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Les chercheurs développent la bibliothèque de référence génétique sèche pour localiser des mutations de pathogène

L'université d'Hiroshima trouve la voie de déterminer des mutations de pathogène

Les chercheurs à l'université d'Hiroshima ont développé une bibliothèque de référence génétique sèche pour localiser et sarcler à l'extérieur des mutations de pathogène dans les populations.

La technique et la base de données, élaborées par M. Satoshi Okada, du troisième cycle d'université de HU des sciences biomédicales et de santé, a avec succès estimé des rare-variantes naturelles dans le gène STAT1 - et a déterminé les maladies qui donneraient droit.

Utilisant la lecture d'alanine - une méthode pour évaluer le potentiel fonctionnel des gènes, cette étude, la première de son genre, devrait aider des médecins en diagnostiquant la primaire-immunodéficience dans les patients.

STAT1

Le gène STAT1 joue un rôle important dans l'immunité d'hôte, par son rôle en tant que médiateur entre la signalisation chimique remarquée aux récepteurs de surface de cellules - et l'action résultante de réaction au noyau.

Une fois stimulé par l'alpha chimique d'interféron de signe-transporteurs, le bêta d'interféron, et/ou le gamma d'interféron, STAT1, qui existe en cytoplasme cellulaire, ajoute à d'autres molécules de stat. Ces couplets déménagent alors au noyau où l'immunité déterminant la transcription génétique commence.

N'importe quelle variation de ce procédé, par la mutation du gène STAT1, peut avoir des conséquences graves pour des patients. Tandis que beaucoup de variants génétiques n'exerceront aucun effet sur l'immunité, certains peuvent mener à la sur-activation du noyau - ayant pour résultat des patients développant des infections fongiques persistantes.

D'autre part, les mutations qui réduisent la signalisation STAT1 gamma d'interféron, peuvent mener aux patients développant l'immunité réduite aux infections bactériennes. Dans des cas sévères, ces troubles peuvent se produire simultanément menant à la mort.

Problème

Les chercheurs de problème ont détermine quel trouble ces mutations rares, quand découvertes, aboutiront à dans les patients.

Les applications informatiques actuelles ne peuvent pas discerner si les mutations récemment découvertes augmenteront ou diminueront l'activation. Elles l'obtiennent également souvent incorrecte, déterminant des variations génétiques comme maladie entraînant quand en fait elles sont inoffensives.

Ajouté à ces difficultés est le fait que les différents types de mutations STAT1 se produisent dans des régions superposantes du gène - et les maladies très différentes qui donnent droit de temps en temps les sympt40mes assimilés de part !

Solution

Pour résoudre ce dilemme les chercheurs chez HU ont élaboré une technique et une base de données pour estimer le potentiel de la maladie des mutations STAT1. Cet impliqué mesurant l'activité d'activation montrée par des centaines de substituants induits d'alanine du mutant STAT1.

En mesurant la sortie transcriptionnelle pour chacune de ces derniers, ils pouvaient déterminer si les variations spécifiques mèneraient à l'activation accrue - entraînant la maladie fongique, ou l'activation diminuée - entraînant les bactériens.

Ils ont confirmé cette caractéristique neuf assemblée étaient précis et utiles en la comparant aux mutations STAT1 connues limitées retenues dans les bases de données globales, et en prévoyant avec précision l'effet de deux mutations récemment découvertes originaires des patients aux maladies STAT1 confirmées.

Les caractéristiques ont également contribué à la modélisation 3D de STAT1, aidant notre compréhension moléculaire de la voie STAT1 et comment la maladie se développe.

Potentiel réel

Les avancements récents en génome ordonnancent des technologies, telles que le prochain rétablissement ordonnançant (NGS), ont permis aux chercheurs pour découvrir rapidement des gigantesques nombres de mutations naturelles inconnues et des variations des patients. Les scientifiques doivent savoir si ce sont inoffensifs et peuvent être laissés en place, ou entraîner et le besoin de la maladie agissait au moment.

M. Okada croit que sa bibliothèque STAT1 génétique est la réponse et devrait être augmentée pour comprendre d'autres gènes en formant une vaste bibliothèque de référence génétique. Il croit que son utilisation conjointement avec des technologies de séquençage du génome résoudrait tous les mystères génétiques qui donnent droit - et aide au combat éternel dans la maladie de combat.