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Il nuovo approccio ha potuto democratizzare la sorveglianza virale, dice lo scienziato di UCSF

Il virus tacca-sopportato di Lone Star è stato identificato conclusivamente come componente di una famiglia di altri virus tacca-sopportati chiamati bunyaviruses, che causano spesso la febbre, i problemi respiratori e lo spurgo, secondo la nuova ricerca piombo dagli scienziati a Uc San Francisco (UCSF).

Che cosa ha fatto il lavoro che promette particolarmente, ha detto il ricercatore principale Charles Chiu, MD, PhD, era la velocità a cui il virus definitivo è stato identificato. Il gruppo ha usato un nuovo approccio al gene che ordina che permesso a loro completamente per ricostruire il genoma precedentemente sconosciuto dei virus in meno di 24 ore - significativamente più velocemente tecniche d'ordinamento convenzionali, che possono richiedere i giorni alle settimane.

La tecnica, chiamata ordinamento profondo ultrarapido, combina in profondità l'ordinamento - una tecnologia di emergenza che ricostruisce un'intera sequenza del DNA da un frammento minuscolo di DNA - con le tecniche avanzate e gli algoritmi di calcolo sviluppati nei laboratori di Chiu e dei suoi collaboratori della ricerca.

Chiu, un assistente universitario della medicina del laboratorio a UCSF e Direttore dei sistemi diagnostici e della scoperta virali di UCSF-Abbott concentrano, riferito i risultati in un documento pubblicato il 29 aprile in PLOS UNO. Può essere trovato online a http://www.plosone.org/.

Il gruppo ha trovato che il virus di Lone Star, che è portato dalla tacca di Lone Star, americanum di Amblyomma, è collegato con un gruppo di agenti patogeni umani compreso febbre severa con il virus di sindrome della trompocitopenia, che ha infettato i centinaia di agricoltori in Cina fra 2008 e 2010; Il virus di Bhanja, inizialmente ha trovato in India; Il virus di Palma, ha trovato nel Portogallo; ed il virus della zona centrale, una malattia recentemente ha riferito fra gli agricoltori nel Missouri.

“Non abbiamo mostrato che il virus di Lone Star causa la malattia in esseri umani,„ Chiu abbiamo avvertito, “sebbene il laboratorio ed i dati di ordinamento suggerissero che questa sia una possibilità distinta.„

Ha detto che il lavoro può risultare essere significativo alla luce del fatto che quasi tutte le malattie emergenti scoperte durante le due decadi scorse hanno provenuto da animali. Mentre le cause di molte malattie infettive umane “sono state caratterizzate abbastanza bene,„ ha detto, ricercatori ha “soltanto ha toccato la punta dell'iceberg„ riguardo agli agenti patogeni che hanno il potenziale di passare dagli animali agli esseri umani.

Chiu ha indicato una serie di trasmissioni animale--umane serie ed inattese di malattia durante gli ultimi 10 anni, compreso il SAR nel 2003, l'influenza H1N1 nel 2009 e lo scoppio corrente di influenza aviaria H7N9, che già ha provocato più di 20 morti in Cina.

“La natura sta gettandoci continuamente curveballs,„ Chiu ha detto. “Probabilmente saremo affrontati sempre alla minaccia dei virus novelli di scoppio che provengono dagli animali o dagli insetti. Sarà estremamente importante identificare e caratterizzare quei virus il più rapidamente possibile - ottenere un vantaggio acquisito all'inizio di una gara sullo sviluppo delle analisi diagnostiche per sorveglianza e droghe, o vaccini per il trattamento - prima che abbiano una probabilità realmente spargersi.„

In tali circostanze, l'ordinamento profondo ultrarapido sarà “estremamente utile,„ ha detto. “Prima che il SAR sia identificato ed ordinato stato facendo uso dei metodi convenzionali, più di una settimana di tempo era perso stato. Quel genere di mora potrebbe essere abbastanza rischioso in un virus che si sparge rapido in popolazioni umane.„

Chiu ed il suo gruppo pianificazione introdurre un'interfaccia grafica che permetterà che i piccoli laboratori analizzino ed accedano ad ultrarapido, profondo-ordinante i dati attraverso la nuvola che computa su Internet, anche se non hanno accesso ai computer avanzati.

“Questo significherà che tutto il laboratorio remoto in Asia o in Africa - dove molti questi scoppi recenti hanno accaduto - potrà utilizzare un sequenziatore portatile e campo-pronto del benchtop agganciato fino ad uno smartphone o il computer portatile con un collegamento a Internet, per ottenere una sequenza genetica completa di un agente patogeno novello entro le ore,„ ha detto Chiu. “La nostra speranza è che questi sforzi democratizzeranno la sorveglianza e l'indagine sulle malattie infettive.„