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El software de cómputo que evalúa muestras de la DNA puede ayudar en la diagnosis, tratamiento del cáncer

Un equipo de investigación de los Estados Unidos y del Canadá se ha convertido y el nuevo software de cómputo con éxito probado que determina si una muestra humana de la DNA incluye una agregación epigenética conectada al cáncer y a otras condiciones de salud adversas.

En la aplicación del 20 de febrero el gorrón, piezas de personas de la Universidad John Hopkins,

La citosina es uno de los cuatro bloques huecos genéticos principales, o los nucleótidos, que componen la DNA. La metilación refiere simple a la presencia de un grupo (metílico) bioquímico sujetado a un nucleótido, en este caso citosina. Esta versión alterada de la citosina puede afectar a la manera que los genes importantes son con./desc. cambiado. Tales salidas en falso genéticas pueden jugar estrago con actividad sana dentro de las células.

El examen de estas marcas es importante para los investigadores que están intentando precisar el papel exacto de la metilación en diversos problemas de salud. Pero los métodos actuales de correlacionar la metilación cada uno tienen defectos obstinados, tales como manejo duro de la muestra de la DNA y de la necesidad de utilizar muestras de tejido determinado grandes y pretratadas.

El nuevo software descrito en métodos de la naturaleza se utiliza con un nanopore disponible en el comercio que ordena el dispositivo. Los autores dicen que esta técnica caracterizará directamente la metilación de la DNA de muestras de tejido más pequeñas. “Mostramos que con el análisis cuidadoso del nanopore que ordena datos podemos extraer esta capa extra de información,” dijimos al autor importante Jared T. Simpson, investigador principal en el programa de la informática y el Bio-calcular en el instituto de Ontario para la investigación de cáncer y un profesor adjunto de informática en la universidad de Toronto.

El software de las personas internacionales se diseña para trabajar con un secuenciador del subordinado de las tecnologías de Oxford Nanopore, áspero la talla de una impulsión grande de memoria USB. Cuando se utiliza esta unidad, la DNA se tira a través de 512 orificios extremadamente pequeños, pues una corriente eléctrica pasa a través. Los cambios distintivos en la corriente como los movimientos de la DNA a través del orificio permiten que el software determinen la serie de la DNA, y ahora las marcas de la metilación en la DNA también.

En el papel de los métodos de la naturaleza, los investigadores dijeron que primero utilizaron la DNA sintetizadamente desnaturalizada “para entrenar” a su software para distinguir entre la citosina desnaturalizada y la citosina que falta la agregación bioquímica crucial.

Las piezas de personas entonces probaron el proceso del software en las muestras de la DNA derivadas de las células cancerosas humanas del pecho y descubrieron con éxito cambios en la metilación entre el cáncer y las muestras normales.

“Esta técnica puede leer pedazos largos de DNA y considerar cambios en el fragmento de la metilación en la muestra,” dijo a Winston Timp, profesor adjunto de la ingeniería biomédica en Johns Hopkins que vigiló la investigación y era autor mayor del artículo de gorrón. “Nos permitió observar cómo los cambios en la metilación aparecen en las moléculas individuales mientras que pasan a través de este poro.”

Tal información es importante, los investigadores dicen, porque la metilación defectuosa se cree para desempeñar un papel en defectos de nacimiento y las enfermedades tales como artritis reumatoide, así como cáncer. “Sabemos ya,” Timp dijo, “que los cambios de la metilación aparecen temprano en el revelado del cáncer.”

Él dijo que más información sobre la metilación de la DNA podría ser útil en la concepción de nuevas maneras de descubrir el cáncer en un primero tiempo y desarrollar los nuevos tratamientos que se apuntan más exacto al maquillaje genético de un paciente.

Para ayudar a avance tal investigación, las piezas de personas ha hecho su nanopore que ordenaba el software para descubrir la metilación de la DNA disponible en una base de fuente abierta libre en https://github.com/jts/nanopolish.

“Hemos tomado a esta línea de la investigación una medida crítica más adelante,” Timp dijo. “Mi esperanza es que otras en este campo comenzarán a usar el software inmediatamente.”

“Enhorabuena a las piezas de personas de la Universidad John Hopkins, el instituto de Ontario para la investigación de cáncer y la universidad de Toronto sobre su nuevo gen que ordena software y conclusión,” dijo a Reza Moridi, el ministro de Ontario de la investigación, de la innovación y de la ciencia. “Estos nuevos discernimientos en la metilación de la DNA podían ayudar a llevar a las nuevas e innovadoras maneras de descubrir y de tratar el cáncer.”

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