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Le logiciel de calcul qui évalue des échantillons d'ADN peut aider dans le diagnostic, demande de règlement de cancer

Une équipe de recherche des Etats-Unis et du Canada s'est développée et le logiciel de calcul neuf avec succès vérifié qui détermine si un échantillon humain d'ADN comprend une extension épigénétique jointe au cancer et à d'autres états de santé défavorables.

Dans l'édition du 20 février du tourillon, membres de l'équipe de l'Université John Hopkins,

La cytosine est l'un des quatre synthons génétiques principaux, ou de nucléotides, qui composent l'ADN. La méthylation se rapporte simplement à la présence d'un groupe (méthylique) biochimique fixé à un nucléotide, dans ce cas cytosine. Cette version modifiée de cytosine peut affecter la voie les gènes qu'importants soient mise en marche/arrêt commuté. De telles fautes génétiques peuvent jouer le ravage avec l'activité saine dans des cellules.

L'examen de ces repères est important pour les chercheurs qui essayent de coincer le rôle précis de la méthylation dans problèmes de santé variés. Mais les méthodes actuelles de méthylation de mappage chacune ont des points faibles têtus, tels que la manipulation brutale de l'échantillon d'ADN et de la nécessité d'employer les prélèvements de tissu en particulier grands et traités préalablement.

Le logiciel neuf décrit dans des méthodes de nature est employé avec un nanopore disponible dans le commerce ordonnançant le dispositif. Les auteurs disent que cette technique caractérisera directement la méthylation d'ADN de plus petits prélèvements de tissu. « Nous prouvons qu'avec l'analyse attentive du nanopore ordonnançant des caractéristiques nous pouvons extraire cette couche supplémentaire d'information, » avons dit l'auteur important Jared T. Simpson, un investigateur principal en informatique et programme à l'institut d'Ontario pour la cancérologie et un professeur adjoint de Bio-calculer de l'informatique à l'université de Toronto.

Le logiciel de l'équipe internationale est conçu pour fonctionner avec un compteur séquentiel de subordonné de technologies d'Oxford Nanopore, rugueux la taille d'un grand entraînement de pouce d'USB. Quand cet élément est employé, l'ADN est tiré par 512 trous extrêmement petits, car un courant électrique traverse. Les changements distinctifs du courant comme mouvements d'ADN par le trou permettent au logiciel de recenser la séquence de l'ADN, et maintenant aux repères de méthylation sur l'ADN aussi bien.

Dans le papier de méthodes de nature, les chercheurs ont dit qu'ils avaient l'habitude la première fois l'ADN synthétiquement méthylé « pour former » leur logiciel pour distinguer la cytosine méthylée et la cytosine qui manque de la pièce d'assemblage biochimique essentielle.

Les membres de l'équipe ont alors vérifié le procédé de logiciel sur des échantillons d'ADN dérivés des cellules de cancer du sein humaines et ont avec succès trouvé des changements de méthylation entre le cancer et les échantillons normaux.

« Cette technique peut afficher de longues pièces d'ADN et voir des changements de l'ampleur de la méthylation dans l'échantillon, » a dit Winston Timp, un professeur adjoint de génie biomédical chez Johns Hopkins qui a dirigé la recherche et était auteur supérieur de l'article de tourillon. « Il nous a laissés regarder comment les changements de la méthylation apparaissent sur différentes molécules pendant qu'ils traversent ce pore. »

Une telle information est importante, les chercheurs disent, parce que la méthylation défectueuse est censée pour jouer un rôle dans les anomalies congénitales et les maladies telles que l'arthrite rhumatoïde, ainsi que cancer. « Nous savons déjà, » Timp a dit, « que les modifications de méthylation apparaissent tôt dans le développement du cancer. »

Il a dit que plus d'informations sur la méthylation d'ADN pourraient être utiles en trouvant des moyens neufs de trouver le cancer à une partie et en développant les demandes de règlement neuves qui sont visées plus avec précision au renivellement génétique d'un patient.

Pour aider l'avance une telle recherche, les membres de l'équipe ont effectué leur nanopore ordonnançant le logiciel pour trouver la méthylation d'ADN procurable sur une base libre d'open-source chez https://github.com/jts/nanopolish.

« Nous avons pris à cette ligne de recherche une mesure critique plus loin, » Timp a dit. « Mon espoir est que d'autres dans ce domaine commenceront à employer le logiciel immédiatement. »

« Félicitations aux membres de l'équipe de l'Université John Hopkins, l'institut d'Ontario pour la cancérologie et l'université de Toronto sur leur gène neuf ordonnançant le logiciel et les découvertes, » a dit Reza Moridi, le ministre d'Ontario de recherche, d'innovation et de science. « Ces aperçus neufs de méthylation d'ADN ont pu aider à mener à neuf et aux méthodes novatrices de trouver et traiter le cancer. »

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