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Os pesquisadores desenvolvem o ensaio do QC do plasma para aplicações a jusante do metabolomics

Os pesquisadores de IBBL (BioBank integrado de Luxemburgo) e Luxemburgo centram-se para sistemas que a biomedicina (LCSB) da universidade de Luxemburgo investigou o impacto das variações na temperatura e dos atrasos durante a amostra de sangue que processa em aplicações a jusante do metabolomics. Baseado nestes resultados, desenvolveram um ensaio do controle (QC) da qualidade que permitisse pesquisadores de avaliar a qualidade de amostras do plasma e de sua conformidade para a pesquisa do metabolomics.

© IBBL

Para assegurar estão usando amostras biológicas de boa qualidade para suas análises, pesquisadores confiam em duas opções principais. Para estudos com coleções em perspectiva da amostra, podem usar os procedimentos de funcionamento estandardizados (SOP) que cobrem todas as etapas pre-analíticas. Antes de começar a coleção da amostra, estes procedimentos devem ser validados para seus vigor e reprodutibilidade. Além, estas amostras devem ser anotadas com o SPREC (código Pre-analítico padrão), que permite todo o pesquisador que usa as amostras no futuro para seguir para trás as etapas pre-analíticas. Alternativamente, se um pesquisador quer usar uma coleção existente da amostra que não esteja anotada com SPREC e assim de qualidade desconhecida, pode empregar ensaios do controle (QC) da qualidade. Há uns milhares destas coleções do legado armazenadas nos biobanks e nos laboratórios todos através do mundo. Estas coleções do legado têm o valor potencial enorme, se os ensaios apropriados do controle da qualidade existem para determinar se estas amostras são da boa bastante qualidade para que os pesquisadores os usem sem potencial comprometer seus resultados. Quando um número de ensaios do QC forem descritos já, há umas diferenças grandes e as avaliações do QC provam com certeza tipos e determinadas aplicações a jusante não estão disponíveis.

Experiência complementar

O objectivo principal da equipa de investigação em IBBL (BioBank integrado de Luxemburgo) é estudar o impacto de variações pre-analíticas em análises a jusante e descobrir e validar marcadores para o controle da qualidade dos biospecimen. Para um de seus projectos do marcador do QC, IBBL teamed acima com o grupo de investigação do metabolomics no centro de Luxemburgo para a biomedicina dos sistemas (LCSB) da universidade de Luxemburgo para tirar proveito de sua experiência complementar e para desenvolver um ensaio do QC do plasma para aplicações a jusante do metabolomics. Devido a sua posição a jusante de aplicações da genómica, do transcriptomics e do proteomics, metabolomics está capturando sensìvel mudanças nas amostras recolhidas. Além, os metabolitos submetem-se a mudanças dinâmicas rápidas resultando das variações pre-analíticas. O projecto colaborador é parte do PhD de Jean-Pierre Trezzi e conduzido comum pelo Dr. Adaptar Betsou, oficial científico principal de IBBL e Dr. Karsten Hiller, investigador principal do grupo de Metabolomics do LCSB. Junto expor para investigar o impacto de condições da pre-centrifugação, mais especificamente atraso e variações da temperatura, na aptidão-para-finalidade para análises do metabolomics com o objectivo último de desenvolver um ensaio do QC para as amostras do plasma do EDTA pretendidas para a pesquisa do metabolomics.

O LacaScore

A equipe de IBBL e de LCSB foi reforçada por membros da sociedade internacional para o grupo de trabalho biológico e ambiental da ciência de Biospecimen dos repositórios (ISBER) e publicou recentemente seus resultados no jornal de Metabolomics. Suas experiências iniciais revelaram que se você mantem o atraso antes da amostra de sangue que processa abaixo de 60 minutos, não há nenhum impacto real em metabolitos. Contudo, mesmo dentro de um marco temporal tão curto, a temperatura em que as amostras de sangue são mantidas faz uma diferença grande: os níveis de 20% dos metabolitos foram alterados segundo se as amostras estiveram armazenadas no gelo ou na temperatura ambiente. Assim, os autores recomendam que as amostras pretendidas para o metabolomics pesquisam estejam mantidas no gelo e processadas dentro de não mais de 3 horas.

Para a segunda fase do projecto, os pesquisadores expandiram o atraso a 3 horas e além. Desenvolveram então um ensaio do QC baseado nos metabolitos o mais significativamente alterados. O LacaScore, como o atendimento dos autores seu ensaio, é baseado na relação do ácido ascórbico aos níveis do ácido láctico no plasma. Quando a diminuição dos níveis do ácido ascórbico o processamento mais longo da amostra for atrasada, o ácido láctico aumenta. A qualidade de uma amostra com um baixo LacaScore é equivalente a um atraso da pre-centrifugação na temperatura ambiente mais por muito tempo do que 3h, fazendo a amostra inadequada para a análise do metabolomics. Os resultados foram validados em dois conjunto de dados independentes do Sérothèque Centrale dos hospitais da universidade de Genebra e do BioBank integrado Jena (IBBJ). Além, o ensaio foi validado em amostras sob “circunstâncias extremas”, neste caso amostras dos doadores que tinham executado uma semi-maratona, desde que a actividade física intensa é sabida para aumentar níveis do ácido láctico e daqui para interferir provavelmente com o ensaio.

Mais a vir

O LacaScore provado ter uma precisão do diagnóstico de 88% em identificar amostras com circunstâncias pre-analíticas comprometidas. É assim uma ferramenta nova fantástica do QC para que os pesquisadores e os biobanks do metabolomics empreguem antes de continuar com suas experiências reais evitar desperdiçar o tempo e os recursos. Certamente, este é um conceito especialmente importante ao aplicar-se para as concessões, onde os avaliadores querem ver que as amostras que um pesquisador pretende se usar são realmente apropriadas. Os pesquisadores atrás do LacaScore para sua parte continuam a trabalhar na revelação de outros ensaios do QC. IBBL tem diversos ensaios do QC no encanamento pelos anos seguintes, por exemplo um ensaio do QC para o ADN extraído do tecido de FFPE e um ensaio do QC do sangue para estudos da expressão genética.