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I modelli di rete biologici prodotti nella Comunità novelli tengono il potenziale in scoperta e tossicologia della droga

Un nuovo insieme dei modelli di rete biologici prodotti nella Comunità è stato indicato per permettere una comprensione più profonda dei meccanismi che sono alla base di un intervallo delle malattie. I modelli, di cui le versioni anteriori sono state descritte dettagliatamente nel passato, sono stati indicati per avere importantapplications nella tossicologia e nel discoveryin della droga un nuovo documento nel regolamento del gene e nella biologia di sistemi. Output del arethe dei modelli l'ultimo della sfida di verifica della rete (NVC), un'iniziativa crowdsourcing globale ha progettato per attingere la competenza da molte aree scientifiche per verificare e migliorare la comprensione delle reti biologiche.

“La sfida di verifica della rete rappresenta un nuovo approccio potente nell'identificazione e convalida di nuovi obiettivi della droga,„ ha detto Borislav Simovic, controllo di qualità al Pharma di FM ed uno degli migliore esecutori di sfida. “dovuto il volume di dati coinvolgere, soltanto con funzionamento strutturato e di collaborazione siamo capaci di raggiungere la migliore comprensione delle vie biologiche. Nel riunire gli esperti principali nella biologia di sistemi e di tossicologia, la sfida di verifica della rete ci dà le nuove comprensioni apprezzate nelle relazioni complesse in questione in queste vie.„

Il NVC, che piombo e costituito un fondo per dall'internazionale di Philip Morris, ha compreso online ed in persona collaborazioni fra una rete globale degli scienziati (173 persone da 26 paesi nell'ultima ripetizione della sfida). Le reti sono state sviluppate facendo uso del linguaggio biologico di espressione (BEL), che cattura le relazioni fra le entità biologiche e fornisce informazioni sull'attivazione o sull'inibizione. Le domande di tossicologia e scoperta della droga vengono tramite il foglio di prova dei dati sulle vie di interesse e/o dell'uso delle tecniche di calcolo di illazione.

Le reti prodotte nel NVCoffer una rappresentazione dettagliata e completa di processeswhich biologico selezionato non è veduta in altre risorse di rete disponibili (per esempio, KEGG e Reactome). Le reti di NVC sono aperte alla folla per modificare, che facilita un trattamento di esame che contribuisce ad assicurare che le reti siano sia complete che correnti. Egualmente contengono molti livelli di informazioni con causale causale e indiretto diretto, il correlativo ed altre relazioni non causali che sono catturati. Le reti esplorate nel NVC si riferiscono a biologia del polmone ed alla malattia respiratoria, ma molte egualmente si applicano ad altri tessuti e contesti di malattia e possono essere costruite sopra secondo bisogni specifici degli scienziati'.

I partecipanti sono stati motivati per partecipare al NVC dovuto l'opportunità di avanzare la loro comprensione della biologia coinvolgere nelle reti, per dividere la loro conoscenza, per imparare e per usare BELand per collaborare con gli esperti in materia principali di biologia di sistemi e di tossicologia. I principi di Gamification sono stati impiegati per incentivare l'attività sulle reti, con i partecipanti capaci di alzare un quadro della guida basato sui loro contributi. gli Migliore esecutori hanno avuti ulteriori opportunità per collaborazione, compreso il contributo ai documenti pari-esaminati.

“Come componente della comunità di sfida di verifica della rete ho potuto contribuire alla ricerca avanzata nella biologia della rete,„ ha detto Aravind Tallam, collega postdottorale al centro di TWINCORE per la ricerca sperimentale e clinica di infezione. “Come pure migliorando la mia propria comprensione dei meccanismi di malattia e della biologia di fondo, a livello personale la sfida egualmente ha permesso che me mi incontrassi e collaborassi con un diverso gruppo di scienziati che stanno lavorando all'avanguardia della ricerca.„

Il NVC è la terza sfida sotto l'ombrello dell'APPRENDISTA dello sbv. Le due sfide precedenti erano la sfida diagnostica dell'impronta, che ha chiesto ai partecipanti di identificare le impronte diagnostiche robuste attraverso quattro aree di malattia e la sfida di traduzione di specie, che ha cercato di raffinare la comprensione dei limiti dei modelli del roditore come preannunciatori di biologia umana. I risultati di una quarta sfida - la sfida di calcolo di tossicologia dei sistemi - recentemente sono stati presentati ai sistemi intelligenti per la conferenza di biologia molecolare a Orlando, FL, U.S.A.