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CNIO produit 2 bases de données neuves pour étudier le génome humain

Les scientifiques du groupe structurel de bio-informatique au centre national espagnol de cancérologie (CNIO), abouti par Alfonso Valence, avec les chercheurs français et américains, ont des récent deux articles publiés dans la recherche d'acide nucléique de tourillon (NAR) qui introduisent deux bases de données neuves pour étudier le génome humain.

Les êtres vivants d'eucaryote sont capables de produire de plusieurs protéines de l'information contenue dans un gène unique. Cette caractéristique spéciale existe en partie grâce au procédé d'épissage alternatif qui joint sélecteur quelques exons (les régions des gènes qui produisent des protéines) et pas d'autres, afin de produire les protéines requises dans chaque moment.

Les articles publiés par Valence étudient le transfert de cette information, qui est contenue dans les molécules intermédiaires entre les gènes et les protéines-le RNAs -, et qui sera employé pour comprendre le génome, la voie il fonctionne et le rôle de certaines de ses variantes dans l'origine des maladies humaines comme le cancer.

Un exemple illustratif de la relation entre RNAs et maladie est la leucémie lymphocytaire chronique. Chercheurs du consortium espagnol de leucémie lymphocytaire chronique (CLL--ICGC), dont l'équipe de Valence fait partie, ont observé une accumulation de mutations dans les gènes responsables du procédé de épissure. Ces observations proposent que l'altération dans des ces mécanismes pourrait être la cause de la maladie.

COMPILER DES CARACTÉRISTIQUES FONCTIONNELLES

Un des articles publiés dans le NAR rend la base de données d'APPRIS procurable au public et contient un système de calcul intégré qui recense ces variantes de protéine d'épissage alternatif qui sont les plus appropriées pour des cellules.

Cette base de données neuve a rassemblé des variantes fonctionnelles de 85% du génome humain, que « le transforme en puissant outil pour analyser des mutations spécifiques dans des variantes de protéine liées à la maladie », dit TESS de Michael, l'auteur important de l'article.

Le système d'APPRIS fait partie du projet international de CODAGE, auquel plus de 400 scientifiques de 32 laboratoires au R-U, les USA, le Singapour, le Japon, la Suisse et l'Espagne ont participé.

UN CATALOGUE DE PLUS DE 16,000 CHIMÈRES

Le procédé de l'épissure devient plus complexe avec RNAs chimérique, qui sont produits par la jointure des exons à partir de différents gènes. Le deuxième article publié dans le NAR explique la base de données de ChiTaRS, dans laquelle plus de 16,000 RNAs chimérique des êtres humains, les souris et le melanogaster de drosophile de mouche à fruit sont rassemblés.

En outre, ChiTaRS rapporte certains de ces RNAs chimérique à l'altération de chromosome qui sont présente dans différents types de cancer.

Les entrées dans ChiTaRS sont comportées au système universel de base de connaissances d'UniProt (UniProtKB), celui contient un catalogue grand d'information sur des protéines des laboratoires autour du monde.

« Le RNAs et les protéines chimériques sont devenus un puissant outil pour des chercheurs au cours de ces dernières années, pendant qu'ils peuvent être employés en tant que bornes neuves de cancer, aussi bien que possible des objectifs pour le rétablissement des médicaments neufs, » dit Milana Frenkel--Morgenstern, le premier auteur de l'étude. Ce catalogue neuf aidera également davantage de compréhension de l'évolution de RNAs chimérique dans les eucaryotes et de leurs fonctionnements dans les organismes.