce secuencialmente las bases en la apertura del nanopore. Una corriente iónica está atravesando continuamente el nanopore, y como las bases individuales viajan a través del nanopore, cada una crea una desorganización característica en esta corriente. Esta señal se registra electrónicamente y se interpreta para determinar la base de la DNA. Las futuras generaciones de nanopore que ordenan tecnología pueden ordenar los polímeros de la DNA directamente o utilizar los nanpores hechos de materiales sintetizados.

La tecnología es escritura de la etiqueta-libre y sensible en el nivel de la único-molécula, significar que quita la necesidad de escrituras de la etiqueta fluorescentes, de la proyección de imagen óptica y de la instrumentación, y la necesidad de la preparación compleja de la muestra incluyendo la amplificación de la DNA. Escalando hacia arriba en un proceso de secuencia masivo paralelo en una viruta del arsenal, este método tiene el potencial de entregar mejoras espectaculares en costo, velocidad, simplicidad y la flexibilidad de la secuencia.

En enero de 2009, Oxford Nanopore anunció una alianza estratégica con Illumina, Inc, incluyendo un acuerdo de la comercialización y una inversión de capital de acelerar el revelado de la tecnología BAJA. De conformidad con el acuerdo de la comercialización, Illumina comercializará, venderá, distribuirá, y abastecerá exclusivamente los productos BAJOS de la tecnología desarrollados por Oxford Nanopore para la DNA que ordena en los mercados de la investigación y del diagnóstico sobre una base mundial.

Nanopores para la detección de otros analitos

Oferta de Nanopores un sistema que detecta modular. Con modificaciones químicas o genéticas al poro, el biosenor se puede adaptar para el análisis de otras moléculas del interés. Éstos pudieron incluir biomarkers médicos, las drogas del abuso, los agentes del bioterrorismo y muchos más analitos. La tecnología que soporta el análisis de nanopores se pudo también utilizar para la investigación del ión-canal, con usos en el revelado de la droga.

Source:

http://www.nanoporetech.com

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