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CNIO crea 2 nuovi database per studiare il genoma umano

Gli scienziati dal gruppo di calcolo strutturale di biologia al centro nazionale spagnolo di ricerca sul cancro (CNIO), piombo da Alfonso Valencia, insieme ai ricercatori francesi ed americani, hanno pubblicato recentemente due articoli nella ricerca dell'acido nucleico del giornale (NAR) che introducono due nuovi database per lo studio del genoma umano.

Gli esseri viventi dell'eucariota sono capaci della generazione delle parecchie proteine dalle informazioni contenute in un singolo gene. Questa caratteristica speciale esiste parzialmente grazie al trattamento di splicing alternativo che unisce selettivamente alcuni esoni (le regioni di geni che producono le proteine) e non altri, per produrre le proteine state necessarie in ogni momento.

Gli articoli pubblicati da Valencia studiano il trasferimento di questi informazioni, che sono contenuti nelle molecole intermedie fra i geni e le proteine- RNAs - e che sarà usato per capire il genoma, il modo funziona ed il ruolo di alcune delle sue varianti nell'origine delle malattie umane come cancro.

Un esempio indicativo della relazione fra RNAs e la malattia è la leucemia linfocitaria cronica. Ricercatori dal consorzio spagnolo cronico di leucemia linfocitaria (CLL--ICGC), di cui il gruppo di Valencia fa parte, hanno osservato una capitalizzazione delle mutazioni nei geni responsabili del trattamento d'impionbatura. Queste osservazioni suggeriscono che le alterazioni in questi meccanismi potrebbero essere la causa della malattia.

DATI FUNZIONALI DI COMPILAZIONE

Uno degli articoli pubblicati nel NAR mette a disposizione il database di APPRIS del pubblico e contiene un sistema di calcolo integrato che identifica quelle varianti della proteina di splicing alternativo che sono le più pertinenti per le celle.

Questo nuovo database ha riunito le varianti funzionali di 85% del genoma umano, che “lo trasforma in uno strumento potente per analizzare le mutazioni specifiche nelle varianti della proteina relative alla malattia„, dice il TESS di Michael, l'autore principale dell'articolo.

Il sistema di APPRIS fa parte del progetto internazionale di CODIFICA, a cui più di 400 scienziati da 32 laboratori nel Regno Unito, gli Stati Uniti, Singapore, il Giappone, la Svizzera e la Spagna hanno partecipato.

UN CATALOGO DI PIÙ DI 16,000 CHIMERE

Il trattamento dell'impionbatura diventa più complesso con RNAs chimerico, che sono prodotti dall'unirsi degli esoni dai geni differenti. Il secondo articolo pubblicato nel NAR spiega il database di ChiTaRS, in cui più di 16,000 RNAs chimerico dagli esseri umani, mouse e il melanogaster della drosofila della mosca di frutta sono riuniti.

Ancora, ChiTaRS riferisce alcuni dei questi RNAs chimerico alle alterazioni del cromosoma che sono presenti nei tipi differenti di cancri.

Le entrate in ChiTaRS sono comprese nel sistema universale della base di conoscenze di UniProt (UniProtKB), quello contiene un vasto catalogo di informazioni sulle proteine dai laboratori intorno al mondo.

“Il RNAs e le proteine chimeriche si sono trasformati in in uno strumento potente per i ricercatori durante questi ultimi anni, mentre possono essere usati come nuovi indicatori del cancro, il meglio possibile obiettivi per la generazione di nuove droghe,„ dice Milana Frenkel--Morgenstern, il primo autore dello studio. Questo nuovo catalogo egualmente aiuterà ulteriore comprensione dell'evoluzione di RNAs chimerico in eucarioti e delle loro funzioni negli organismi.