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Lacunes fermantes dans le génome humain utilisant l'ordonnancement par la synthèse

Des lacunes de séquence en chromosome humain 15 ont été comblées par l'application de la technologie 454. Les chercheurs écrivant dans la biologie de génome de tourillon de l'accès ouvert du central de Biomed ont décrit une méthode simple et évolutive pour terminer des lacunes non-structurelles dans des ensembles de génome.

Manuel Garber a travaillé avec une équipe de recherche de l'institut grand du MIT et du Harvard, le Massachusetts, Etats-Unis, pour développer une approche pour des lacunes fermantes de la classe III, ces lacunes non-structurelles qui sont réfractaires aux approches basées sur clone, utilisant 454 ordonnançant. Il a dit, « tandis que les méthodes basées sur clone demeurent moyen efficace d'attaquer des lacunes structurelles, elles ne résoudra pas les lacunes qui résultent des séquences récalcitrantes au clonage bactérien. Le génome humain contient toujours 127 lacunes de la classe III, on dont soyez susceptible d'être fermable par la méthode décrite ici ».

Une différence principale entre la méthodologie 454 et l'ordonnancement traditionnel est que le procédé 454 n'a aucune opération bactérienne de clonage. Garber et ses collègues ont conçu six paires d'amorce ancrés dans les seules séquences qui ont couvert de tuiles les trois lacunes et ont employé l'ACP pour amplifier ces régions. Ils ont alors tondu et ont directement ordonnancé les produits de écartement-enjambement d'ACP, utilisant les 454 GS FLX des sciences de la vie. Pour chaque écartement, les 454 s'affiche ont été avec succès réunis dans un contig unique et de haute qualité enjambant la région d'écartement.

Garber a dit, « la technique que nous nous présentons pourrions être également soyons appliqués à la fermeture visée des lacunes en d'autres génomes de finition de finition ou proches tels que la souris et le crabot, qui contiennent 103 et 47 lacunes de la classe III, respectivement ».