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Los modelos de red biológicos producidos en la Comunidad nuevos llevan a cabo potencial en descubrimiento y toxicología de la droga

Un nuevo equipo de modelos de red biológicos producidos en la Comunidad se ha mostrado para permitir una comprensión más profunda de los mecanismos que eran la base de un alcance de enfermedades. Los modelos, cuyo versiones anteriores se han descrito detalladamente en el pasado, se han mostrado para tener importantapplications en la toxicología y el discoveryin de la droga un nuevo papel en la regla del gen y la biología de sistemas. Rendimiento del arethe de los modelos el último del reto de la verificación de la red (NVC), una iniciativa crowdsourcing global diseñó extraer en experiencia de muchas áreas científicas para verificar y aumentar la comprensión de redes biológicas.

“El reto de la verificación de la red representa una nueva aproximación potente en la identificación y validación de los nuevos objetivos de la droga,” dijo a Borislav Simovic, control de calidad en FM Pharma y uno de los mejor-ejecutantes del reto. “Debido al volumen de datos implicados, solamente con el funcionamiento estructurado, colaborativo somos capaces de lograr la mejor comprensión de caminos biológicos. En la reunión de expertos de cabeza en biología de la toxicología y de sistemas, el reto de la verificación de la red nos da nuevos discernimientos valiosos en los lazos complejos implicados en estos caminos.”

El NVC, que es llevado y financiado por el International de Philip Morris, ha implicado en línea y personalmente las colaboraciones entre una red global de los científicos (173 individuos a partir de 26 países en la última iteración del reto). Las redes fueron construidas usando el lenguaje biológico de la expresión (BEL), que captura lazos entre las entidades biológicas y ofrece la información en la activación o la inhibición. Los usos para la toxicología y el descubrimiento de la droga vienen a través del papel de datos sobre caminos del interés y/o del uso de las técnicas de cómputo de la inferencia.

Las redes producidas en el NVCoffer una representación detallada y completa del processeswhich biológico seleccionado no se consideran en otros recursos de red disponibles (eg., KEGG y Reactome). Las redes de NVC están abiertas a la muchedumbre para corregir, que facilita un proceso de la revisión paritaria que ayude a asegurarse de que las redes son completas y actuales. También contienen muchas capas de información con causal causal, indirecto directo, el correlativo y otros lazos no-causales siendo capturado. Las redes exploradas en el NVC se relacionan con la biología del pulmón y la enfermedad respiratoria, pero muchas también se aplican a otros tejidos y contextos de la enfermedad y se pueden construir conectado según las necesidades específicas de los científicos'.

Motivaron a los participantes para participar en el NVC debido a la oportunidad de fomentar su comprensión de la biología implicada en las redes, para compartir su conocimiento, para aprender y para utilizar BELand para colaborar con los expertos de cabeza en las materias de la biología de la toxicología y de sistemas. Los principios de Gamification fueron empleados para estimular actividad en las redes, con los participantes capaces de levantar a una tabla del líder basada en sus contribuciones. los Mejor-ejecutantes tenían otras oportunidades para la colaboración, incluyendo contribuir a los papeles par-revisados.

“Como parte de la comunidad del reto de la verificación de la red he podido contribuir a la investigación avanzada en biología de la red,” dijo a Aravind Tallam, becario postdoctoral en el centro de TWINCORE para la investigación experimental y clínica de la infección. “Así como perfeccionando mi propia comprensión de los mecanismos de la enfermedad y de la biología subyacente, a nivel personal el reto también ha permitido que se encuentre y que colabore con un grupo diverso de los científicos que están trabajando en el filo de la investigación.”

El NVC es el tercer reto bajo la sombrilla del PROMOTOR del sbv. Los dos retos anteriores eran el reto diagnóstico de la firma, que pidió que los participantes determinaran firmas diagnósticas robustas a través de cuatro áreas de la enfermedad, y el reto de la traslación de la especie, que intentó refinar la comprensión de los límites de modelos del roedor como calculadores de la biología humana. Los resultados de un cuarto reto - el reto de cómputo de la toxicología de los sistemas - fueron presentados recientemente en los sistemas inteligentes para la conferencia de la biología molecular en Orlando, FL, los E.E.U.U.