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Fechar-se abre no genoma humano usando arranjar em seqüência pela síntese

As diferenças da seqüência no cromossoma humano 15 foram fechados pela aplicação da tecnologia 454. Os pesquisadores que escrevem na biologia do genoma do jornal do acesso aberto da central de Biomed descreveram um método simples e evolutivo para terminar diferenças não-estruturais nos conjuntos do genoma.

Manuel Garber trabalhou com uma equipe dos pesquisadores do instituto largo de MIT e de Harvard, Massachusetts, EUA, para desenvolver uma aproximação para diferenças de fechamento da classe III, aquelas diferenças não-estruturais que são refractárias às aproximações clone-baseadas, usando 454 que arranjam em seqüência. Disse, “quando os métodos clone-baseados permanecerem meios eficazes de atacar diferenças estruturais, elas não resolverá as diferenças que elevaram das seqüências recalcitrantes à clonagem bacteriana. O genoma humano ainda contem 127 diferenças da classe III, muitas de que seja provável ser closable pelo método descrito aqui”.

Uma diferença chave entre a metodologia 454 e arranjar em seqüência tradicional é que o processo 454 não tem nenhuma etapa bacteriana da clonagem. Garber e seus colegas projectaram seis pares da primeira demão ancorados nas seqüências originais que telharam as três diferenças e usaram o PCR para amplificar estas regiões. Cortaram então e arranjaram em seqüência directamente os produtos demedida do PCR, usando as 454 ciências da vida GS FLX. Para cada diferença, os 454 lêem foram montados com sucesso em um único, contig de alta qualidade que mede a região da diferença.

Garber disse, “a técnica que nós apresentamos poderíamos ser igualmente fôssemos aplicados ao fechamento visado das diferenças em outro terminadas ou aproximar os genomas terminados tais como o rato e o cão, que contêm 103 e 47 diferenças da classe III, respectivamente”.