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Los investigadores de USP desarrollan la nueva plataforma para descubrir 416 virus de regiones tropicales

Los investigadores de la universidad de São Paulo (USP) en Ribeirão Preto en el Brasil han desarrollado una plataforma que analiza muestras clínicas de pacientes para diagnosticar la infección por 416 virus encontrados en las regiones tropicales del mundo.

Según sus creador, la herramienta se puede utilizar por los laboratorios de referencia tales como instituto de Adolfo Lutz, asiento de Oswaldo Cruz (Fiocruz) e instituto de Evandro Chagas en el Brasil para ayudar a vigilancia epidemiológica descubriendo patógeno con el potencial de causar epidemias en seres humanos.

Los resultados del proyecto de investigación, que fue coordinado por Victor Hugo Aquino, profesor en la universidad de la escuela farmacéutica de Ribeirão Preto de São Paulo (FCFRP-USP), y soportado por FAPESP, se han publicado en PLoS descuidaron enfermedades tropicales.

“El número de pacientes con dengue, la infección sospechosa de Zika o del chikungunya aumentará cuando llega el verano,” dijo a Aquino, autor importante del artículo. Los “métodos convencionales no pueden con frecuencia confirmar la diagnosis de estas enfermedades, así que no sabemos qué virus están circulando.”

En su opinión, si una herramienta tiene gusto esto había estado disponible cuando Zika comenzó a circular en el Brasil, él pudo haber sido posible restringir su extensión a la situación inicial del brote. “Tardamos un tiempo largo para realizar que una epidemia estaba en curso porque nadie pensaba en Zika en ese entonces,” él dijo.

Además de los patógeno, la plataforma descubre otras que se han determinado hasta ahora solamente esporádico pero podría convertirse en epidemias.

Los ejemplos incluyen Mayaro, un alphavirus relacionado con el chikungunya que es transmitido por los mosquitos salvajes tales como janthinomys de Haemagogus, y Oropouche, que hasta la fecha ha causado las epidemias lindadas a las comunidades ripícolas en la región del Amazonas y es transmitido principal por los jejenes del paraensis de Culicoides de la especie.

“Hay varios otros virus que todavía no han causado problemas en seres humanos pero puede hacer tan un día,” Aquino dijo. “Se están desarrollando todo el tiempo, y con la degradación de los agentes infecciosos de los ambientes naturales lindados una vez a los lugares naturales podría extenderse más muy lejos.”

Aunque la plataforma se diseñe sobre todo para descubrir los patógeno transmitidos por los artrópodos tales como mosquitos y señales, puede también diagnosticar los agentes infecciosos transmitidos por los pequeños mamíferos, como hantavirus.

Aquino explicó que la selección abarca todos los virus que ocurren en regiones tropicales con las series de la DNA depositadas en GenBank, una base de datos pública mantenida por el centro nacional para la información de biotecnología (NCBI), que es parte de la biblioteca nacional de Estados Unidos del remedio (NLM).

Cómo trabaja

La plataforma consiste en una diapositiva del microarray de la DNA con ocho sub-matrices idénticas que contienen las antenas virales replegadas por lo menos tres veces de terminar el arsenal con 15.000 antenas. Cada antena contiene las series para 60 nucleótidos que sean complementarios a los genomas de los virus que se descubrirán.

Según Aquino, las series fueron montadas en base de la información de GenBank usando la bioinformática.

“Si una muestra de sangre contiene uno de los 416 virus incluidos en el microchip, el genoma el patógeno atará con una de las antenas para producir un marcador que se pueda descubrir por un analizador,” Aquino dijo.

El dispositivo que lee los resultados es lo mismo que ése usado en los análisis del microarray para el análisis de la expresión génica.

“Inicialmente, la prueba no será para el toda la población debido a alto costo,” Aquino dijo. “Será utilizado en pacientes con dengue sospechosa, Zika u otras enfermedades febriles cuya diagnosis no sea confirmada por métodos convencionales.”

La metodología fue validada usando 20 virus disponibles en el laboratorio de la virología de FCFRP-USP. Las pruebas de la validación no apuntaron al cruz-hibridación, que produce un resultado positivo para más de un agente infeccioso y obstaculiza la identificación correcta de únicos virus.

Sin embargo, el método probó efectivo diagnosticar cajas de co-infección, por ejemplo cuando dengue ha infectado al mismo paciente Zika y.

Source:

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo