Il nuovo database delle mani di fondo di PCR permette all'efficaci rilevazione ed identificazione dei virus a RNA

Gli scienziati all'istituto di Daegu Gyeongbuk della Corea degli scienziati di scienza e tecnologia (DGIST) hanno compilato un nuovo database pubblico completo di informazioni genetiche per permettere alla rilevazione ed all'identificazione dei virus a RNA facendo uso dell'analisi di reazione a catena (PCR) della polimerasi. Il database dovrebbe provare inestimabile nel combattimento delle epidemie future potenziali.

I virus a RNA, che contengono l'acido ribonucleico come loro materiale genetico, causano molte malattie infettive compreso influenza, la polio ed il morbillo. Negli ultimi anni, le nuove e malattie interne dovuto i virus a RNA sono emerso, considerevolmente sindrome respiratorio acuto severo (SARS) e malattia respiratoria di Medio Oriente (MERS), di cui tutt'e due ha avuta la salubrità severa ed impatti economici.

L'epidemia di SAR è emerso in Cina del sud 2002. Ha ucciso 774 persone in 37 paesi, prima del suo controllo finale, mentre lo scoppio del MERS dell'anno scorso in Corea ha provocato un rapporto di riproduzione stimato di 40% in turismo estero, urtante avversamente l'economia nazionale.

In entrambi i casi, la malattia ha sparso rapido dovuto la diagnosi lenta ed inaffidabile del virus responsabile. Quando tali scoppi accadono, la rilevazione e l'identificazione accurate dell'agente patogeno è essenziali, per capire e gestire la malattia, quindi minimizzante i sui effetti sulla salute pubblica.

La PCR, che comprende ampliare una sezione di DNA per generare migliaia o milioni di copie di una sequenza particolare del DNA, è ampiamente usata per l'identificazione virale rapida ed accurata, grazie al suo basso costo ma all'alta sensibilità e la specificità.

La PCR usa “il riciclaggio termico,„ che comporta il riscaldamento ed il raffreddamento ripetuti della reazione per la fusione del DNA ed il replicazione del dna enzimatico (della polimerasi). Le mani di fondo che comprendono un breve filo il DNA, nucleotide solitamente 18-22 basa lungamente, servire come punto di partenza per la sintesi del DNA, con la DNA polimerasi degli enzimi permettendo all'amplificazione selettiva e ripetuta.

Tuttavia, molto pochi database online hanno compilato le mani di fondo di alta qualità di PCR per i virus a RNA e quelli che sono disponibili presentano determinate limitazioni che limitano la loro utilizzabilità.

Per rispondere a questo bisogno, un gruppo di ricerca piombo entro il Minuto-Soo Kim (dipartimento di informazioni e di tecnica delle comunicazioni) e JaeHyung Koo (dipartimento del cervello e delle scienze cognitive) a DGIST, hanno compilato un nuovo database completo delle mani di fondo di PCR, per permettere alla rilevazione ed all'identificazione dei virus a RNA più rapido e efficacemente. Hanno riferito i loro risultati nell'edizione del 29 novembre 2016 della ricerca degli acidi nucleici.

La nuova risorsa di riferimento di DGIST, il database di MTPrimerV, contiene 152, 380, 247 paia della mano di fondo di PCR per la rilevazione di 1.818 virus, coprendo 7.144 sequenze di gene-codifica o CDSs (dalla codifica della sequenza del DNA), che sono la parte di DNA di un gene o RNA quel codici per una proteina.

Queste in silico mani di fondo sono capaci di rilevazione del 100% dei virus a RNA inclusi nell'ultimo centro nazionale per il database di sequenza di riferimento di informazioni di biotecnologia (NCBI RefSeq), una collezione curated degli Stati Uniti di accesso aperto sequenze di nucleotide del RNA e del DNA ed i loro prodotti della proteina.

dovuto la prova rigorosa di similarità contro tutte le sequenze umane e virali, ogni mano di fondo allegata al database di MRPrimerV è estremamente obiettivo-specifica.

“Crediamo che la disponibilità pubblica di MRPrimerV faciliti il metagenomics virale studi puntato su valutare la variabilità dei virus come pure altre mansioni scientifiche, facilitanti le efficaci risposte alle epidemie potenziali,„ i ricercatori di DGIST concludono.

Source:

DGIST (Daegu Gyeongbuk Institute of Science and Technology)