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Moyen neuf principal de l'e-science pour des biologistes

L'université de Manchester et l'institut européen européen de la bio-informatique de laboratoire de biologie moléculaire (EMBL-EBI) ont lancé un moyen neuf important de l'e-science pour les biologistes - qui pourraient accélérer la recherche dans des demandes de règlement pour la grippe H1N1 et le cancer.

Biocatalogue.org, un Bureau d'ordre centralisé des services Web curated des sciences de la vie, est officiellement lancé cette semaine à la 17ème Conférence Internationale annuelle sur les systèmes intelligents pour la biologie moléculaire et à la 8ème conférence européenne sur la conférence de bio-informatique (ISMB-ECCB 2009) à Stockholm.

Ce type d'accès systématique a le potentiel d'accélérer de manière significative le travail des chercheurs dans les domaines médicaux, agronomiques et pharmaceutiques. Le service permet à des chercheurs de découvrir, annoter, enregistrer et employer des services web biologiques.

Biocatalogue.org a environ 1.000 services Web biologiques - et de plus en plus sera enregistré et quotidiennement déjà annoté par des fournisseurs de services, des conservateurs et des usagers.

Des services sont surveillés par les mécanismes robotisés et par la communauté d'utilisateurs pour leur disponibilité et sérieux. Un système simple de feu de signalisation manifeste l'état actuel d'un service Web.

En plus de fournir les moyens aux bases de données et outil des sciences de la vie d'accès de programmatiquement au-dessus de l'Internet, l'installation agit en tant que place où les chercheurs peuvent contacter et contacter les experts et les soutiens de ces services.

Les services Web se sont accélérés en tant que des moyens d'empaqueter des caractéristiques existantes et des moyens de calcul sous une forme qui est favorable pour la composition d'utiliser-et par des applications de tiers.

La communauté des sciences de la vie est parmi les premiers adopteurs des services Web. Taverna, un établi de flux de travail qui est populaire au sein de la communauté des sciences de la vie - et qui a été commun développé par des informaticiens à l'université de Manchester - permet d'accéder à plus de 3.500 services Web qui peuvent se composer par des scientifiques pour construire et décréter leurs in silico expériences.

Mais un des problèmes majeurs qui gêne l'adoption et l'utilisation larges des services Web est la difficulté en localisant ceux qui exécutent l'analyse le scientifique est intéressé dedans.

Avec Biocatalogue.org, des services Web sont annotés par les conservateurs experts, fournisseurs de services et par la Communauté plus large employant des balises, le grade, des commentaires et des ontologies. Des outils robotisés d'exploitation et de surveillance sont également utilisés.

Le projet a été abouti par prof. Carole Goble à l'université de Manchester et de Rodrigo Lopez à EMBL EBI.

D'autres contributeurs comprennent Khalid Belhajjame, Franck Tanoh, Jiten Bhagat, Katy Wolstencroft et Robert Stevens de l'université de Manchester et Éric Nzuobontane, Hamish McWilliam et Thomas Laurent d'EMBL EBI.

Le projet est financé par le Conseil " Recherche " de biotechnologie et des sciences biologiques (BBSRC).

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