Attenzione: questa pagina è una traduzione automatica di questa pagina originariamente in lingua inglese. Si prega di notare in quanto le traduzioni sono generate da macchine, non tutte le traduzioni saranno perfetti. Questo sito web e le sue pagine web sono destinati ad essere letto in inglese. Ogni traduzione del sito e le sue pagine web possono essere imprecise e inesatte, in tutto o in parte. Questa traduzione è fornita per comodità.

Primo inventario di diversità microbica negli oceani del mondo

La pubblicazione del punto di riferimento questa settimana “di una mappa„ del trucco batterico degli esseri umani in buona salute ha root profonde in un posto inatteso: l'oceano.

Le comunità microbiche su cui viva e nel corpo umano, conosciuto collettivamente come il microbiome, sono pensate per avere un ruolo critico nelle sanità e nella malattia. Cinque anni fa, gli istituti della sanità nazionali hanno lanciato il progetto ambizioso Microbiome dell'essere umano (HMP) per definire i limiti della variazione batterica trovati in 242 esseri umani in buona salute.

“per capire che cosa malato è, è utile definire il microbiome sano in primo luogo,„ dice lo scienziato Susan M. Huse, un autore principale di MBL di uno dei rapporti di HMP pubblicati questa settimana.

Gli scienziati del progetto 200 da 80 istituzioni, compresi Huse e Mitchell Sogin dal MBL, hanno affrontato il compito spaventoso di avere significato di più di 5.000 campioni di DNA umano e batterico e 3,5 terabases dei dati genomica.

La soluzione? Il HMP ha adottato vari, l'ordinamento genetico avanzato ed i metodi di analisi, molti di cui originalmente sono stati sviluppati dal MBL per il censimento internazionale dei Microbi-un marini massicci, il progetto di dieci anni che ha reso il primo inventario di diversità microbica negli oceani del mondo.

E, forse secondo le aspettative, il HMP ha scoperto che le distribuzioni microbiche del corpo umano non sono così differenti da quelle negli ecosistemi dell'oceano.

Se nell'intestino umano, bocca, o vagina, l'oceano Pacifico o il mar dei Sargassi, le comunità microbiche contengono alcuni tipi batterici altamente abbondanti più molti, molti altri tipi dell'basso abbondanza (la cosiddetta “biosfera rara,„ un fenomeno in primo luogo scoperto nei campioni dell'oceano da Sogin ed i suoi colleghi di MBL).

“Guardiamo più molto attentamente, più batterica la diversità che troviamo,„ Huse dice. “Possiamo nemmeno nominare tutti questi generi di batteri che stiamo scoprendo in habitat umani ed ambientali. È come la prova di nominare tutte le stelle.„ I ricercatori di HMP hanno concluso che le 10.000 specie batteriche stimate occupano il microbiome umano.

Il HMP egualmente ha confermato quello nella gente, come nell'oceano, che i batteri sono abbondanti e che sono rari variano dal sito al sito. Il batterioide comune del batterio, per esempio, può comprendere quasi 100% i microbi in un intestino della persona, eppure è a mala pena presente in di un altro.

“Che cosa questi il mezzo è, non c' è appena un modo essere sano,„ dice Huse. “Ci non deve essere una o due “appena destra„ comunità dell'intestino, ma piuttosto un intervallo “appena„ delle comunità fini.„

Un'altra individuazione chiave del HMP è che quasi ognuna porta i agente-microbi conosciuti per causare la malattia. In persone in buona salute, tuttavia, gli agenti patogeni non causano malattia; coesistono semplicemente con il resto dei microbi rari ed abbondanti nel microbiome della persona. I ricercatori ora devono capire perché alcuni agenti patogeni girano estremamente ed in che circostanze, probabilmente rivedenti i concetti correnti di come i microrganismi causano la malattia.

“È realmente importante capire come e perché questi organismi rari “oscillano, “„ Huse dice. “Ed uno dei problemi che abbiamo è antibiotici della presa della gente, che realmente cambiano il microbiome. Gli antibiotici possono uccidere i batteri abbondanti, che poi permette che i batteri rari fioriscano in un ambiente dell'intestino in pieno di alimento. Se i batteri rari includono un agente patogeno, quindi potete ammalarti.„

Il HMP ha impiegato due strategie importanti per caratterizzare i microbi in 18 siti differenti nella bocca, nel radiatore anteriore, nell'interfaccia, nella vagina e nei feci dei volontari. La prima strategia ha detto loro “chi„ c'erano. Il tag chiamato del rRNA 16s che ordina, il MBL in primo luogo ha adattato questo metodo per “di prossima generazione„ ordinando nel della metà del 2000 la s, per identificare quali microbi erano presenti nei campioni dell'oceano e nelle loro abbondanze relative. (L'ordinamento di prossima generazione produce i grandi volumi di ordinamento dei dati molto più a buon mercato dei metodi tradizionali.) La seconda strategia il HMP adottato, chiamato fucile da caccia che ordina, è stata impiegata per scoprire che funzioni i microbi potrebbero eseguire.

“Ora abbiamo una lista di “chi„ è nel microbiome umano e un'altra lista di cui stanno facendo. La parte del compito avanti deve legare insieme che gli organismi stanno facendo che funzioni,„ Huse dice.

La comprensione come la gente è le stesse, malgrado le variazioni nei loro microbiomes, è un'altra sfida significativa per ricerca futura. “Ad un certo livello ci devono essere similarità, perché siamo tutti che mangiano e che digeriscono e così via,„ Huse dicono. “Forse gli aspetti differenti di interazione del sistema immunitario e di digestione possono essere eseguiti tramite vari raduni differenti dei batteri.„