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Concession grande d'opportunité pour poursuivre l'ordonnancement de « entier-génome » des patients présentant l'autisme

L'institut national de la santé mentale attribue $4,5 millions pour s'appliquer la technologie de la deuxième génération à trouver les causes de l'autisme

L'hôpital pour enfants Boston, avec l'institut et la Faculté de Médecine grands de Harvard, a été attribué une concession grande d'opportunité de l'institut national de la santé mentale en tant qu'élément de l'envoi de stimulus fédéral, pour poursuivre l'ordonnancement de « entier-génome » des patients présentant l'autisme, utilisant des technologies neuves pour l'ADN rapide ordonnançant pour comprendre mieux les causes de l'autisme. Approximativement $4,5 millions la concession, une partie de l'envoi de stimulus fédéral, commence officiellement le 30 septembre. Toutes les caractéristiques génétiques de séquence seront rendues publiquement - procurables.

L'autisme fonctionne fréquemment dans les familles, et est le plus hautement le génétique des troubles neuropsychiatriques. Au sujet de des gènes et des mutations douzaine détails ont été découverts, y compris plusieurs par des chercheurs aux enfants. Pourtant ces gènes partent toujours inexpliqué de l'immense majorité de cas d'autisme -- environ 85 pour cent, indiquent Christopher A. Walsh, DM, PhD, responsable de génétique à l'hôpital pour enfants Boston, qui aboutit l'initiative neuve avec des Co-chercheurs Michael Greenberg, PhD, chef de la neurobiologie à la Faculté de Médecine de Harvard, et une équipe à l'institut grand du MIT et du Harvard, abouti par Stacey Gabriel, PhD, et David Altshuler, DM, PhD.

Le projet se concentrera d'abord sur 85 patients du Moyen-Orient, précédemment étudiés en laboratoire de Walsh, dont les parents partagent l'ascendance courante et qui ont les formes récessives de l'autisme. Ces patients effectuent de bons sujets initiaux pour l'étude parce que les analyses de lien de leurs familles étendus ont déjà rétréci l'inducteur des mutations de candidat vers le bas à juste 1 pour cent de leur génome. Puisque l'autisme est extrêmement variable génétiquement, les familles nombreuses rares avec les personnes affectées multiples présentent un bon moyen de tracer des gènes de pathogène, on dont produisez-vous également dans des patients d'autisme généralement.

Car des techniques sont raffinées, Walsh et collègues commenceront à exécuter et interpréter l'information génétique de séquence d'autres groupes de patients d'autisme, y compris les familles américaines. « Dans une année ou deux, nous espérons développer la technologie et les techniques d'informatique qui devraient aider à comprendre beaucoup de chevreaux avec l'autisme, » Walsh dit.

L'équipe commencera en analysant le « exome » - les 2 pour cent du génome ce directement des indicatifs pour des protéines. Pour les patients dont l'origine génétique demeure un mystère, une deuxième étape de l'étude ordonnancera et analysera de paires de bases du génome entier 3,2 milliards (les combinaisons d'A, de C, de T et G) de qui composent notre armement complet de 20.000 à 25.000 gènes. De cette façon, les chercheurs espèrent découvrir les parties noncoding du génome -- « camelote » parfois appelée ADN -- cela n'effectuent pas des protéines mais peuvent contenir les contacts critiques qui règlent l'activité de gène.

La pièce d'informatique du projet, aboutie par Timothy Yu, DM, PhD, dans le laboratoire de Walsh, sera la plus importante et provocante. Avec les machines neuves, l'ordonnancement d'ADN est devenu relativement facile et bon marché ; ce qui est dur interprète la pléthore de l'information. Les chercheurs compareront l'information de séquence de leurs patients d'autisme à cela de normal règle, utilisant des caractéristiques de l'international « que 1000 génomes projettent, » leur permettant de discerner des variations génétiques personnelles normales des variations qui entraînent l'autisme. « Ces caractéristiques neuves devraient nous donner l'énorme pouvoir d'interpréter les découvertes dans nos patients d'autisme, et figurent à l'extérieur ce qui est le signe et ce qui est bruit, » Walsh disent. « Trois millions de lettres dans la séquence d'ADN peuvent différer entre vous et moi -- nous devons figurer à l'extérieur que les modifications entraînent à la maladie. »

Une partie indépendante du projet, aboutie par Greenberg, regardera l'activité de gène dans des neurones humains, se concentrant sur les gènes qui se situent dans les accumulations de l'ADN qui se sont précédemment avérées pour être effacées dans les familles du Moyen-Orient avec l'autisme. En 2008, Greenberg et Walsh rapportés que quelques mutations d'autisme peuvent affecter des séquences de « promoteur » ou de « amplificateur », morceaux d'ADN qui agissent en tant que contacts « mise en marche/arrêt » réglant l'activité de gène. (Voyez : http://www.childrenshospital.org/newsroom/Site1339/mainpageS1339P1sublevel445.html.) maintenant, le laboratoire de Greenberg étudiera la vie, neurones actifs pour produire un plan systématique de ces contacts critiques dans le génome humain, alors que l'équipe d'hôpital pour enfants recherche la relation entre ces contacts et autisme.

Puisque le financement grand d'opportunité exige que l'argent de concession soit dépensé dans les 18 mois, le projet déménagera rapidement. L'objectif ultime du projet est d'associer différentes formes d'autisme clinique aux variations de l'ADN et de l'activité de gène, et d'effectuer ces informations disponibles à tous les chercheurs d'autisme.