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Entrehierros cerrados en el genoma humano usando la secuencia por síntesis

Los entrehierros de la serie en el cromosoma humano 15 han sido cerrados por el uso de la tecnología 454. Los investigadores que escribían en biología del genoma del gorrón del acceso abierto de la central de Biomed han descrito un método simple y escalable para acabar entrehierros no-estructurales en montajes del genoma.

Manuel Garber trabajó con personas de investigadores del instituto amplio de MIT y de Harvard, Massachusetts, los E.E.U.U., para desarrollar una aproximación para los entrehierros cerrados de la clase III, esos entrehierros no-estructurales que son refractarios a las aproximaciones copia-basadas, usando 454 que ordenaban. Él dijo, “mientras que los métodos copia-basados siguen siendo los medios efectivos de atacar entrehierros estructurales, ellas no resolverá los entrehierros que se presentan de las series recalcitrantes a la reproducción bacteriana. El genoma humano todavía contiene 127 entrehierros de la clase III, muchos cuyo sea probable ser cerradizo por el método descrito aquí”.

Una diferencia clave entre la metodología 454 y la secuencia tradicional es que el proceso 454 no tiene ningún paso bacteriano de la reproducción. Garber y sus colegas diseñaron seis pares de la pintura de fondo anclados en las series únicas que tejaron los tres entrehierros y utilizaron la polimerización en cadena para amplificar estas regiones. Entonces cortaron con tijeras y ordenaron directamente los productos de la polimerización en cadena entrehierro-que atravesaban, usando las 454 ciencias de la vida GS FLX. Para cada entrehierro, los 454 lee fueron montados con éxito en un contig único, de alta calidad que atraviesa la región del entrehierro.

Garber dijo, “la técnica que presentamos podríamos estar también nos apliquemos al cierre apuntado de entrehierros en otro acabado o acercar a los genomas acabados tales como ratón y perro, que contienen 103 y 47 entrehierros de la clase III, respectivamente”.