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La chiusura apre nel genoma umano facendo uso dell'ordinamento dalla sintesi

Le lacune di sequenza in cromosoma umano 15 sono state chiuse dall'applicazione della tecnologia 454. I ricercatori che scrivono nella biologia del genoma del giornale dell'accesso aperto della centrale di Biomed hanno descritto un metodo semplice ed evolutivo per la rifinitura delle lacune non strutturali in installazioni del genoma.

Manuel Garber ha lavorato con un gruppo dei ricercatori dal vasto istituto del MIT e di Harvard, Massachusetts, U.S.A., per sviluppare un approccio per le lacune di chiusura della classe III, quelle lacune non strutturali che sono refrattarie agli agli approcci basati a clone, facendo uso di 454 che ordinano. Ha detto, “mentre a metodi basati a clone rimangono efficaci mezzi di attacco delle lacune strutturali, essi non risolverà le lacune che risultassero dalle sequenze tenaci a clonazione batterica. Il genoma umano ancora contiene 127 lacune della classe III, molte di cui sono probabili essere chiudibili con il metodo descritto qui„.

Una differenza chiave fra la metodologia 454 e l'ordinamento tradizionale è che il trattamento 454 non ha punto batterico della clonazione. Garber ed i suoi colleghi hanno progettato sei paia della mano di fondo ancorati nelle sequenze uniche che hanno piastrellato le tre lacune ed hanno usato la PCR per ampliare queste regioni. Poi scorrimento e direttamente hanno ordinato i prodotti dimisurazione di PCR, facendo uso delle 454 scienze biologiche GS FLX. Per ogni spazio, i 454 leggono con successo sono stati montati in un singolo, contig di alta qualità che misura la regione di spazio.

Garber ha detto, “la tecnica che presentiamo potremmo essere anche ci applichiamo alla chiusura mirata a delle lacune in altra rifinita o avvicinarci rispettivamente ai genoma rifiniti quali il mouse ed il cane, che contengono 103 e 47 lacune della classe III,„.