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Os modelos de rede biológicos comunidade-produzidos novela guardaram o potencial na descoberta e na toxicologia da droga

Um grupo novo de modelos de rede biológicos comunidade-produzidos foi mostrado para permitir uma compreensão mais profunda dos mecanismos que são a base de uma escala das doenças. Os modelos, de que as versões anteriores foram descritas em detalhe no passado, foram mostrados para ter importantapplications na toxicologia e no discoveryin da droga um papel novo no regulamento do gene e na biologia de sistemas. A saída a mais atrasada do arethe dos modelos do desafio da verificação da rede (NVC), uma iniciativa crowdsourcing global projectou seleccionar na experiência de muitas áreas científicas a fim verificar e aumentar a compreensão de redes biológicas.

“O desafio da verificação da rede representa uma aproximação nova poderosa na identificação e validação de alvos novos da droga,” disse Borislav Simovic, controle da qualidade em FM Pharma e um dos melhor-executores do desafio. “Devido ao volume de dados envolvidos, somente com o funcionamento estruturado, colaborador somos nós capazes de conseguir a melhor compreensão de caminhos biológicos. Em reunir peritos principais na biologia da toxicologia e de sistemas, o desafio da verificação da rede dá-nos introspecções novas valiosas nos relacionamentos complexos envolvidos nestes caminhos.”

O NVC, que é conduzido e financiado pelo International de Philip Morris, envolveu em linha e pessoalmente colaborações entre uma rede global dos cientistas (173 indivíduos de 26 países na iteração a mais atrasada do desafio). As redes foram construídas usando a língua biológica da expressão (BEL), que captura relacionamentos entre entidades biológicas e fornece a informação na activação ou na inibição. Os pedidos para a toxicologia e a descoberta da droga vêm através da folha de prova dos dados em caminhos do interesse e/ou do uso de técnicas computacionais da inferência.

As redes produzidas no NVCoffer uma representação detalhada e detalhada do processeswhich biológico selecionado não são consideradas em outros recursos de rede disponíveis (por exemplo, KEGG e Reactome). As redes de NVC estão abertas à multidão para editar, que facilita um processo da revisão paritária que ajude a se assegurar de que as redes sejam detalhadas e actuais. Igualmente contêm muitas camadas de informação com o causal causal, indirecto directo, o correlativo e outros relacionamentos não-causais sendo capturado. As redes exploradas no NVC relacionam-se à biologia do pulmão e à doença respiratória, mas muitas igualmente aplicam-se a outros tecidos e contextos da doença e podem-se ser construídas sobre de acordo com necessidades específicas dos cientistas'.

Os participantes eram motivado participar no NVC devido à oportunidade de promover sua compreensão da biologia envolvida nas redes, para compartilhar de seu conhecimento, para aprendê-lo e para usar BELand para colaborar com os peritos principais no campos da biologia da toxicologia e de sistemas. Os princípios de Gamification foram empregados para incentivar a actividade nas redes, com os participantes capazes de mover uma placa do líder baseada em suas contribuições. os Melhor-executores tiveram umas oportunidades mais adicionais para a colaboração, incluindo a contribuição aos papéis par-revistos.

“Como parte da comunidade do desafio da verificação da rede eu pude contribuir à pesquisa avançada na biologia da rede,” disse Aravind Tallam, companheiro pos-doctoral no centro de TWINCORE para a pesquisa experimental e clínica da infecção. “Assim como melhorando minha própria compreensão de mecanismos da doença e de biologia subjacente, a nível pessoal o desafio igualmente permitiu que eu encontre-se e colabore-se com um grupo diverso de cientistas que estão trabalhando no de ponta da pesquisa.”

O NVC é o terceiro desafio sob o guarda-chuva do IMPROVER do sbv. Os dois desafios precedentes eram o desafio diagnóstico da assinatura, que pediu que os participantes identificassem assinaturas diagnósticas robustas através de quatro áreas da doença, e o desafio da tradução da espécie, que procurou refinar a compreensão dos limites de modelos do roedor como predictors da biologia humana. Os resultados de um quarto desafio - o desafio computacional da toxicologia dos sistemas - foram apresentados recentemente nos sistemas inteligentes para a conferência da biologia molecular em Orlando, FL, EUA.