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Moléculas individuais do hydroxymethylcytosine no ADN detectado pelo método novo que envolve a análise química da alteração e do nanopore

Muda nas bases que compo o ADN para actuar como marcadores, dizendo a uma pilha que genes deve ler e qual não deve. No jornal Angewandte Chemie, uma equipe britânica tem introduzido agora um método novo que tornasse possível enriquecer os segmentos raros do gene que contêm o hydroxymethylcytosine baixo alterado e identificar moléculas individuais do hydroxymethylcytosine no ADN. Tais alterações são associadas com as doenças auto-imunes e o cancro.

As bases adenina, guanina, cytosine, e thymine compo o código genético. Cada pilha do corpo contem um grupo idêntico de material genético completo. Contudo, os vários tecidos no corpo são muito diferentes de se. Isto é porque as pilhas têm a capacidade para transcrever somente uma selecção específica dos genes em proteínas, deixando outros genes não utilizados. Factores epigenéticos tais como “marcadores” no controle do ADN este processo. O cytosine baixo pode ser equipado com os grupos laterais diferentes, tais como um grupo metílico ou hydroxymethyl. O methylation denso do gene regulador segmenta interruptores fora dos genes correspondentes. Durante a revelação do embrião, os testes padrões do methylation iniciam a diferenciação de pilha. As mudanças nos testes padrões do methylation são associadas com as doenças auto-imunes e o cancro. Os testes padrões de Hydroxymethylcytosine igualmente parecem jogar um papel na diferenciação de células estaminais embrionárias assim como na expressão genética nas pilhas do sistema nervoso central.

Arranjando em seqüência as técnicas que podem ser usadas para detectar especificamente bases epigenéticas seja assim muito importante. Até agora, a identificação do hydroxymethylcytosine exigiu processos complexos, caros, ou sujeitos a erros. Uma equipe conduzida por Hagan Bayley na universidade da universidade de Oxford tem desenvolvido agora uma alteração química que permitisse a diferenciação do hydroxymethylcytosine e do methylcytosine com arranjar em seqüência nos nanopores.

Tornado por Oxford Nanopore, uma empresa formada por Hagan Bayley em 2005, o método do nanopore é uma alternativa altamente prometedora a arranjar em seqüência de moléculas individuais do ADN sem uma etapa da amplificação. Fed por uma enzima, uma única costa do ADN rosqueia através de um poro membrana-encaixado da proteína. Segundo qual das bases está na parte a mais estreita do poro em um dado momento, há uma mudança característica no fluxo da corrente através do poro.

Uma reacção química entre o hydroxymethylcytosine, o bissulfito, e um peptide decontenção que saa de outro base-incluir methylcytosine-inalterado, melhora extremamente a definição enquanto as várias bases conduzem às diferenças na corrente.

Importante, é possível anexar um marcador fluorescente ao local alterado, ou um “olho molecular” que possa ser usado para anexar os fragmentos decontenção raros do ADN aos “ganchos” que permitem que os fragmentos sejam enriquecidos sobre fragmentos unmodified, permitindo a análise rápida da seqüência.