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OmniPath fornisce al gateway per letteratura-curated che segnala le vie accuratezza senza precedenti

Combinando la potenza di 27 risorse di dati, i ricercatori di guide di Omnipath vedono le vie di segnalazione biologiche con accuratezza senza precedenti. Sviluppato dai ricercatori nel Regno Unito ed in Germania e pubblicato nei metodi della natura, OmniPath offre una collezione completa e unificata di letteratura-curated che segnala le vie basate su un'analisi di 41.000 articoli scientifici.

Tutte le funzioni che accadono in nostre celle sono gestite dai gruppi di molecole che lavorano insieme through segnalando le vie. Una volta che la prima molecola riceve un segnale, quello seguente è attivato, ecc. Quando le cose vanno male in queste vie, il cancro può svilupparsi. Molte droghe di cancro funzionano mettendo sui blocchi stradali in una via, fermando il segnale ed eventualmente la crescita del tessuto cancerogeno.

Per capire come segnalando le vie funzionano, i biologi molecolari effettuano e convalidano gli esperimenti, a volte in molti anni, per caratterizzare le interazioni esatte che hanno luogo fra le proteine.

I ricercatori possono dividere i risultati di questi studi di via nei database pubblici, per sviluppare collettivamente la conoscenza. I dati sono messi insieme ai risultati di migliaia di studi pubblicati sulle interazioni molecolari. Questi sono organizzati “dai curatori„ esperti in modo da sono scopribili e possono aiutare i ricercatori a modellare i nuovi esperimenti o ad analizzare i nuovi risultati.

C'è ora oltre 27 database pubblici sulla segnalazione delle interazioni, di cui ciascuno offre qualche cosa di differente e molti di cui la dogana di offerta formatti. OmniPath, sviluppato dai ricercatori all'università di RWTH, di EMBL-EBI Aquisgrana ed all'istituto di Earlham, elasticità una visualizzazione unificata di tutta la “letteratura-curated„ che segnala le interazioni in questi database.

Al suo lancio, OmniPath ha riferimenti a più di 41.000 studi originali, con i dati che rappresentano 36.557 interazioni fra 7.984 proteine. Il interactome, che descrive tutte le interazioni biologiche in un organismo, potrebbe comprendere dovunque 100.000 - 250.000 interazioni in un essere umano. Quello è un gran quantità di informazioni da radunare, in modo dall'accuratezza e la consistenza sono preminenti.

“Il lavoro dei curatori di dati è inestimabile perché senza di loro i dati non verrebbero mai insieme al genere di precisione che avete bisogno di nella biologia,„ dice Dénes Türei, collega postdottorale di EIPOD a EMBL-EBI. “È stato emozionante collaborare con la gente da tante discipline e produce questa visualizzazione concisa nelle conoscenze collettive e attuali di segnalazione delle vie.„

“I ricercatori tendono a fidarsi dell'accuratezza delle risorse curated, senza esaminare troppo profondamente il loro contenuto e metodi reali,„ dice Tamás Korcsmáros, collega dell'istituto di Earlham e dell'istituto di ricerca alimentare. “Gli studi di valutazione pricipalmente hanno messo a fuoco sulle risorse con le interazioni dagli esperimenti di alto-capacità di lavorazione e perfino questi sono stati rari.„

Il nuovo studio fornisce le linee guida complete, in base ad un esteso esame di più di 50 risorse di dati, aiutare i ricercatori selezionano il la maggior parte risorsa appropriata di dati per il loro lavoro.

I dati in OmniPath soprattutto sono basati sugli esperimenti su scala ridotta, ma il suo software di Pypath permette di aggiungere i gruppi di dati ottenuti dai grandi esperimenti della selezione o convertiti dalle reazioni. Pypath (un modulo del pitone) lascia gli utenti sviluppare le reti di segnalazione su ordinazione e combinarli con altri dati. È uno strumento potente per comprendere le vie nei flussi di lavoro di bioinformatica e fa l'analisi dietro OmniPath completamente open source, trasparente e facilmente riproducibile.

“Abbiamo confrontato tutto il modo di segnalazione delle risorse di dati ed abbiamo chiarito i beni dei gruppi di dati differenti, che aiuta i ricercatori a prendere le decisioni più bene informate nelle loro analisi,„ diciamo Julio Saez-Rodriguez, visualizzando la guida del gruppo a EMBL-EBI e professore a RWTH Aquisgrana. “Già ha provato molto apprezzato per la ricerca all'interno dei nostri gruppi e speriamo che altri la trovino valuable pure.„

Source:

Earlham Institute