La base de données neuve des amorces d'ACP active le dépistage efficace et l'identification des virus ARN

Les scientifiques à l'institut de Daegu Gyeongbuk de la Corée des scientifiques de la science et technologie (DGIST) ont compilé une base de données publique neuve complète d'information génétique pour activer le dépistage et l'identification des virus ARN utilisant l'analyse (PCR) d'amplification en chaîne par polymérase. La base de données devrait prouver inestimable en combattant de futures épidémies potentielles.

Les virus ARN, qui contiennent l'acide ribonucléique en tant que leur matériel génétique, entraînent beaucoup de maladies infectieuses comprenant la grippe, la poliomyélite et la rougeole. Ces dernières années, neuf et des maladies mortelles dus aux virus ARN ont apparu, notamment le syndrôme respiratoire aigu sévère (SARS) et la maladie respiratoire de Moyen-Orient (MERS), qui a eu la santé sévère et les chocs économiques.

L'épidémie de radar à ouverture synthétique a apparu en Chine du sud 2002. Elle a tué 774 personnes dans 37 pays, avant son contrôle éventuel, alors que la manifestation du MERS de l'année dernière en Corée avait comme conséquence une réduction environ de 40% en tourisme étranger, influençant défavorablement l'économie nationale.

Dans les deux cas, la maladie a écarté rapidement en raison du diagnostic lent et peu fiable du virus responsable. Quand de telles manifestations se produisent, le dépistage précis et l'identification d'agent pathogène est essentiel, afin de comprendre et régler la maladie, réduisant à un minimum de ce fait ses effets sur la santé publique.

L'ACP, qui concerne amplifier une partie d'ADN pour produire des milliers ou des millions de copies d'une séquence d'ADN particulière, est très utilisé pour l'identification virale rapide et précise, la grâce à son coût bas mais à sensibilité élevée et la spécificité.

L'ACP emploie « la mise en chauffage, » qui nécessite le chauffage répété et le refroidissement de la réaction pour la fonte d'ADN et la réplication de l'ADN enzymatique (de polymérase). Les amorces comportant un brin d'ADN court, le nucléotide habituellement 18-22 base longtemps, servir de point de départ à la synthèse d'ADN, avec de l'ADN polymérase d'enzymes activant l'amplification sélectrice et répétée.

Cependant, très peu de bases de données en ligne ont compilé les amorces de haute qualité d'ACP pour des virus ARN et ceux qui sont procurables ont certaines limitations qui limitent leur utilité.

Pour satisfaire ce besoin, une équipe de recherche aboutie par Minute-Soo Kim (service du bureau d'études d'informations et communication) et JaeHyung Koo (service de cerveau et de sciences cognitives) à DGIST, ont compilé une base de données neuve complète des amorces d'ACP, pour permettre au dépistage et à l'identification des virus ARN plus rapidement et effectivement. Ils rapportés leurs résultats pendant le 29 novembre 2016, édition de recherche d'acides nucléiques.

La source de référence neuve de DGIST, la base de données de MTPrimerV, contient 152, 380, 247 paires d'amorce d'ACP pour le dépistage de 1.818 virus, couvrant 7.144 séquences de gène-codage ou CDSs (de la séquence d'ADN), qui sont la partie de l'ADN d'un gène ou ARN ce des indicatifs pour une protéine.

Ces in silico amorces sont capables de trouver 100% des virus ARN compris au plus défunt centre national des États-Unis pour la base de données de la séquence de référence de l'information de biotechnologie (NCBI RefSeq), une collection curated d'accès ouvert de séquences de nucléotides d'ADN et d'ARN et de leurs produits de protéine.

En raison du contrôle rigoureux de similitude contre toutes les séquences humaines et virales, chaque amorce comprise dans la base de données de MRPrimerV est extrêmement objectif-détail.

« Nous croyons que la disponibilité publique de MRPrimerV facilitera le metagenomics viral étudie destiné à évaluer la variabilité des virus, ainsi que d'autres tâches scientifiques, facilitant des réactions efficaces aux épidémies potentielles, » les chercheurs de DGIST concluent.

Source:

DGIST (Daegu Gyeongbuk Institute of Science and Technology)