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Les chercheurs développent l'analyse de contrôle de la qualité de plasma pour des applications en aval de metabolomics

Les chercheurs IBBL (BioBank intégré du Luxembourg) et du Luxembourg centrent pour des systèmes que la biomédecine (LCSB) de l'université du Luxembourg ont vérifié le choc des variations de la température et des délais pendant la prise de sang traitant sur des applications en aval de metabolomics. Basé sur ces résultats, ils ont développé une analyse (QC) de contrôle qualité qui permettra à des chercheurs d'évaluer la qualité des échantillons de plasma et de leur aptitude à la recherche de metabolomics.

© IBBL

Pour les assurer emploient des échantillons biologiques de bonne qualité pour leurs analyses, chercheurs comptent en deux options principales. Pour des études avec les collections estimatives témoin, ils peuvent employer les modes opératoires normalisés (SOP) qui couvrent toutes les opérations pré-analytiques. Avant de commencer le ramassage témoin, ces procédures devraient être validées pour leur robustesse et reproductibilité. De plus, ces échantillons devraient être annotés avec le SPREC (indicatif Pré-analytique normal), qui active n'importe quel chercheur employant les échantillons à l'avenir pour trace back les opérations pré-analytiques. Alternativement, si un chercheur veut employer une collection existante témoin qui n'est pas annotée avec SPREC et ainsi de la qualité inconnue, il peut utiliser des analyses (QC) de contrôle qualité. Il y a des milliers de ces collections de legs enregistrées aux biobanks et aux laboratoires tous en travers du monde. Ces collections de legs ont l'énorme valeur potentielle, si les analyses appropriées de contrôle qualité existent pour déterminer si ces échantillons sont d'assez bonne qualité pour que les chercheurs les emploient sans compromettre potentiellement leurs résultats. Tandis qu'un certain nombre d'analyses de contrôle de la qualité ont été déjà décrites, il y a de grandes lacunes et les évaluations de contrôle de la qualité pour certains types témoin et certaines applications en aval ne sont pas procurables.

Compétences complémentaires

L'objectif principal de l'équipe de recherche à IBBL (BioBank intégré du Luxembourg) est d'étudier le choc des variations pré-analytiques sur des analyses en aval et de découvrir et valider des bornes pour le contrôle qualité de biospecimen. Pour un de ses projets de borne de contrôle de la qualité, IBBL s'est associé à l'organisme de recherche de metabolomics au centre du luxembourgeois pour la biomédecine de systèmes (LCSB) de l'université du Luxembourg pour tirer bénéfice de ses compétences complémentaires et pour développer une analyse de contrôle de la qualité de plasma pour des applications en aval de metabolomics. En raison de sa position en aval des applications de génomique, de transcriptomics et de protéomique, metabolomics capte avec sensibilité des changements des échantillons rassemblés. De plus, les métabolites subissent les modifications dynamiques rapides résultant des variations pré-analytiques. Le projet de collaboration fait partie du PhD de Jean-Pierre Trezzi et commun abouti par M. Fay Betsou, officier scientifique en chef d'IBBL et M. Karsten Hiller, investigateur principal du groupe de Metabolomics du LCSB. Ensemble ils se sont mis à vérifier le choc des états de pré-centrifugation, plus particulièrement délai et variations de la température, sur le forme-pour-but pour des analyses de metabolomics avec l'objectif ultime de développer une analyse de contrôle de la qualité pour des échantillons de plasma d'EDTA destinés à la recherche de metabolomics.

Le LacaScore

L'équipe d'IBBL et de LCSB a été renforcée par des membres de la société internationale pour le groupe de travail biologique et environnemental de la Science de Biospecimen des dépôts (ISBER) et récent publié leurs résultats dans le tourillon de Metabolomics. Leurs premières expériences ont indiqué que si vous maintenez le délai avant la prise de sang traitant en-dessous de 60 mn, il n'y a aucun choc réel sur des métabolites. Cependant, même dans un calendrier si court, la température à laquelle les prises de sang sont maintenues effectue une différence importante : les niveaux de 20% de métabolites ont été modifiés selon si des échantillons ont été enregistrés sur la glace ou à la température ambiante. Ainsi, les auteurs recommandent que les échantillons destinés au metabolomics recherchent soient maintenus sur la glace et traités dans un délai de pas plus de 3 heures.

Pour la deuxième étape du projet, les chercheurs ont augmenté le délai à 3 heures et au-delà. Ils ont alors développé une analyse de contrôle de la qualité basée sur les métabolites le plus sensiblement modifiées. Le LacaScore, comme appel d'auteurs leur analyse, est basé sur le rapport d'acide ascorbique aux taux d'acide lactiques dans le plasma. Tandis que la diminution de niveaux d'acide ascorbique le traitement plus long d'échantillon est retardée, l'acide lactique augmente. La qualité d'un échantillon avec un LacaScore inférieur est équivalente à un délai de pré-centrifugation à la température ambiante plus longtemps que 3h, rendant l'échantillon incapable à l'analyse de metabolomics. Les résultats ont été validés dans deux ensembles de données indépendants du Sérothèque Centrale des centres hospitaliers universitaires et du BioBank intégré Iéna (IBBJ) de Genève. De plus, l'analyse a été validée sur des échantillons dans « des conditions extrêmes », dans ce cas des échantillons provenant des donneurs qui avaient fait fonctionner un semi-marathon, puisque la forte activité physique est connue pour augmenter les taux d'acide lactiques et par conséquent pour nuire vraisemblablement l'analyse.

Plus à venir

Le LacaScore prouvé pour avoir une exactitude de diagnose de 88% en recensant des échantillons dans des conditions pré-analytiques compromises. C'est ainsi un outil neuf fantastique de contrôle de la qualité pour que des chercheurs et des biobanks de metabolomics utilisent avant de procéder à leurs expériences réelles pour éviter de gaspiller le temps et les moyens. En effet, c'est un concept particulièrement important en s'appliquant pour des concessions, où les experts veulent voir que les échantillons qu'un chercheur a l'intention d'employer sont réellement adaptés. Les chercheurs derrière le LacaScore pour leur partie continuent de travailler au développement d'autres analyses de contrôle de la qualité. IBBL a plusieurs analyses de contrôle de la qualité dans le pipeline pendant les années à venir, par exemple une analyse de contrôle de la qualité pour l'ADN extrait du tissu de la FFPE et une analyse de contrôle de la qualité de sang pour des études d'expression du gène.