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El análisis transcriptomic unicelular destapa los subgrupos de tumores colorrectales

Combinando genómica unicelular y las técnicas de cómputo, un equipo de investigación incluyendo Paul Robson, Ph.D., director de la biología unicelular en el laboratorio de Jackson (JAX), ha definido el célula-tipo composición de células cacerígenas a partir de 11 tumores colorrectales, así como células noncancerous adyacentes, una llave a diagnosis apuntada y tratamiento.

“Usando firmas unicelulares,” dice al científico Elise Courtois, Ph.D., co-primer autor de la investigación de JAX de un estudio publicado en genética de la naturaleza, los “cánceres colorrectales se pueden dividir más a fondo en los subgrupos basados en el célula-tipo composición de tumores. Porque cada uno de estos subgrupos tiene una diversa probabilidad de la supervivencia, nuestra aproximación puede proveer de oncólogos una mejor información sobre opciones del pronóstico y del tratamiento.”

Los avances en la secuencia genomic del tumor han perfeccionado la clasificación de los subtipos del tumor, conduciendo tratamientos contra el cáncer más exactos y perfeccionando supervivencia paciente. Sin embargo, los tumores contienen típicamente una variedad de cacerígeno y las células noncancerous ese todas contribuyen a la biología del tumor.

Hasta la fecha, la expresión génica en tales tumores se ha perfilado usando los métodos a granel del transcriptome, ofreciendo una única dimensión del transcriptome para qué, esencialmente, representa muchos tipos de la célula. Empleando tecnología transcriptomic unicelular es posible ahora deconstruct un tumor en su célula-tipo componente piezas y por lo tanto ganar una mejor comprensión de la biología subyacente.

Robson y autores Shyam co-mayor Prabhakar, biólogo de cómputo en el instituto del genoma de Singapur, e Iain Beehuat Tan, oncólogo médico en el centro nacional Singapur del cáncer, llevaron un esfuerzo que revisó 626 células individuales aleatoriamente seleccionadas de los tumores colorrectales y de las muestras normales adyacentes de la célula usando la secuencia unicelular del ARN.

De cómputo examinando el transcriptome de cada célula (la lectura de todas las moléculas del ARN de mensajero en esa célula) usando su nuevo algoritmo, los investigadores determinaron dos subtipos distintos de fibroblastos cáncer-asociados (CAFs). Estos CAFs contribuyeron importante a la expresión génica mesenquimal encontrada en datos a granel del transcriptome del tumor, una firma asociada más a menudo a un proceso de la célula cancerosa conocido como transición epitelial-mesenquimal. Sus datos hacen el caso que los CAFs contribuyen a un pronóstico peor en enfermos de cáncer colorrectales.

Estas conclusión, notas de Robson, promesa de la demostración para aún más clasificación refinada de tumores colorrectales y otros en el futuro. “Y a medida que el costo de análisis transcriptomic unicelular continúa caer, los oncólogos pueden llegar hasta un mejor tumor que perfila para conducir el tratamiento de enfermos de cáncer,” él dice.