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L'analyse transcriptomic unicellulaire découvre des sous-groupes de tumeurs côlorectales

Combinant la génomique unicellulaire et les techniques de calcul, une équipe de recherche comprenant Paul Robson, Ph.D., directeur de biologie unicellulaire au laboratoire de Jackson (JAX), a défini la composition de cellule-type des cellules cancéreuses de 11 tumeurs côlorectales, ainsi que les cellules noncancerous adjacentes, une clavette au diagnostic plus visé et demande de règlement.

« Utilisant les signatures unicellulaires, » dit le scientifique Elise Courtois, Ph.D., le Co-premier auteur de recherches de JAX d'une étude publiée en génétique de nature, des « cancers colorectaux peuvent être encore divisés en sous-groupes basés sur la composition de cellule-type des tumeurs. Puisque chacun de ces sous-groupes a une probabilité différente de survie, notre approche peut fournir à des oncologistes de meilleures informations sur des options de pronostic et de demande de règlement. »

Les avances dans l'ordonnancement génomique de tumeur ont amélioré la catégorie des sous-types de tumeur, guidant des traitements contre le cancer plus précis et améliorant la survie des malades. Cependant, les tumeurs contiennent type un grand choix de cancéreux et les cellules noncancerous ces toutes contribuent à la biologie de la tumeur.

Jusqu'à présent, l'expression du gène dans de telles tumeurs a été profilée suivre des méthodes en vrac de transcriptome, fournissant une seule mesure de transcriptome pour représente ce que, essentiellement, beaucoup de types de cellules. En utilisant la technologie transcriptomic unicellulaire il est maintenant possible de déconstruire une tumeur dans ses pièces constitutives de cellule-type et pour cette raison de gagner une meilleure compréhension de la biologie fondamentale.

Robson et Co-sénior les auteurs Shyam Prabhakar, un biologiste de calcul chez l'institut de génome de Singapour, et Iain Beehuat TAN, un oncologiste médical au centre national Singapour de cancer, ont abouti un effort qui a examiné 626 différentes cellules fait au hasard sélectées des tumeurs côlorectales et échantillons normaux adjacents de cellules utilisant l'ordonnancement unicellulaire d'ARN.

De calcul examinant le transcriptome de chaque cellules (la lecture de toutes les molécules d'ARN messager en cette cellule) utilisant leur algorithme neuf, les chercheurs ont recensé deux sous-types distincts de fibroblastes cancer-associés (CAFs). Ces CAF ont contribué de manière significative à l'expression du gène mésenchymateuse trouvée en vrac des caractéristiques de transcriptome de tumeur, une signature plus souvent liée à un procédé de cellule cancéreuse connu sous le nom de passage épithélial-mésenchymateux. Leurs caractéristiques effectuent le cas que les CAF contribuent à un plus mauvais pronostic dans des patients de cancer colorectal.

Ces découvertes, notes de Robson, promesse d'exposition pour bien plus de catégorie de raffinage de tumeurs côlorectales et autres à l'avenir. « Et pendant que le coût d'analyse transcriptomic unicellulaire continue à chuter, les oncologistes peuvent atteindre une meilleure tumeur profilant pour guider la demande de règlement des malades du cancer, » il dit.