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Les chercheurs d'USP développent la plate-forme neuve pour trouver 416 virus des régions tropicales

Les chercheurs de l'université de São Paulo (USP) chez Ribeirão Preto au Brésil ont développé une plate-forme qui analyse les échantillons cliniques provenant des patients pour diagnostiquer l'infection par 416 virus trouvés dans les régions tropicales du monde.

Selon ses créateurs, l'outil peut être employé par des laboratoires de référence tels que l'institut d'Adolfo Lutz, la fondation d'Oswaldo Cruz (Fiocruz) et l'institut d'Evandro Chagas au Brésil pour aider le contrôle épidémiologique en trouvant des agents pathogènes avec le potentiel d'entraîner des épidémies chez l'homme.

Les résultats du projet de recherche, qui était coordonné par Victor Hugo Aquino, un professeur à l'université de l'école pharmaceutique de Ribeirão Preto de São Paulo (FCFRP-USP), et supporté par FAPESP, ont été publiés en PLoS ont négligé des maladies tropicales.

« Le nombre de patients présentant la dengue, l'infection soupçonnée de Zika ou de chikungunya augmentera quand l'été obtient, » a dit Aquino, auteur important de l'article. « Les méthodes conventionnelles ne peuvent pas fréquemment confirmer le diagnostic de ces maladies, ainsi nous ne connaissons pas quels virus diffusent. »

Dans sa vue, si un outil aiment c'avait été procurable quand Zika a commencé à diffuser au Brésil, il pourrait avoir été possible pour limiter son écart à l'emplacement initial de manifestation. « Nous avons pris un bon moment de réaliser qu'une épidémie était en cours parce que personne ne pensait à Zika alors, » il a dit.

En plus des agents pathogènes, la plate-forme trouve d'autres qui jusqu'à présent ont été recensées seulement sporadiquement mais pourrait devenir des épidémies.

Les exemples comprennent Mayaro, un alphavirus lié au chikungunya qui est transmis par des moustiques sauvages tels que des janthinomys de Haemagogus, et Oropouche, qui a entraîné des épidémies logées aux communautés riveraines dans la région d'Amazone et est transmis jusqu'à présent principalement par des moucherons du paraensis de Culicoides de substance.

« Il y a plusieurs autres virus qui n'ont pas encore posé des problèmes chez l'homme mais peut faire tellement un jour, » Aquino a dit. « Ils évoluent tout le temps, et avec la dégradation des agents infectieux d'environnements naturels une fois logés aux créneaux naturels pourrait écarter plus très loin. »

Bien que la plate-forme soit conçue surtout pour trouver des agents pathogènes transmis par des arthropodes tels que des moustiques et des tirets, elle peut également diagnostiquer des agents infectieux transmis par de petits mammifères, comme le hantavirus.

Aquino a expliqué que le choix entoure tous les virus se produisant dans les régions tropicales avec des séquences d'ADN déposées dans le GenBank, une base de données publique mise à jour par le centre national pour l'information de biotechnologie (NCBI), qui fait partie de la Bibliothèque nationale des Etats-Unis du médicament (NLM).

Comment cela fonctionne

La plate-forme se compose d'un guide de puce ADN d'ADN avec huit sous-choix identiques contenant les sondes virales reproduites au moins trois fois de compléter le choix avec 15.000 sondes. Chaque sonde contient les séquences pour 60 nucléotides qui sont complémentaires aux génomes des virus à trouver.

Selon Aquino, les séquences ont été montées sur la base de l'information du GenBank utilisant la bio-informatique.

« Si une prise de sang contient un des 416 virus compris sur le microprocesseur, le génome de l'agent pathogène grippera avec une des sondes pour produire une borne qui peut être trouvée par un balayeur, » Aquino a dit.

Le dispositif qui indique les résultats est identique que cela utilisé dans des analyses de puce ADN pour l'analyse de l'expression du gène.

« Au commencement, le test ne sera pas à la population entière à cause de coût élevé, » Aquino a dit. « Il sera employé sur des patients présentant la dengue soupçonnée, le Zika ou d'autres maladies fébriles dont le diagnostic n'est pas confirmé par des méthodes conventionnelles. »

La méthodologie a été validée utilisant 20 virus procurables au laboratoire de virologie de FCFRP-USP. Les tests de validation n'ont pas indiqué la croix-hybridation, qui produit un résultat positif pour plus d'un agent infectieux et gêne l'identification correcte des virus uniques.

Cependant, l'efficace prouvé de méthode de diagnostiquer des caisses de Co-infection, comme quand le même patient a été infecté par Zika et dengue.

Source:

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo