A base de dados nova de primeiras demão do PCR permite a detecção e a identificação eficazes de vírus do RNA

Os cientistas no instituto do Daegu Gyeongbuk de Coreia de cientistas da ciência e da tecnologia (DGIST) compilaram uma base de dados pública nova detalhada da informação genética para permitir a detecção e a identificação de vírus do RNA usando o ensaio da reacção em cadeia (PCR) da polimerase. A base de dados deve provar inestimável em combater epidemias futuras potenciais.

Os vírus do RNA, que contêm o ácido ribonucléico como seu material genético, causam muitas doenças infecciosas que incluem a gripe, a poliomielite e o sarampo. Nos últimos anos, as doenças novas e fatais devido aos vírus do RNA emergiram, notàvel Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS) e a doença respiratória de Médio Oriente (MERS), ambo teve a saúde severa e impactos econômicos.

A epidemia do SARS emergiu em China do sul 2002. Matou 774 povos em 37 países, antes de seu controle eventual, quando a manifestação do MERS do ano passado em Coreia conduziu a uma redução calculada a 40% no turismo estrangeiro, impactando adversamente a economia nacional.

Em ambos os casos, a doença espalhou ràpida devido ao diagnóstico lento e incerto do vírus responsável. Quando tais manifestações ocorrem, a detecção e a identificação exactas do micróbio patogénico são essenciais, a fim compreender e controlar a doença, minimizando desse modo seus efeitos na saúde pública.

O PCR, que envolve amplificar uma secção do ADN para gerar milhares ou milhões de cópias de uma seqüência particular do ADN, é amplamente utilizado para a identificação viral rápida e exacta, os agradecimentos a seu baixo custo mas à sensibilidade alta e a especificidade.

O PCR usa “o ciclismo térmico,” que envolve o aquecimento e refrigerar repetidos da reacção para o derretimento do ADN e (polimerase) a réplica enzimático do ADN. As primeiras demão que compreendem uma costa curto de ADN, nucleotide geralmente 18-22 baseiam por muito tempo, saque como um ponto de partida para a síntese do ADN, com a polimerase de ADN da enzima permitindo a amplificação selectiva, repetida.

Contudo, muito poucas bases de dados em linha compilaram as primeiras demão de alta qualidade do PCR para vírus do RNA e aquelas que estão disponíveis têm determinadas limitações que restringem sua utilidade.

Para endereçar esta necessidade, uma equipa de investigação conduzida na Acta-Soo Kim (departamento da engenharia da informação e de comunicação) e JaeHyung Koo (departamento do cérebro e de ciências cognitivas) em DGIST, compilaram uma base de dados nova detalhada de primeiras demão do PCR, para permitir mais ràpida e eficazmente a detecção e a identificação de vírus do RNA. Relataram seus resultados na edição do 29 de novembro de 2016 da pesquisa dos ácidos nucleicos.

O recurso de referência novo de DGIST, a base de dados de MTPrimerV, contem 152, 380, 247 pares da primeira demão do PCR para a detecção de 1.818 vírus, cobrindo 7.144 seqüências da gene-codificação ou CDSs (de codificar a seqüência do ADN), que são a parcela do ADN de um gene ou RNA esse códigos para uma proteína.

Estas in silico primeiras demão são capazes de detectar 100% dos vírus do RNA incluídos no centro nacional o mais atrasado para a base de dados da seqüência da referência da informação de biotecnologia (NCBI RefSeq), uma coleção curated dos E.U. do acesso aberto seqüências de nucleotide do ADN e do RNA e seus produtos da proteína.

Devido ao teste rigoroso da similaridade contra todas as seqüências humanas e virais, cada primeira demão incluída na base de dados de MRPrimerV é extremamente alvo-específica.

“Nós acreditamos que a disponibilidade pública de MRPrimerV facilitará o metagenomics viral estuda visado avaliar a variabilidade dos vírus, assim como outras tarefas científicas, facilitando respostas eficazes às epidemias potenciais,” os pesquisadores de DGIST concluem.

Source:

DGIST (Daegu Gyeongbuk Institute of Science and Technology)