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OmniPath fournit à la passerelle pour la littérature-curated signalant des voies l'exactitude sans précédent

Combinant le pouvoir de 27 moyens de caractéristiques, les chercheurs d'aides d'Omnipath voient des voies de signalisation biologiques avec l'exactitude sans précédent. Développé par des chercheurs le R-U et en Allemagne et publié dans des méthodes de nature, OmniPath offre une collection complète et unifiée de littérature-curated signalant des voies basées sur une analyse de 41.000 articles scientifiques.

Tous les fonctionnements se produisant en nos cellules sont réglés par des groupes de molécules fonctionnant ensemble en signalant des voies. Une fois que la première molécule reçoit un signe, le prochain est activé, et ainsi de suite. Quand les choses vont mal dans ces voies, le cancer peut se développer. Beaucoup de médicaments contre le cancer fonctionnent à côté de la mise vers le haut des barrages de route dans une voie, arrêtant le signe et si tout va bien l'accroissement du tissu cancéreux.

Pour figurer à l'extérieur comment signalant les voies fonctionnent, les biologistes moléculaires effectuent et valident des expériences, parfois sur beaucoup d'années, pour caractériser les interactions exactes ayant lieu entre les protéines.

Les chercheurs peuvent partager les résultats de ces études de voie dans les bases de données publiques, pour établir la connaissance collectivement. Les caractéristiques sont mises avec les résultats des milliers d'études publiées sur des interactions moléculaires. Celles-ci sont dispensées par les « conservateurs » experts ainsi elles sont découvrables, et peuvent aider des chercheurs à former des expériences neuves ou à analyser des résultats neufs.

Il y a maintenant plus de 27 bases de données publiques sur signaler des interactions, qui offre quelque chose différente et on dont des formats personnalisés d'offre. OmniPath, développé par des chercheurs à EMBL-EBI, université de RWTH Aix-la-Chapelle et l'institut d'Earlham, donne une vue unifiée de toute la « littérature-curated » signalant des interactions dans ces bases de données.

Lors de son lancement, OmniPath a des références à plus de 41.000 études originelles, avec des caractéristiques représentant 36.557 interactions entre 7.984 protéines. L'interactome, qui décrit toutes les interactions biologiques dans un organisme, pourrait comprendre n'importe où de 100.000 à 250.000 interactions dans un être humain. C'est une énorme quantité d'information à rassembler, ainsi l'exactitude et la régularité sont primordiales.

« Le travail des conservateurs de caractéristiques est inestimable parce que sans eux les caractéristiques ne viendraient jamais avec le genre de précision que vous avez besoin dans la biologie, » dit Dénes Türei, boursier post-doctoral d'EIPOD à EMBL-EBI. « Il avait excité pour collaborer avec des gens de tant de disciplines, et produit cette vue concise dans les connaissances collectives et actuelles de signaler des voies. »

Les « chercheurs tendent à espérer l'exactitude des moyens curated, sans examiner trop profondément leur teneur et méthodes réels, » dit Tamás Korcsmáros, camarade de l'institut d'Earlham et d'institut de la recherche alimentaire. Les « études d'évaluation se sont principalement concentrées sur des moyens avec des interactions des expériences de haut-débit, et même ceux-ci ont été rarissimes. »

L'étude neuve fournit les directives complètes, basées sur une inspection considérable de plus de 50 moyens de caractéristiques, pour aider des chercheurs sélectent les la plupart moyen approprié de caractéristiques pour leur travail.

Les caractéristiques dans OmniPath sont principalement basées sur des expériences à petite échelle, mais son logiciel de Pypath permet pour ajouter des ensembles de données obtenus de grandes expériences d'examen critique ou convertis des réactions. Pypath (un module de python) laisse la coutume de construction d'usagers signalant des réseaux et les combine avec d'autres caractéristiques. C'est un puissant outil pour comporter des voies dans des flux de travail de bio-informatique et effectue l'analyse derrière la source entièrement ouverte d'OmniPath, transparente et facilement reproductible.

« Nous comparés toute la façon de signaler des moyens de caractéristiques et expliqué les propriétés de différents ensembles de données, qui aide des chercheurs à prendre des décisions plus bien informées dans leurs analyses, » dit Julio Saez-Rodriguez, rendant visite au chef de groupe à EMBL-EBI et au professeur à RWTH Aix-la-Chapelle. « Il a très précieux déjà prouvé pour la recherche dans nos groupes, et nous espérons que d'autres la trouveront objet de valeur aussi bien. »

Source:

Earlham Institute