La nueva base de datos de las pinturas de fondo de la polimerización en cadena habilita la detección y la identificación efectivas de los virus del ARN

Los científicos en el instituto de Daegu Gyeongbuk de Corea de los científicos de la ciencia y de la tecnología (DGIST) han compilado una nueva base de datos pública completa de la información genética para habilitar la detección y la identificación de los virus del ARN usando el análisis de la reacción en cadena (PCR) de polimerasa. La base de datos debe probar inestimable en el combate de epidemias futuras potenciales.

Los virus del ARN, que contienen el ácido ribonucleico como su material genético, causan muchas enfermedades infecciosas incluyendo gripe, poliomielitis y el sarampión. Estos últimos años, las nuevas y fatales enfermedades debido a los virus del ARN han emergido, notablemente neumonía asiática (SARS) y la enfermedad respiratoria de Oriente Medio (MERS), que tenía salud severa e impactos económicos.

La epidemia del SARS emergió en China meridional 2002. Mató a 774 personas en 37 países, antes de su mando eventual, mientras que el brote del MERS del año pasado en Corea dio lugar a una reducción estimada del 40% en el turismo no nativo, afectando al contrario la economía nacional.

En ambos casos, la enfermedad extendió rápidamente debido a la diagnosis lenta y no fiable del virus responsable. Cuando ocurren tales brotes, la detección y la identificación exactas el patógeno es esenciales, para entender y controlar la enfermedad, de tal modo disminuyendo sus efectos sobre salud pública.

La polimerización en cadena, que implica el amplificar de una sección de la DNA para generar millares o millones de copias de una serie determinada de la DNA, es ampliamente utilizada para la identificación viral rápida y exacta, los gracias a su bajo costo pero a la alta sensibilidad y la especificidad.

La polimerización en cadena utiliza el “ciclaje térmico,” que exige la calefacción y el enfriamiento relanzados de la reacción para fundir de la DNA y (polimerasa) la réplica enzimática de la DNA. Las pinturas de fondo que comprenden un cabo corto de la DNA, nucleótido generalmente 18-22 basan de largo, servicio como punto de partida para la síntesis de la DNA, con la polimerasa de DNA de la enzima habilitando la amplificación selectiva, relanzada.

Sin embargo, muy pocas bases de datos en línea han compilado las pinturas de fondo de alta calidad de la polimerización en cadena para los virus del ARN y las que están disponibles tienen ciertas limitaciones que restrinjan su utilidad.

Para dirigir esta necesidad, un equipo de investigación llevado por el Minuto-Soo Kim (departamento de la ingeniería de la información y de comunicación) y JaeHyung Koo (departamento del cerebro y de ciencias cognitivas) en DGIST, han compilado una nueva base de datos completa de las pinturas de fondo de la polimerización en cadena, para permitir a la detección y a la identificación de los virus del ARN más rápidamente y efectivo. Denunciaron sus resultados en la edición del 29 de noviembre de 2016 de la investigación de los ácidos nucléicos.

El nuevo recurso de referencia de DGIST, la base de datos de MTPrimerV, contiene 152, 380, 247 pares de la pintura de fondo de la polimerización en cadena para la detección de 1.818 virus, revistiendo 7.144 series de la gen-codificación o CDSs (de cifrar serie de la DNA), que son la porción de la DNA de un gen o ARN ese las claves para una proteína.

Estas in silico pinturas de fondo son capaces de descubrir 100% de los virus del ARN incluidos en el último centro nacional para la base de datos de la serie de la referencia de la información de biotecnología (NCBI RefSeq), una colección curated de los E.E.U.U. del acceso abierto las series de nucleótido de la DNA y del ARN y sus productos de la proteína.

Debido a la prueba rigurosa de la semejanza contra todas las series humanas y virales, cada pintura de fondo incluida en la base de datos de MRPrimerV es extremadamente objetivo-específica.

“Creemos que la disponibilidad pública de MRPrimerV facilitará metagenomics viral estudia tenido como objetivo el evaluar de la variabilidad de virus, así como otras tareas científicas, facilitando reacciones efectivas a las epidemias potenciales,” los investigadores de DGIST concluyen.

Source:

DGIST (Daegu Gyeongbuk Institute of Science and Technology)