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a análise transcriptomic da Único-pilha descobre subgrupos de tumores colorectal

Combinando a genómica da único-pilha e técnicas computacionais, uma equipa de investigação que inclui Paul Robson, Ph.D., director da biologia da único-pilha no laboratório de Jackson (JAX), definiu o pilha-tipo composição de pilhas cancerígenos de 11 tumores colorectal, assim como pilhas noncancerous adjacentes, uma chave ao diagnóstico mais visado e tratamento.

“Usando assinaturas da único-pilha,” diz o cientista Elise Courtois da pesquisa de JAX, Ph.D., co-primeiro autor de um estudo publicado na genética da natureza, “os cancros colorectal podem mais ser divididos nos subgrupos baseados no pilha-tipo composição de tumores. Porque cada um destes subgrupos tem uma probabilidade diferente da sobrevivência, nossa aproximação pode fornecer oncologistas a melhor informação sobre opções do prognóstico e do tratamento.”

Os avanços em arranjar em seqüência genomic do tumor melhoraram a classificação de subtipos do tumor, guiando uns tratamentos contra o cancro mais precisos e melhorando a sobrevivência paciente. Contudo, os tumores contêm tipicamente uma variedade de cancerígeno e as pilhas noncancerous essas todas contribuem à biologia do tumor.

Até agora, a expressão genética em tais tumores foi perfilada usando os métodos maiorias do transcriptome, fornecendo uma única medida do transcriptome para o que, essencialmente, representa muitos tipos da pilha. Empregando a tecnologia transcriptomic da único-pilha é agora possível deconstruct um tumor em seu pilha-tipo componente peças e conseqüentemente ganhar uma compreensão melhor da biologia subjacente.

Robson e autores Shyam co-superior Prabhakar, um biólogo computacional no instituto do genoma de Singapura, e em Iain Beehuat bronzeado, um oncologista médico no centro nacional Singapura do cancro, conduziram um esforço que seleccionasse 626 pilhas individuais aleatòria selecionadas dos tumores colorectal e das amostras normais adjacentes da pilha usando arranjar em seqüência do RNA da único-pilha.

Computacionalmente examinando o transcriptome de cada pilha (o readout de todas as moléculas do RNA de mensageiro nessa pilha) que usa seu algoritmo novo, os pesquisadores identificaram dois subtipos distintos de fibroblasto cancro-associados (CAFs). Estes CAF contribuíram significativamente à expressão genética mesenchymal encontrada em dados maiorias do transcriptome do tumor, uma assinatura associada mais frequentemente com um processo da célula cancerosa conhecido como a transição epitelial-mesenchymal. Seus dados fazem o caso que os CAF contribuem a um prognóstico mais ruim em pacientes que sofre de cancro colorectal.

Estes resultados, notas de Robson, promessa da mostra para ainda mais classificação refinada de tumores colorectal e outros no futuro. “E como o custo da análise transcriptomic da único-pilha continua a deixar cair, os oncologistas podem alcançar o melhor tumor que perfila para guiar o tratamento das pacientes que sofre de cancro,” diz.