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A aproximação nova podia democratizar a fiscalização viral, diz o cientista de UCSF

O vírus tiquetaque-carregado de Lone Star foi identificado conclusiva como parte de uma família de outros vírus tiquetaque-carregados chamados os bunyaviruses, que causam frequentemente a febre, problemas respiratórios e sangramento, de acordo com a pesquisa nova conduzida por cientistas em Uc San Francisco (UCSF).

O que fez o trabalho que promete especialmente, disse o investigador principal Charles Chiu, DM, PhD, estava a uma velocidade em que o vírus foi identificado definitiva. A equipe usou uma aproximação nova ao gene que arranja em seqüência que permitido lhes para reconstruir completamente significativamente mais rapidamente o genoma previamente desconhecido dos vírus em menos de 24 horas - as técnicas arranjando em seqüência do que convencionais, que podem tomar dias às semanas.

A técnica, chamada arranjar em seqüência profundo ultra-rápido, combina profundamente arranjar em seqüência - uma tecnologia emergente que reconstrua uma seqüência inteira do ADN de uma pequena notícia minúscula do ADN - com as técnicas avançadas e os algoritmos computacionais desenvolvidos nos laboratórios de Chiu e de seus colaboradores da pesquisa.

Chiu, um professor adjunto da medicina do laboratório em UCSF e o director dos diagnósticos e da descoberta virais de UCSF-Abbott centram-se, relatado os resultados em um papel publicado em PLOS UM o 29 de abril. Pode-se encontrar em linha em http://www.plosone.org/.

A equipe encontrou que o vírus de Lone Star, que é levado pelo tiquetaque de Lone Star, americanum de Amblyomma, é relacionada a um grupo de micróbios patogénicos humanos que incluem a febre severa com o vírus da síndrome do Thrombocytopenia, que contaminou centenas de fazendeiros em China entre 2008 e 2010; O vírus de Bhanja, encontrou inicialmente na Índia; O vírus de Palma, encontrou em Portugal; e o vírus do coração, uma doença relatou recentemente entre fazendeiros em Missouri.

“Nós não mostramos que o vírus de Lone Star causa a doença nos seres humanos,” Chiu advertimos, “embora o laboratório e os dados arranjar em seqüência sugerem que esta seja uma possibilidade distinta.”

Disse que o trabalho pode provar ser significativo à luz do facto que quase todas as doenças emergentes descobertas sobre as duas décadas passadas originaram nos animais. Quando as causas de muitas doenças infecciosas humanas “forem caracterizadas consideravelmente bem,” disse, pesquisadores tem “tocou somente na ponta do iceberg” no que diz respeito aos micróbios patogénicos que têm o potencial passar dos animais aos seres humanos.

Chiu aguçado a um número de transmissões animal-à-humanas sérias e inesperadas da doença durante os últimos 10 anos, incluindo o SARS em 2003, a gripe H1N1 em 2009, e a manifestação actual de gripe das aves H7N9, que tem conduzido já a mais de 20 mortes em China.

A “natureza está jogando-nos continuamente curveballs,” Chiu disse. “Nós seremos enfrentados provavelmente sempre com a ameaça dos vírus novos da manifestação que originam nos animais ou nos insectos. Será extremamente importante identificar o mais rapidamente possível e caracterizar aqueles vírus - para obter um avanço na revelação de ensaios diagnósticos para a fiscalização e as drogas, ou as vacinas para o tratamento - antes que tenham uma possibilidade espalhar realmente.”

Em tais circunstâncias, arranjar em seqüência profundo ultra-rápido será “extremamente útil,” disse. “Antes que o SARS foi identificado e arranjado em seqüência usando métodos convencionais, mais do que uma semana do tempo tinha sido perdido. Esse tipo do atraso poderia ser bastante arriscado em um vírus que espalhasse ràpida em populações humanas.”

Chiu e sua equipe planeiam introduzir uma interface de utilizador gráfica que permita que os laboratórios pequenos analisem e alcancem ultra-rápido, profundo-arranjando em seqüência dados através da nuvem que computa sobre o Internet, mesmo que não tenha o acesso aos computadores avançados.

“Isto significará que todo o laboratório remoto em Ásia ou em África - onde muitas estas manifestações recentes ocorreram - poderá usar um sequencer portátil, campo-pronto do benchtop enganchado até um smartphone ou o portátil com uma conexão a internet, obter uma seqüência genética completa de um micróbio patogénico novo dentro das horas,” disse Chiu. “Nossa esperança é que estes esforços democratizarão a fiscalização e a investigação de doenças infecciosas.”