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Les modèles de réseau biologiques communauté-produits par roman retiennent le potentiel en découverte de médicaments et toxicologie

Un ensemble neuf de modèles de réseau biologiques communauté-produits a été montré pour permettre une compréhension plus profonde des mécanismes étant à la base d'une gamme des maladies. Les modèles, dont des versions antérieures ont été décrites en détail dans le passé, ont été montrés pour avoir des importantapplications dans la toxicologie et le discoveryin de médicament un papier neuf dans le règlement de gène et la biologie de systèmes. Sortie d'arethe de modèles la dernière du défi de vérification de réseau (NVC), une initiative crowdsourcing globale a conçu pour tirer sur des compétences de beaucoup d'endroits scientifiques afin de vérifier et améliorer la compréhension des réseaux biologiques.

« Le défi de vérification de réseau représente une approche neuve puissante dans l'identification et validation des objectifs neufs de médicament, » a dit Borislav Simovic, contrôle qualité chez FM Pharma et un des meilleur-interprètes de défi. « Dus au volume de caractéristiques impliquées, seulement par le fonctionnement structuré et de collaboration sommes nous capables réaliser la meilleure compréhension des voies biologiques. En rassemblant de principaux experts en matière de biologie de toxicologie et de systèmes, le défi de vérification de réseau nous donne des analyses neuves précieuses dans les relations complexes impliquées dans ces voies. »

Le NVC, qui est abouti et financé par l'International de Philip Morris, a en ligne impliqué et en personne des collaborations entre un réseau global des scientifiques (173 personnes de 26 pays dans la dernière itération du défi). Des réseaux ont été établis utilisant le langage biologique d'expression (BEL), qui capte des relations entre les entités biologiques et fournit des informations sur l'activation ou l'inhibition. Les demandes de toxicologie et de découverte de médicaments viennent par le transparent des caractéristiques sur des voies d'intérêt et/ou de l'utilisation des techniques de calcul d'inférence.

Les réseaux produits dans le NVCoffer une représentation détaillée et complète de processeswhich biologique sélecté n'est pas vus dans d'autres ressources du réseau procurables (par exemple, KEGG et Reactome). Les réseaux de NVC sont ouverts de foule pour éditer, qui facilite un procédé d'inspection professionnelle qui aide à s'assurer que les réseaux sont complets et actuels. Ils contiennent également beaucoup de couches d'information avec causal causal et indirect direct, le corrélatif et d'autres relations non-causales étant captés. Les réseaux explorés dans le NVC associent à la biologie et à la maladie respiratoire de poumon, mais on également s'appliquent à d'autres tissus et contextes de la maladie et peuvent être établis en circuit selon les besoins spécifiques des scientifiques.

Des participants ont été motivés pour participer au NVC dû à l'opportunité de promouvoir leur compréhension de la biologie impliquée dans les réseaux, de partager leur connaissance, d'apprendre et pour employer BELand pour collaborer avec de principaux experts dans les domaines de la biologie de toxicologie et de systèmes. Des principes de Gamification ont été utilisés pour motiver l'activité sur les réseaux, avec des participants capables relever un carton de chef basé sur leurs cotisations. les Meilleur-interprètes ont eu d'autres opportunités pour la collaboration, y compris la contribution aux papiers pair-observés.

« En tant qu'élément de la communauté de défi de vérification de réseau j'ai pu contribuer à la recherche de pointe dans la biologie de réseau, » a dit Aravind Tallam, boursier post-doctoral au centre de TWINCORE pour la recherche expérimentale et clinique d'infection. « Ainsi qu'améliorant ma propre compréhension des mécanismes des maladies et de la biologie fondamentale, sur le plan personnel le défi m'a également permis de se réunir et collaborer avec des divers groupes de scientifiques qui travaillent à l'avant-garde de la recherche. »

Le NVC est le troisième défi sous le parapluie de PROMOTEUR de sbv. Les deux défis précédents étaient le défi diagnostique de signature, qui a demandé à des participants de recenser les signatures diagnostiques robustes en travers de quatre endroits de la maladie, et le défi de traduction de substance, qui a recherché à raffiner la compréhension des limites des modèles de rongeur comme facteurs prédictifs de biologie humaine. Les résultats d'un quatrième défi - le défi de calcul de toxicologie de systèmes - ont été récent présentés aux systèmes intelligents pour la conférence de biologie moléculaire à Orlando, le FL, Etats-Unis.