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Los investigadores desarrollan el análisis del control de calidad del plasma para los usos rio abajo del metabolomics

Los investigadores de IBBL (BioBank integrado de Luxemburgo) y del Luxemburgo centran para los sistemas que la biomedecina (LCSB) de la universidad de Luxemburgo ha investigado el impacto de variaciones en temperatura y de retrasos durante la muestra de sangre que tramitaba en usos rio abajo del metabolomics. De acuerdo con estos resultados, desarrollaron un análisis (QC) del control de calidad que permitirá a investigadores fijar la calidad de las muestras del plasma y de su conveniencia para la investigación del metabolomics.

© IBBL

Para asegurar los están utilizando las muestras biológicas de la buena calidad para sus análisis, investigadores confían en dos opciones principales. Para los estudios con las colecciones anticipadas de la muestra, pueden utilizar los procedimientos de mando estandardizados (SOP) que revisten todos los pasos pre-analíticos. Antes de comenzar la colección de la muestra, estos procedimientos se deben validar para su robustez y reproductibilidad. Además, estas muestras se deben anotar con el SPREC (clave Pre-analítica estándar), que habilita a cualquier investigador que usa las muestras en el futuro para rastrear los pasos pre-analíticos. Alternativamente, si un investigador quiere utilizar una colección existente de la muestra que no se anote con SPREC y así de calidad desconocida, él puede emplear análisis (QC) del control de calidad. Hay millares de estas colecciones de la herencia salvadas en los biobanks y los laboratorios todos a través del mundo. Estas colecciones de la herencia tienen valor potencial enorme, si los análisis apropiados del control de calidad existen para determinar si estas muestras están bastante de buena calidad para que los investigadores los utilicen sin potencialmente el compromiso de sus resultados. Mientras que varios análisis del control de calidad se han descrito ya, hay entrehierros grandes y las evaluaciones del control de calidad con certeza muestrean tipos y ciertos usos rio abajo no están disponibles.

Experiencia complementaria

El objetivo principal del equipo de investigación en IBBL (BioBank integrado de Luxemburgo) es estudiar el impacto de variaciones pre-analíticas en análisis rio abajo y descubrir y validar los marcadores para el control de calidad de los biospecimen. Para uno de sus proyectos del marcador del control de calidad, IBBL ha combinado hacia arriba con el grupo de investigación del metabolomics en el centro de Luxemburgo para la biomedecina de los sistemas (LCSB) de la universidad de Luxemburgo para beneficiarse de su experiencia complementaria y para desarrollar un análisis del control de calidad del plasma para los usos rio abajo del metabolomics. Debido a su posición rio abajo de los usos de la genómica, del transcriptomics y del proteomics, metabolomics está capturando sensible cambios en las muestras cerco. Además, los metabilitos experimentan cambios dinámicos rápidos resultando de variaciones pre-analíticas. El proyecto colaborativo es parte del doctorado de Juan Pedro Trezzi y llevado en común por el Dr. Fay Betsou, principal oficial científico de IBBL y el Dr. Karsten Hiller, investigador principal del grupo de Metabolomics del LCSB. Juntos se establecieron para investigar el impacto de las condiciones de la pre-centrifugación, más concretamente retraso y variaciones de la temperatura, en el aptitud-para-propósito para los análisis del metabolomics con el objetivo último de desarrollar un análisis del control de calidad para las muestras del plasma del EDTA previstas para la investigación del metabolomics.

El LacaScore

A las piezas de la sociedad internacional para el grupo de trabajo biológico y ambiental de la ciencia de Biospecimen de los depósitos (ISBER) reforzaron y publicaron recientemente a las personas de IBBL y de LCSB sus resultados en el gorrón de Metabolomics. Sus experimentos iniciales revelaron que si usted guarda el retraso antes de la muestra de sangre que tramita abajo de 60 minutos, no hay impacto real en los metabilitos. Sin embargo, incluso dentro de un calendario tan corto, la temperatura en la cual se guardan las muestras de sangre diferencia grande: los niveles del 20% de metabilitos fueron alterados dependiendo de si las muestras fueron salvadas en el hielo o en la temperatura ambiente. Así, los autores recomiendan que las muestras previstas para el metabolomics investigan estén guardadas en el hielo y tramitadas en el plazo de no más que 3 horas.

Para la segunda fase del proyecto, los investigadores desplegaron el retraso a 3 horas y más allá. Entonces desarrollaron un análisis del control de calidad basado en los metabilitos lo más importante posible alterados. El LacaScore, como el lamamiento de los autores su análisis, se basa en la índice del ácido ascórbico a los niveles del ácido láctico en plasma. Mientras que se demora la disminución de los niveles del ácido ascórbico el tramitación más largo de la muestra, el ácido láctico aumenta. La calidad de una muestra con un LacaScore inferior es equivalente a un retraso de la pre-centrifugación en la temperatura ambiente más de largo que 3h, haciendo la muestra no apta para el análisis del metabolomics. Los resultados fueron validados en dos grupos de datos independientes del Sérothèque Centrale de los hospitales y del BioBank integrado Jena (IBBJ) de la universidad de Ginebra. Además, el análisis fue validado en muestras bajo “condiciones extremas”, en este caso las muestras de los donantes que habían funcionado con un semi-maratón, puesto que la actividad física intensa se sabe para aumentar niveles del ácido láctico y por lo tanto para interferir probablemente con el análisis.

Más a venir

El LacaScore demostrado tener una exactitud del diagnóstico del 88% en determinar muestras con condiciones pre-analíticas comprometidas. Es así una nueva herramienta fantástica del control de calidad para que los investigadores y los biobanks del metabolomics empleen antes de proceder con sus experimentos reales evitar perder tiempo y recursos. De hecho, esto es un concepto especialmente importante al solicitar las concesiones, donde los evaluadores quieren ver que las muestras que un investigador se prepone utilizar son real convenientes. Los investigadores detrás del LacaScore para su parte continúan el trabajar en el revelado de otros análisis del control de calidad. IBBL tiene varios análisis del control de calidad en la tubería por los años que vienen, por ejemplo un análisis del control de calidad para la DNA extraída del tejido de FFPE y un análisis del control de calidad de la sangre para los estudios de la expresión génica.