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OmniPath fornece o Gateway para a literatura-curated que sinaliza caminhos a precisão inaudita

Combinando a potência de 27 recursos dos dados, os pesquisadores das ajudas de Omnipath vêem caminhos de sinalização biológicos com precisão inaudita. Tornado por pesquisadores no Reino Unido e na Alemanha e publicado em métodos da natureza, OmniPath oferece uma coleção detalhada, unificada da literatura-curated que sinaliza os caminhos baseados em uma análise de 41.000 papéis científicos.

Todas as funções que acontecem em nossas pilhas são controladas por grupos de moléculas que trabalham junto com da sinalização de caminhos. Uma vez que a primeira molécula recebe um sinal, seguinte está activado, e assim por diante. Quando as coisas vão mal nestes caminhos, o cancro pode tornar-se. Muitas drogas de cancro trabalham pondo acima dos cortes de estrada em um caminho, parando o sinal e esperançosamente o crescimento do tecido cancerígeno.

Para figurar para fora como sinalizando os caminhos trabalham, os biólogos moleculars realizam e validam experiências, às vezes sobre muitos anos, para caracterizar as interacções exactas que ocorrem entre proteínas.

Os pesquisadores podem compartilhar dos resultados destas bases de dados dos estudos do caminho em público, para construir colectivamente o conhecimento. Os dados são postos junto com os resultados dos milhares de estudos publicados sobre interacções moleculars. Estes são organizados pelos “curador peritos” assim que são a descobrir, e podem ajudar pesquisadores a dar forma a experiências novas ou a analisar resultados novos.

Há agora sobre 27 bases de dados públicas em sinalizar interacções, cada qual oferece algo diferente e muitos de que o costume da oferta formata. OmniPath, desenvolvido por pesquisadores em EMBL-EBI, universidade de RWTH Aix-la-Chapelle e o instituto de Earlham, dá uma ideia unificada de toda a “literatura-curated” que sinaliza interacções nestas bases de dados.

Em seu lançamento, OmniPath tem referências a mais de 41.000 estudos originais, com os dados que representam 36.557 interacções entre 7.984 proteínas. O interactome, que descreve todas as interacções biológicas em um organismo, poderia incluir em qualquer lugar 100.000 a 250.000 interacções em um ser humano. Aquela é uma enorme quantidade da informação a reunir, assim que a precisão e a consistência são primordiais.

“O trabalho de curador dos dados é inestimável porque sem eles os dados nunca viriam junto com o tipo da precisão que você precisa na biologia,” diz Dénes Türei, companheiro pos-doctoral de EIPOD em EMBL-EBI. “Foi emocionante trabalhar junto com povos de tão muitas disciplinas, e produz esta vista concisa no conhecimento colectivo, actual de sinalizar caminhos.”

Os “pesquisadores tendem a confiar a precisão de recursos curated, sem olhar demasiado profundamente em seus índice e métodos reais,” diz Tamás Korcsmáros, companheiro do instituto de Earlham e do instituto da pesquisa de alimento. Da “os estudos avaliação centraram-se principalmente sobre recursos com interacções das experiências da alto-produção, e mesmo estes foram raramente.”

O estudo novo fornece directrizes detalhadas, com base em um exame extensivo de mais de 50 recursos dos dados, para ajudar pesquisadores seleccionam o recurso o mais apropriado dos dados para seu trabalho.

Os dados em OmniPath são baseados primeiramente em experiências em escala reduzida, mas seu software de Pypath torna possível adicionar os conjunto de dados obtidos das grandes experiências da selecção ou convertidos das reacções. Pypath (um módulo do pitão) deixa o costume da construção dos usuários que sinaliza redes e combina-as com outros dados. É uma ferramenta poderosa para incorporar caminhos em trabalhos da bioinformática e faz a análise atrás do open source de OmniPath inteiramente, transparente e facilmente reprodutível.

“Nós comparamos toda a maneira de sinalizar recursos dos dados e esclarecemos as propriedades de conjunto de dados diferentes, que ajuda pesquisadores a fazer decisões melhor-informado em suas análises,” dizemos Julio Sáez-Rodriguez, visitando o líder do grupo em EMBL-EBI e o professor em RWTH Aix-la-Chapelle. “Tem provado já muito valioso para a pesquisa dentro de nossos grupos, e nós esperamos que outro a encontrarão artigo de valor também.”

Source:

Earlham Institute