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I ricercatori sviluppano l'analisi del controllo di qualità del plasma per le applicazioni a valle di metabolomics

I ricercatori da IBBL (BioBank integrato del Lussemburgo) e dal Lussemburgo concentrano per i sistemi che la biomedicina (LCSB) dell'università di Lussemburgo ha studiato l'impatto delle variazioni nella temperatura e delle more durante il trattamento del campione di sangue sulle applicazioni a valle di metabolomics. Sulla base di questi risultati, hanno sviluppato un'analisi (QC) di controllo di qualità che permetterà ai ricercatori di valutare la qualità dei campioni del plasma e della loro idoneità alla ricerca di metabolomics.

© IBBL

Per assicurare stanno usando i campioni biologici di buona qualità per le loro analisi, ricercatori contano su due opzioni principali. Per gli studi con le collezioni future del campione, possono seguire i modi standardizzati di utilizzazione (SOP) che trattano tutti i punti pre-analitici. Prima di iniziare la raccolta del campione, queste procedure dovrebbero essere convalidate per la loro robustezza e riproducibilità. Inoltre, questi campioni dovrebbero essere annotati con lo SPREC (codice Pre-analitico standard), che permette a tutto il ricercatore che usando i campioni in futuro per risalire i punti pre-analitici. Alternativamente, se un ricercatore vuole usare una collezione attuale del campione che non è annotata con SPREC e così di qualità sconosciuta, può impiegare le analisi (QC) di controllo di qualità. Ci sono migliaia di queste collezioni dell'eredità memorizzate ai biobanks ed ai laboratori tutti attraverso il mondo. Queste collezioni dell'eredità hanno valore potenziale enorme, se le analisi appropriate di controllo di qualità esistono per determinare se questi campioni sono di qualità abbastanza buona affinchè i ricercatori li usino senza potenzialmente compromettere i loro risultati. Mentre una serie di analisi del controllo di qualità già sono state descritte, ci sono grandi lacune e le valutazioni del controllo di qualità per determinati tipi del campione e determinate applicazioni a valle non sono disponibili.

Competenza complementare

L'obiettivo principale del gruppo di ricerca a IBBL (BioBank integrato del Lussemburgo) è di studiare l'impatto delle variazioni pre-analitiche sulle analisi a valle e di scoprire e convalidare gli indicatori per controllo di qualità di biospecimen. Per uno dei sui progetti dell'indicatore del controllo di qualità, IBBL ha collaborato con il gruppo di ricerca di metabolomics al centro del Lussemburgo per la biomedicina dei sistemi (LCSB) dell'università di Lussemburgo per trarre giovamento dalla sua competenza complementare e per sviluppare un'analisi del controllo di qualità del plasma per le applicazioni a valle di metabolomics. dovuto la sua posizione a valle delle applicazioni di genomica, di transcriptomics e di proteomics, metabolomics sta catturando sensibile i cambiamenti nei campioni raccolti. Inoltre, i metaboliti subiscono i cambiamenti dinamici rapidi derivando dalle variazioni pre-analitiche. Il progetto di collaborazione fa parte del PhD di Jean-Pierre Trezzi e piombo insieme dal Dott. Fay Betsou, ufficiale scientifico principale di IBBL ed il Dott. Karsten Hiller, ricercatore principale del gruppo di Metabolomics del LCSB. Hanno precisato insieme per studiare l'impatto dei termini di pre-centrifugazione, più specificamente mora e le variazioni della temperatura, sullo forma-per-scopo per le analisi di metabolomics con lo scopo finale di sviluppare un'analisi del controllo di qualità per i campioni del plasma degli ED destinati alla ricerca di metabolomics.

Il LacaScore

Il gruppo da IBBL e da LCSB è stato rinforzato dai membri della società internazionale per il gruppo di lavoro biologico ed ambientale di scienza di Biospecimen delle repository (ISBER) e recentemente ha pubblicato i loro risultati nel giornale di Metabolomics. I loro esperimenti iniziali hanno rivelato che se tenete la mora prima di trattamento del campione di sangue inferiore a 60 minuti, non c'è impatto reale sui metaboliti. Tuttavia, anche all'interno di così breve calendario, la temperatura a cui i campioni di sangue sono tenuti fa una grande differenza: i livelli di 20% dei metaboliti sono stati alterati secondo se i campioni sono stati memorizzati su ghiaccio o alla temperatura ambiente. Quindi, gli autori raccomandano che i campioni destinati al metabolomics ricerchino siano tenuti su ghiaccio e siano elaborati in non non più di 3 ore.

Per la seconda fase del progetto, i ricercatori hanno ampliato la mora a 3 ore e di là. Poi hanno sviluppato un'analisi del controllo di qualità basata sui metaboliti il più significativamente alterati. Il LacaScore, come la chiamata degli autori la loro analisi, è basato sul rapporto di acido ascorbico ai livelli dell'acido lattico in plasma. Mentre la diminuzione dei livelli dell'acido ascorbico il trattamento più lungo del campione è ritardata, l'acido lattico aumenta. La qualità di un campione con un LacaScore basso è più lungamente equivalente ad una mora di pre-centrifugazione alla temperatura ambiente di 3h, rendente il campione inadatto per l'analisi di metabolomics. I risultati sono stati convalidati in due gruppi di dati indipendenti dallo Sérothèque Centrale degli ospedali universitari di Ginevra e del BioBank integrato Jena (IBBJ). Inoltre, l'analisi è stata convalidata sui campioni “nelle circostanze estreme„, in questo caso campioni dai donatori che avevano eseguito una semi-maratona, poiché l'attività fisica intensa è conosciuta per aumentare i livelli dell'acido lattico e quindi probabilmente per interferire con l'analisi.

Più da venire

Il LacaScore rivelato avere un'accuratezza di sistema diagnostico di 88% nell'identificazione dei campioni con le circostanze pre-analitiche compromesse. È così un nuovo strumento fantastico del controllo di qualità affinchè i ricercatori ed i biobanks di metabolomics impieghi prima di procedere ai loro esperimenti reali evitare sprecare il tempo e le risorse. Effettivamente, questo è un concetto particolarmente importante quando fa domanda per le concessioni, dove gli stimatori vogliono vedere che i campioni che un ricercatore intende usare siano realmente adatti. I ricercatori dietro il LacaScore per la loro parte continuano a lavorare allo sviluppo di altre analisi del controllo di qualità. IBBL ha parecchie analisi del controllo di qualità nella conduttura per gli anni venturi, per esempio un'analisi del controllo di qualità per DNA estratto dal tessuto di FFPE e un'analisi del controllo di qualità di sangue per gli studi di espressione genica.