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Nuova risorsa principale di e-scienza per i biologi

L'università di Manchester e l'istituto europeo della bioinformatica del Laboratorio europeo di biologia molecolare (EMBL-EBI) hanno lanciato una nuova risorsa importante di e-scienza per i biologi - in grado di accelerare la ricerca sui trattamenti per influenza H1N1 e cancro.

Biocatalogue.org, una registrazione centralizzata dei web service curated di scienze biologiche, sta lanciando ufficialmente questa settimana alla diciassettesima conferenza internazionale annuale sui sistemi intelligenti per biologia molecolare ed all'ottava conferenza europea sulla conferenza di calcolo di biologia (ISMB-ECCB 2009) a Stoccolma.

Questo tipo di accesso sistematico ha il potenziale di accelerare significativamente il lavoro dei ricercatori nei campi medici, agronomici e farmaceutici. Il servizio permette che i ricercatori scoprano, annotino, registrino ed usino i servizi basati sul Web biologici.

Biocatalogue.org già ha intorno 1.000 web service biologici - e sempre più sarà registrato ed annotato dai fornitori di servizi, dai curatori e dagli utenti su base giornaliera.

I servizi sono riflessi dai meccanismi automatizzati e dall'associazione di utenti per la loro disponibilità ed affidabilità. Un impianto semaforico semplice video lo stato attuale di un web service.

Oltre a fornire i mezzi programmatico per accedere agli strumenti ed ai database di scienze biologiche su Internet, la funzione funge da posto in cui i ricercatori possono contattare ed incontrare gli esperti ed i sostenitori di questi servizi.

I web service hanno guadagnato uno slancio come mezzi per l'imballaggio i dati attuali e delle risorse di calcolo in un modulo che è favorevole per uso e composizione dalle applicazioni dei terzi.

La comunità di scienze biologiche è fra i primi adottanti dei web service. Taverna, una stazione di lavoro di flusso di lavoro che è popolare all'interno della comunità di scienze biologiche - e che è stata sviluppata insieme dagli informatici all'università di Manchester - consente l'accesso oltre a 3.500 web service che possono essere composti dagli scienziati per la costruzione ed il decreto dei loro in silico esperimenti.

Ma uno dei punti principali che ostacola l'ampi approvazione ed uso dei web service è la difficoltà nell'individuazione dei quelli che eseguono l'analisi lo scienziato è interessato dentro.

Con Biocatalogue.org, i web service sono annotati dai curatori esperti, fornitori di servizio e dall'più ampia Comunità che usando i tag, la classificazione, le osservazioni e le ontologie. Gli strumenti di estrazione mineraria e di video Automated egualmente sono utilizzati.

Il progetto piombo da prof. Carole Goble all'università di Manchester e di Rodrigo Lopez a EMBL EBI.

Altri contributori includono Khalid Belhajjame, Franck Tanoh, Jiten Bhagat, Katy Wolstencroft e Robert Stevens dall'università di Manchester ed Eric Nzuobontane, Hamish McWilliam e Thomas Laurent da EMBL EBI.

Il progetto è costituito un fondo per dalla biotecnologia e dal consiglio della ricerca di scienze biologiche (BBSRC).

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