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Diverse molecole di hydroxymethylcytosine in DNA individuato con il nuovo metodo che comprende analisi chimica del nanopore e di modifica

Cambia nelle basi che compongono il DNA per fungere da indicatori, dicenti ad una cella quali geni dovrebbe leggere e quale non dovrebbe. Nel giornale Angewandte Chemie, un gruppo britannico ora ha introdotto un nuovo metodo che permette di arricchire i segmenti rari del gene che contengono il hydroxymethylcytosine basso modificato e di identificare le diverse molecole di hydroxymethylcytosine in DNA. Tali modifiche sono associate con le malattie autoimmuni ed il cancro.

Le basi adenina, guanina, citosina e timine compongono il codice genetico. Ogni cella dell'organismo contiene un insieme identico di materiale genetico completo. Tuttavia, i vari tessuti nell'organismo sono molto differenti l'uno dall'altro. Ciò è perché le celle hanno la capacità di trascrivere soltanto una selezione specifica dei geni nelle proteine, lasciando altri geni inutilizzati. Fattori epigenetici quali “gli indicatori„ sul controllo del DNA questo trattamento. La citosina bassa può essere fornita con differenti gruppi laterali, quale un gruppo metilico o idrossimetilico. La metilazione densa del gene regolatore segmenta le opzioni fuori dai geni corrispondenti. Durante lo sviluppo dell'embrione, i reticoli di metilazione iniziano la differenziazione delle cellule. I cambiamenti nei reticoli di metilazione sono associati con le malattie autoimmuni ed il cancro. I reticoli di Hydroxymethylcytosine egualmente sembrano svolgere un ruolo nella differenziazione delle cellule staminali embrionali come pure nell'espressione genica in celle del sistema nervoso centrale.

Ordinando le tecniche che possono essere usate specificamente per individuare le basi epigenetiche sia così molto importante. Fin qui, l'identificazione del hydroxymethylcytosine ha richiesto i trattamenti complessi, costosi, o soggetti a errori. Un gruppo piombo da Hagan Bayley all'università di università di Oxford ora ha sviluppato una modifica chimica che tiene conto la differenziazione del hydroxymethylcytosine e del methylcytosine con l'ordinamento nei nanopores.

Sviluppato da Oxford Nanopore, una società costituita da Hagan Bayley nel 2005, il metodo del nanopore è un'alternativa altamente di promessa all'ordinamento delle molecole diverse del DNA senza un punto di amplificazione. Fed da un enzima, un singolo filo dei thread del DNA attraverso un poro membrana-incassato della proteina. Secondo quale delle basi sono in un dato momento nella parte più stretta del poro, c'è un cambiamento caratteristico nel flusso della corrente attraverso il poro.

Una reazione chimica fra il hydroxymethylcytosine, il bisolfuro e un peptide cisteina-contenente che lascia l'altro base-compreso methylcytosine-immutato, notevolmente migliora la risoluzione mentre le varie basi provocano le differenze nella corrente.

D'importanza, è possibile fissare un indicatore fluorescente al sito modificato, o “un occhio„ molecolare che può essere usato per fissare le sequenze di DNA hydroxymethylcytosine-contenenti rare “agli ami„ che permettono che i frammenti siano arricchiti sopra i frammenti invariati, permettendo all'analisi rapida di sequenza.