Advertencia: Esta página es una traducción de esta página originalmente en inglés. Tenga en cuenta ya que las traducciones son generadas por máquinas, no que todos traducción será perfecto. Este sitio Web y sus páginas están destinadas a leerse en inglés. Cualquier traducción de este sitio Web y su páginas Web puede ser imprecisa e inexacta en su totalidad o en parte. Esta traducción se proporciona como una conveniencia.

OmniPath provee del Gateway para la literatura-curated que hace señales caminos exactitud sin precedente

Combinando la potencia de 27 recursos de los datos, los investigadores de las ayudas de Omnipath ven caminos de transmisión de señales biológicos con exactitud sin precedente. Convertido por los investigadores en el Reino Unido y la Alemania y publicado en métodos de la naturaleza, OmniPath ofrece una colección completa, unificada de literatura-curated que hace señales los caminos basados en un análisis de 41.000 artículos científicos.

Todas las funciones suceso en nuestras células son controladas por los grupos de moléculas que trabajan juntas con la transmisión de señales de caminos. Una vez que la primera molécula recibe una señal, se activa la siguiente, y así sucesivamente. Cuando las cosas salen mal en estos caminos, el cáncer puede convertirse. Muchos medicamentos para el cáncer trabajan poniendo encima de barricadas en un camino, parando la señal y esperanzadamente el incremento del tejido cacerígeno.

Para imaginar cómo hacen señales los caminos trabajan, los biólogos moleculares realizan y validan experimentos, a veces durante muchos años, para caracterizar las acciones recíprocas exactas que ocurren entre las proteínas.

Los investigadores pueden compartir los resultados de estos estudios del camino en bases de datos públicas, para construir conocimiento colectivamente. Los datos se ponen así como los resultados de millares de estudios publicados en acciones recíprocas moleculares. Éstos son ordenados por los “guardianes expertos así que son discoverable, y pueden ayudar a investigadores a dar forma nuevos experimentos o a analizar nuevos resultados.

Ahora hay sobre 27 bases de datos públicas en la transmisión de señales de acciones recíprocas, que ofrece algo diferente y muchos cuyo la aduana de la oferta formata. OmniPath, desarrollado por los investigadores en EMBL-EBI, universidad de RWTH Aquisgrán y el instituto de Earlham, da una vista unificada de toda la “literatura-curated” que hace señales acciones recíprocas en estas bases de datos.

En su lanzamiento, OmniPath tiene referencias a más de 41.000 estudios originales, con los datos representando 36.557 acciones recíprocas entre 7.984 proteínas. El interactome, que describe todas las acciones recíprocas biológicas en un organismo, podría incluir dondequiera a partir 100.000 a 250.000 acciones recíprocas en un ser humano. Ésa es una enorme cantidad de información a juntar, así que la exactitud y el estado coherente son supremos.

“El trabajo de los guardianes de los datos es inestimable porque sin ellos los datos nunca vendrían así como la clase de precisión que usted necesita en biología,” dice Dénes Türei, becario postdoctoral de EIPOD en EMBL-EBI. “Ha sido emocionante trabajar así como gente de tan muchas disciplinas, y produce esta visión sucinta en el conocimiento colectivo, actual de hacer señales caminos.”

Los “investigadores tienden a confiar en la exactitud de recursos curated, sin observar demasiado profundamente en su contenido y métodos reales,” dice Tamás Korcsmáros, persona del instituto de Earlham y del instituto de la investigación alimentaria. Los “estudios de la evaluación comparativa se han centrado principal en recursos con acciones recíprocas de experimentos de la alto-producción, e incluso éstos han sido pocos y lejos en medio.”

El nuevo estudio ofrece pautas completas, sobre la base de un examen extenso de más de 50 recursos de los datos, ayudar a investigadores seleccionan el recurso más apropiado de los datos para su trabajo.

Los datos en OmniPath se basan sobre todo en experimentos a escala reducida, pero su software de Pypath permite agregar los grupos de datos obtenidos de experimentos grandes de la investigación o convertidos de reacciones. Pypath (un módulo del pitón) permite la aduana de la estructura de los utilizadores que hace señales redes y las combina con otros datos. Es una herramienta potente para incorporar caminos en flujos de trabajo de la bioinformática y hace el análisis detrás de la fuente completo abierta de OmniPath, transparente y fácilmente reproductivo.

“Comparamos toda la manera de hacer señales recursos de los datos y clarificamos las propiedades de diversos grupos de datos, que ayuda a investigadores a tomar decisiones más bien informadas en sus análisis,” decimos a Julio Sáez-Rodriguez, visitando el líder del grupo en EMBL-EBI y al profesor en RWTH Aquisgrán. “Ha probado ya muy valioso para la investigación dentro de nuestros grupos, y esperamos que otros la encuentren objeto de valor también.”

Source:

Earlham Institute