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CNIO cria 2 bases de dados novas para estudar o genoma humano

Os cientistas do grupo computacional estrutural da biologia no centro de investigação do cancro nacional espanhol (CNIO), conduzido por Alfonso Valência, junto com pesquisadores franceses e americanos, publicaram recentemente dois artigos na pesquisa do ácido nucleico do jornal (NAR) que introduzem duas bases de dados novas para estudar o genoma humano.

Os seres vivos do eukaryote são capazes de gerar diversas proteínas da informação contida em um único gene. Esta característica especial existe em parte agradecimentos ao processo de emenda alternativo que se junta selectivamente a alguns exons (as regiões de genes que produzem proteínas) e não a outro, a fim produzir as proteínas necessários em cada momento.

Os artigos publicados por Valência estudam transferência desta informação, que são contidas nas moléculas intermediárias entre os genes e as proteínas- RNAs -, e que será usada para compreender o genoma, a maneira ele funciona e o papel de algumas de suas variações na origem de doenças humanas como o cancro.

Um exemplo ilustrativo do relacionamento entre RNAs e doença é a leucemia lymphocytic crônica. Pesquisadores do consórcio espanhol crônico da leucemia Lymphocytic (CLL--ICGC), de que a equipe de Valência faz parte, observaram uma acumulação de mutações nos genes responsáveis para o processo de emenda. Estas observações sugerem que as alterações nestes mecanismos possam ser a causa da doença.

DADOS FUNCIONAIS DE COMPILAÇÃO

Um dos artigos publicados no NAR faz a base de dados de APPRIS disponível ao público e contem um sistema computacional integrado que identifique aquelas variações de emenda alternativas da proteína que são as mais relevantes para pilhas.

Esta base de dados nova reuniu variações funcionais de 85% do genoma humano, que “o transforma em uma ferramenta poderosa para analisar mutações específicas nas variações da proteína relativas à doença”, diz TESS de Michael, autor principal do artigo.

O sistema de APPRIS é parte do projecto internacional da CODIFICAÇÃO, em que mais de 400 cientistas de 32 laboratórios no Reino Unido, os E.U., Singapura, Japão, Suíça e Espanha participaram.

UM CATÁLOGO DE MAIS DE 16,000 QUIMERAS

O processo de emenda torna-se mais complexo com RNAs quiméricoe, que são produzidas pela junta dos exons dos genes diferentes. O segundo artigo publicado no NAR explica a base de dados de ChiTaRS, em que mais de 16,000 RNAs quiméricoe dos seres humanos, ratos e o melanogaster da drosófila da mosca de fruto são reunidos.

Além disso, ChiTaRS relaciona alguns dos estes RNAs quiméricoe às alterações do cromossoma que estam presente em tipos diferentes de cancro.

As entradas em ChiTaRS são incorporadas no sistema universal da base de conhecimentos de UniProt (UniProtKB), de que contêm um catálogo largo da informação em proteínas dos laboratórios em todo o mundo.

“O RNAs e as proteínas quiméricoas transformaram-se uma ferramenta poderosa para pesquisadores durante estes últimos anos, como pode ser usado como marcadores novos do cancro, o melhor possível alvos para a geração de drogas novas,” diz Milana Frenkel--Morgenstern, primeiro autor do estudo. Este catálogo novo igualmente ajudará uma compreensão mais adicional da evolução de RNAs quiméricoe nos eukaryotes e de suas funções nos organismos.