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I ricercatori di USP sviluppano la nuova piattaforma per individuare 416 virus dalle regioni tropicali

I ricercatori dall'università di São Paulo (USP) a Ribeirão Preto nel Brasile hanno sviluppato una piattaforma che analizza i campioni clinici dai pazienti per diagnosticare l'infezione da 416 virus trovati nelle regioni tropicali del mondo.

Secondo i sui creatori, lo strumento può essere utilizzato dai laboratori di riferimento quali l'istituto di Adolfo Lutz, le fondamenta di Oswaldo Cruz (Fiocruz) e l'istituto di Evandro Chagas nel Brasile per assistere la sorveglianza epidemiologica individuando gli agenti patogeni con il potenziale di causare le epidemie in esseri umani.

I risultati del progetto di ricerca, che è stato coordinato da Victor Hugo Aquino, un professore all'università di banco farmaceutico del Ribeirão Preto di São Paulo (FCFRP-USP) ed è stato supportato da FAPESP, sono stati pubblicati in PLoS hanno trascurato le malattie tropicali.

“Il numero dei pazienti con febbre rompiossa, l'infezione sospettata di chikungunya o di Zika aumenterà quando l'estate arriva,„ ha detto Aquino, autore principale dell'articolo. “I metodi convenzionali non possono frequentemente confermare la diagnosi di queste malattie, in modo da non conosciamo quali virus stanno circolando.„

Nel suo punto di vista, se uno strumento gradisce questo era stato disponibile quando Zika ha cominciato a circolare nel Brasile, potrebbe essere possibile per limitare la sua diffusione alla posizione iniziale di scoppio. “Abbiamo richiesto molto tempo realizzare che un'epidemia era in corso perché nessuno stava pensando allora a Zika,„ lui ha detto.

Oltre agli agenti patogeni, la piattaforma individua altre che finora siano stati identificati soltanto sporadicamente ma potrebbe trasformarsi in in epidemie.

Gli esempi includono Mayaro, un alphavirus relativo al chikungunya che è trasmesso dalle zanzare selvagge quali i janthinomys di Haemagogus e Oropouche, che fin qui ha causato le epidemie limitate alle comunità fluviali nella regione di Amazon ed è trasmesso pricipalmente dai moscerini del paraensis di Culicoides di specie.

“Ci sono parecchi altri virus che ancora non hanno causato i problemi in esseri umani ma possono agire in tal modo il un giorno,„ Aquino ha detto. “Stanno evolvendo continuamente e con la degradazione degli agenti infettante degli ambienti naturali limitati una volta ai posti adatti naturali potrebbe spargersi più molto lontano.„

Sebbene la piattaforma sia destinata soprattutto per individuare gli agenti patogeni trasmessi dagli artropodi quali le zanzare e le tacche, può anche diagnosticare gli agenti infettante trasmessi dai piccoli mammiferi, come il hantavirus.

Aquino ha spiegato che la selezione comprende tutti i virus che accadono nelle regioni tropicali con le sequenze del DNA depositate in GenBank, un database pubblico mantenuto dal centro nazionale per informazioni di biotecnologia (NCBI), che fa parte della libreria nazionale degli Stati Uniti di medicina (NLM).

Come funziona

La piattaforma consiste di una diapositiva di microarray del DNA con otto sotto-schiere identiche che contengono le sonde virali ripiegate almeno tre volte completare la schiera con 15.000 sonde. Ogni sonda contiene le sequenze per 60 nucleotidi che sono complementari ai genoma dei virus da individuare.

Secondo Aquino, le sequenze sono state montate in base ad informazioni da GenBank facendo uso di bioinformatica.

“Se un campione di sangue contiene uno dei 416 virus inclusi sul microchip, il genoma dell'agente patogeno legherà con una delle sonde per produrre un indicatore che può essere individuato da uno scanner,„ Aquino ha detto.

L'unità che indica i risultati è la stessa di quella utilizzata nelle analisi di microarray per l'analisi di espressione genica.

“Inizialmente, la prova non sarà per l'intera popolazione a causa di alto costo,„ Aquino ha detto. “Sarà usato sui pazienti con febbre rompiossa sospettata, Zika o altre malattie febbrili di cui la diagnosi non è confermata con i metodi convenzionali.„

La metodologia è stata convalidata facendo uso di 20 virus disponibili al laboratorio della virologia di FCFRP-USP. Le prove di convalida non hanno indicato l'inter-ibridazione, che fornisce un risultato positivo per più di un agente infettante ed ostacola l'identificazione corretta di singoli virus.

Tuttavia, il metodo ha provato efficace diagnosticare le casse dell'co-infezione, come quando lo stesso paziente è stato infettato sia da Zika che da febbre rompiossa.

Source:

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo